概述
“雲生信”是一款旨在集合各類晶片和測序等高通量測序數據處理和分析方法的開放型生物信息線上平台。可以根據自有數據的實際情況,選取適當的數據處理模組完成基本的原始數據質控、過濾和信號處理。同時,“雲生信”還將提供大量的下游分析工具,可根據需求自由選擇,構建屬於自己的個性化數據分析策略。
平台中所提供模組的建立初衷是為了擴大數據分析方向並方便所有成員能夠快速完成自己所不熟悉的高通量數據分析領域。日積月累,碼的模組數量越來越多,形成了一個內部的平台。將積累的成果用線上數據處理網頁的方式展示出來,
平台中的大部分數據處理和分析方法均來自於文獻,在模組的使用說明頁面中,我們當前會簡要羅列出每個模組的數據處理步驟、相關核心算法以及文獻出處,供參考學習。
適用人群:
生信初學者、急需生信工具處理分析數據的科研工作者、職業/半職業吐槽專家
主要功能:
1晶片預處理Affymetrix表達譜晶片處理
2晶片預處理Limma表達譜晶片處理
3晶片預處理Agilent單通道表達譜晶片處理
4晶片預處理Agilent雙通道表達譜晶片處理
5差異分析基於Limma的基因差異表達分析
6差異分析基於SAMR的基因差異表達分析
7富集分析基因GO功能、KEGG/REACTOME通路富集分析
8網路分析蛋白質互作網路構建
更新日誌:
014.01.23Updates
1、添加模組:實用工具:#基因ID識別轉換器#,富集分析:#miRNA功能富集分析#,網路分析:#WGCNA網路分析#、#BioNet子網路挖掘#、#CFinder網路模組分析#、#miRNA功能互作網路#、#miRNA共調控網路#,開始測試
2、添加了雲生信線上問答系統
2014.01.12Updates
添加Affy、Agilent、IlluminamRNA表達譜晶片預處理、差異分析和基因功能富集分析模組,開始測試