2002年底,因工作需要,雲桂榮被任命為雲居寺管理處主任,之前她已經任副主任一職4年,非常了解雲居寺的現狀,也很清楚面臨的困難和壓力。1998年和1999年,雲居寺經過石經回藏和二期修復工程,舊貌換新顏,發生了翻天覆地的變化,石經回藏極大地提高了雲居寺的知名度和美譽度,但也帶來了較大的資金缺口,在雲桂榮接手時,賬上欠款總數達500萬,通過雲桂榮帶領的雲居寺文物管理處員工的努力,至2005年10月,500萬元的巨額欠款終於徹底還清。
針對雲居寺文物保護、旅遊接待、護林防火、宗教活動四項主要工作,雲桂榮帶領領導班子提高警惕,嚴加防範。幾年來,雲居寺文物沒有發生被盜被毀事件,旅遊安全方面也被評為首都安全示範景區,護林防火工作連續14年保持無火災無火警。