蜀漢建興三年(225)諸葛亮平定西南,分建寧、越雋、永昌三郡地置雲南郡,郡治雲南縣(今雲南祥雲縣雲南驛鎮),轄雲南(今祥雲、彌渡)、蜻蛉(今永仁及大姚北部)、弄棟(今大姚南部及姚安)、姑復(今華坪)、遂久(今永勝、麗江)、邪龍(今巍山、漾濞、南澗)、葉榆(今大理、劍川、洱源、鶴慶)7縣,隸屬庲降都督府地。晉初,改庲降都地置寧州,雲南郡屬寧州。
泰始六年270),雲南郡領縣增加雲平、永寧兩縣,一共9縣。永嘉五年(310)分雲南郡之葉榆縣設東河陽郡。建始年間又分雲南郡之蜻蛉,弄棟2縣歸興寧郡,至此雲南郡領雲南、東姑復、西姑復、雲平、邪龍5縣。
鹹和八年(333)蜀李雄占據寧州,立建寧國,雲南郡屬建寧國。
建元元年(343),李氏置漢州,雲南郡屬漢州,東晉後期長期紛亂,西南爨氏乘機霸占南中(西南地區),自襲寧州刺史,歷晉末,南、北朝至隋初,襲西晉舊制,雲南郡屬爨西地。
隋開皇初爨氏降,三年(583)隋廢雲南郡,設南寧都督府。