生平
1925年，帕托什卡在布拉格查理大學文學學院攻讀斯拉夫語研究、拉丁語系研究，以及哲學，及後在1928年在巴黎就讀，在那裡第一次遇見胡塞爾。1931年，他在撰寫博士論文，並在1932年開始講授哲學。但他於同一年去了柏林洪堡大學，並從1933年開始在弗萊堡大學研究現象學。在弗萊堡，他便認識了多位現象學家：他在胡塞爾與海德格爾的指導下研究現象學，他也結識了胡塞爾的助理芬克，後來更成為終生的朋友。
帕托什卡是布拉格的德語捷克語哲學學會的奠基人之一，更被選為該會的捷克裔書記（德裔書記則為Ludwig Landgrebe）。
1936年，他寫成教授資格論文，題目為Přirozený svět jako filosofický problém（《自然世界作為哲學問題》），本文一直影響著後來捷克哲學的發展。1937年，他成了哲學期刊 Česká mysl（《捷克精神》）的責任編者。1938年，他加入了巴黎國際哲學學會。
在納粹時代和共產主義統治的時代，他曾多番被禁止在大學內進行任何活動，帕托什卡唯有在一個研究單位中從事翻譯工作。儘管如此，他仍然私下舉行講演，也在1960年代到德國和法國成為訪問講師。
1977年，他與哈維爾（Václav Havel）與伊希·哈耶克（Jiří Hájek）聯合發表了《七七憲章》。
哲學
帕托什卡的哲學思考基本上從胡塞爾後期思想出發。在闡述這個胡塞爾哲學概念的同時，帕托什卡沿用了海德格爾哲學的一些核心概念，例如歷史性、技術性等等。另一方面，他也批評海德格爾哲學未能充分處理“在世存在”之基本結構的問題。對於帕托什卡來說，“在世存在”之基本活動並不在於揭示真理（在這一點上，帕托什卡尤其對漢娜·阿倫特的著作感到興趣）。通過批判海德格爾，帕托什卡提出了關於“人類生存的三種運動”的學說：一、接受；二、複製；三、超越。
另一方面，帕托什卡本人亦將黑格爾與謝林許多著作翻譯成捷克語。此外，他亦對前蘇格拉底哲學和古典希臘哲學進行解釋，並且撰寫過多篇長文，討論希臘觀念如何影響著今日歐洲概念的形成。他也積極參與捷克哲學、捷克藝術、捷克歷史和捷克政治的討論。
德希達、里科、雅各布森都曾談論過帕托什卡的思想。德希達尤其在《死亡的贈與》一書中以不少篇幅談論帕托什卡的《歷史哲學的異端式論考》。
《自然世界作為哲學問題》
《自然世界作為哲學問題》是帕托什卡其中一部主要著作，在1936年首次出版，是為其教授資格論文。帕托什卡從胡塞爾後期思想出發，關注生活世界（Lebenswelt）的問題及結構，以及人在其中的地位，藉以揭示人與世界的自然經驗。這種自然經驗的缺失，導致人們不再將世界把握為一個整體，只從科學的角度來解釋世界，並將世界分割來開，成為不同學科的研究對象。這種世界觀最終導致人們放棄追問人在世生存的意義，導致一種被動的宿命論，在此人沒有什麼責任可言。
本書於1970年再版，共分為兩個部分。第一部分即為其1936年的教授資格論文，在其中，帕托什卡對自然世界的分析是基於胡塞爾超越論現象學的。第二部分是帕托什卡33年後所加的詳細補充，在這裡，帕托什卡根據海德格爾的學說，對胡塞爾提出批評。正是在第二部分這裡，帕托什卡提出了他關於人類生存的三種運動的學說。
《否定的柏拉圖主義》
《否定的柏拉圖主義》雖然在1990年才出版，但實際上寫成於1950年代初期。在這裡，帕托什卡嘗試顛覆傳統形上學，不再把觀念視為固定的、無時間的、永恆不變的東西。相反，他試圖提出一種“否定的柏拉圖主義”，把觀念視為超越論的東西，並不具有正面的內容，而只具有 "negative plus"，超出任何給定的內容。據此，帕托什卡批評任何正面的形上學，後者試圖把認識真理視為把握觀念本身，從而衍生出操控世界並製造意識形態的結果。帕托什卡認為，人並不擁有真理，而是謙卑地、恆久地追尋著真理，服務於更高的原則。
著作
帕托什卡在生的時候，只有很少著作能夠出版流通。在他死後，其遺稿被人複製並帶往維也納，以免落入捷克當局的手中。於是，帕托什卡著作的編纂出版工作同時以德語和捷克語進行。
以捷克語著作的著作
《自然世界作為哲學問題》（Přirozený svět jako filosofický problém），1936，1970，1992
《捷克作為歐洲之一員》（Česká vzdělanost v Evropě），1940
《詩人馬哈的象徵之地》（Symbol země u K. H. Máchy），1944
《亞里士多德，其思想的先行者及後繼者》（Aristoteles, jeho předchůdci a dědicové），1964
《今天的意義》（O smysl dneška），1969
《歷史哲學的異端式論考》（Kacířské eseje o filosofii dějin），1975（自資出版），1990，2007
《否定的柏拉圖主義》（Negativní platonismus），1990
《馬薩里克三論》（Tři studie o Masarykovi），1991
《柏拉圖：古代哲學講演》（Platón. Přednášky z antické filosofie），1992
《蘇格拉底》（Sókratés），1991
《歐洲與後歐洲時代》（Evropa a doba poevropská），1992
《何謂捷克人？》（Co jsou Češi?），1992
《現象學哲學引論（Úvod do fenomenologické filosofie），1993, 2003
《身體、社群、語言、世界（1968-1968年講座）》（Tělo, společenství, jazyk, svět），1995
《藝術與時間》（Umění a čas），共兩卷，2004
《永恆性與歷史性》（Věčnost a dějinnost），2007
《夸美紐斯研究》（Komeniologické studie），共三卷，1997（I），1998（II），2003（III）
《靈魂的關注》（Péče o duši），共三卷，1996（I），1999（II），2002（III）
《捷克人》（Češi），共兩卷，2006（I），2007（II）
以德語出版的著作
Ausgewählte Schriften I-V, 1987–92（《帕托什卡選集》，四卷）
Eugen Fink und Jan Patočka, Briefe und Dokumente, 1933-1977, 1999（《（芬克與帕托什卡的通信》）
Jan Patocka. Texte, Dokumente, Bibliographie, 1999（《帕托什卡：文本、文獻、參考書目》）
Vom Erscheinen als solchem Texte aus dem Nachlaß, 2000（《論顯現本身：帕托什卡遺稿》）
Andere Wege in die Moderne Studien zur europäischen Ideengeschichte von der Renaissance bis zur Romantik, 2006（《從文藝復興到浪漫派的歐洲思想史的另一現代研究途徑》）
帕托什卡著作的法語翻譯
法語方面，已有12部著作及文集翻譯出版，譯者主要是Erika Abrams。由於捷克語不易掌握，因此帕托什卡著作的法語翻譯也是學人研究帕托什卡思想的重要參考。
Le monde naturel comme un problème philosophique. Tranduit par Jaromír Danek and Henri Declève. The Hague: Martinus Nijhoff, 1976.
Essais hérétiques sur la philosophie de l'histoire. Traduit par Erika Abrams. Lagrasse: éditions Verdier, 1981.
Plato et l'Europe. Traduit par Erika Abrams. Lagrasse: éditions Verdier, 1983.
La crise du sens, tome 1, Comte, Masaryk, Husserl. Traduit par Erika Abrams. Brussels: éditions Ousia, 1985.
La crise du sens, tome 2, Comte, Masaryk et l'action. Traduit par Erika Abrams. Brussels: éditions Ousia, 1986.
Le monde naturel et le mouvement de l'existence humaine. Édité et traduit par Erika Abrams. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 1988.
Qu'est-ce que la phénomenologie. Édité et traduit par Erika Abrams. Grenoble: J Millon, 1988.
L'écrivain, son "objet". Édité et traduit par Erika Abrams. Paris: P.O.L. 1990.
Liberté et sacrifice. Ecrits politiques. Édité et traduit par Erika Abrams. Grenoble: J. Millon, 1990.
L'idée de l'Europe en Bohême. Traduit par Erika Abrams. Grenoble: J. Millon, 1991.
L'art et le temps. Édité et traduit par Erika Abrams. Paris: P.O.L., 1992.
Papiers phénoménologiques. Édité et traduit par Erika Abrams. Paris: Millon, 1995.
L’Europe après l’Europe, traduction par Erika Abrams, Lagrasse, éditions Verdier, 2007.
