主要職責
（一）推進深化醫藥衛生體制改革。擬訂全市衛生改革與發展戰略目標、規劃和方針政策，起草衛生、食品安全地方規範性檔案，依法實施有關地方性標準和技術規範，建立和實施基本藥物制度。
（二）承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任，負責食品及有關產品的安全風險評估、預警工作，統一發布重大食品安全信息。
（三）開展愛滋病防治工作。協調有關部門對我市愛滋病實施防控和干預，控制愛滋病的發生和蔓延。
（四）統籌規劃與協調衛生資源配置，指導區域衛生規劃的編制和實施，組織制定並實施農村衛生髮展規劃和政策措施，負責新型農村合作醫療的綜合管理。
（五）制定社區衛生、婦幼保健發展規劃和政策措施，指導並實施社區衛生服務工作，負責婦幼保健的綜合管理和監督。
（六）負責疾病預防控制工作，制定並實施重大疾病防治規劃與策略，制定免疫規劃及政策措施，協調有關部門對重大疾病實施防控與干預，發布法定報告傳染病疫情信息。
（七）負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處理，發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（八）制定中醫藥中長期發展規劃，並納入衛生事業發展總體規劃和戰略目標。
（九）指導規範衛生行政執法工作，按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公共場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責傳染病防治監督；依法審批醫療衛生行政許可項目。
（十）負責醫療機構（含中醫院、民族醫院等）醫療服務的全行業監督管理，執行醫療機構醫療服務、技術、醫療質量、醫療安全和采供血機構管理的政策、規範、標準，組織制定醫療衛生職業道德規範，建立醫療機構醫療服務評價和監督體系。
（十一）組織制定衛生科技發展規劃，組織實施重點衛生科技攻關項目，組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十二）指導衛生人才隊伍建設工作，組織擬訂衛生人才發展規劃，組織實施衛生專業技術人員資格認定。
（十三）組織協調全市醫療衛生方面的對外合作交流和援外工作。
（十四）負責市保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作,負責重要會議和重大活動的醫療衛生保障工作。
（十五）承擔市愛國衛生運動委員會、市防治愛滋病工作委員會的具體工作。
（十六）承辦市人民政府交辦的其他事項。
內設機構
市衛生局設6個內設機構。
（一）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、接待、信訪、政務公開、人事、機構編制、宣傳、新聞發布等工作；協調應急工作。
（二）規劃財務科。
擬訂全市衛生事業發展總體規劃，統籌規劃全市衛生資源的配置；組織全市衛生項目的規劃和巨觀管理；管理大型醫用裝備配置；擬訂全市衛生財務、會計管理制度及財務管理辦法；提出醫療服務價格、藥品價格政策建議；負責衛生統計、內部審計工作。
（三）醫政科。
執行醫療機構、采供血機構、醫療技術套用、醫療質量、醫療安全和醫療服務管理等有關政策、規範、標準；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；負責醫療機構醫療服務、采供血機構的監督管理工作；建立醫療質量控制體系，並組織指導實施和監督、評價；指導醫療急救體系建設、醫院臨床重點專科建設、醫院感染控制、臨床藥學、臨床實驗室管理等有關工作；建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，推進公立醫院管理體制改革；組織制定全市醫療衛生科技發展規劃，組織實施重點醫療衛生科研攻關項目、衛生科普和技術推廣工作；組織指導全市衛生專業技術崗位培訓、繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；組織實施全市衛生方面專業技術資格的初審、考試、認定和註冊管理工作；協助政府和有關部門對重大災害事故和重大人員傷亡事件實施緊急救護；負責醫療事故鑑定的監督管理工作；承擔市保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作,組織全市性重大活動的醫療保障工作；負責中醫、中西醫結合管理工作;負責組織有關醫療衛生方面的合作和交流。
（四）疾病預防控制科（防城港市衛生應急辦公室）。
擬訂全市疾病控制規劃、國家免疫規劃工作方案和嚴重危害公眾健康的公共衛生問題的干預措施並組織實施，定期開展督導檢查；發布全市法定報告傳染病疫情信息；擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度和措施；指導實施突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急工作；組織協調突發公共衛生事件應急處置，發布突發公共衛生事件應急處置信息；組織協調重大災害、恐怖事件、中毒事件及核事故、輻射事故等突發公共事件的緊急醫學救援並協調解決事件涉及的公共衛生相關問題；協調有關部門對全市愛滋病實施防控和干預，指導各級防治愛滋病工作辦公室的工作；指導各級愛國衛生運動委員會辦公室的具體工作。
（五）基層衛生和婦幼保健科。
負責全市農村基本醫療衛生保健、新型農村合作醫療制度和農村衛生綜合管理工作；擬訂有關政策、規劃並組織、協調、指導實施；參與規劃指導全市農村衛生服務體系建設，指導農村衛生服務及鄉村醫生相關管理工作；監督指導全區農村衛生政策的落實；擬訂婦幼衛生、社區衛生規劃、規範並組織實施與管理；依法對婦幼保健和生殖健康專項技術、計畫生育技術服務實施監督管理；牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；組織實施基本藥物制度改革。
（六）政策法規和監督科（行政審批辦公室）。
承擔機關規範性檔案的合法性審查；承擔有關行政複議和行政應訴工作；組織協調開展普法與依法治理工作；負責衛生法制培訓及宣傳教育工作；指導規範全市衛生行政執法；按照職責分工，負責職業衛生、環境衛生、學校衛生、公共場所衛生等監管工作；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場；組織查處重大衛生違法案件；負責食品安全綜合協調，組織食品安全重大事故的調查處置；開展食品安全監測、風險評估和預警工作；負責食品安全企業標準的備案，重大食品安全信息發布工作；牽頭負責行政審批工作。
