佛教
民國時期
提倡“廢廟興學”，佛教的社會影響逐漸削弱。1934－1936年，阜陽地區各縣成立佛教組織，今阜南縣境內佛教活動屬阜陽縣佛教會管理。抗日戰爭時期，寺廟破敗，佛教日趨衰落。
建國後
實行宗教信仰自由政策。1952年，安徽省人民政府在全省範圍內對佛教進行了調查統計，阜南縣有寺廟20座。土地改革後，廟產土地被分配。農業合作化後，大部分僧尼還俗參加農業生產或社會工作。有的被評為勞動模範，有的當了國小教師，有的成為國家幹部。全縣尚有僧尼9人，多為年事已高的老人。1958年“反右派”、“大躍進”運動後，在宗教受到衝擊的情況下，省宗教局擬定了全省一批列入保護範圍的寺廟，其中阜陽地區3所，阜南縣沒有一所。1966年“文化大革命”開始，所有寺廟均遭衝擊毀壞。1978年中共十一屆三中全會後，落實黨的宗教政策，阜陽地區經批准開放的3處寺廟，均不在阜南縣。對尼姑岳會光、王守信、馬付音以及和尚崔遠修等8人，中共阜南縣委統戰部每年都給予適當的生活補助。
1982年，阜南縣有僧尼6人。1985年全縣有僧尼2人，因年事高、無廟宇，故無佛事活動。但有些廟會仍年年如期逢會。
道教
基本概括
道教是土生土長的具有中國歷史性與民族性的宗教。被道教奉為教祖的老子，其故里就在渦陽城北鄭店村。與渦陽同在一個地區的阜南縣，歷史上道教的興起和發展都受到很大影響。但隨著歷代統治階級宗教政策的變更，道教幾經興衰。一些寺廟住進道士，一些宮觀住進僧人的現象也是常有的。清代，因滿族信奉喇嘛教，重佛歧道，對道教加以限制，禁絕“聚會念經、執旗鳴鼓、聚眾拈香”。嚴令“巫師道士跳神驅鬼邪以惑民心者處死，其延請跳神逐邪者亦治罪”。因而宮觀破敗，道士窮困，道教處於衰微狀態。但道教思想仍植根民間，祈禱齋醮活動成為民俗的一部分，一直流行到民國時期。
阜南道觀
有建於元代中期的柴集五嶽廟，規模較大，民國時期尚有房28間。清代嘉慶十年建的曹集東嶽廟有房11間。中崗東嶽廟是清末建的，有房14問。民國25年（1936）阜陽道教協會成立，屬於今阜南縣境內的道士歸阜陽道教協會管理。至建國前，阜南只有少數稱為“端公”（屬道教真大教派）的為人“叫魂”、“求雨”、“開財門”。建國後均已絕跡。
伊斯蘭教
歷史概括
伊斯蘭教約在唐永徽年間（650—655）傳入中國，唐宋之際由長安東傳中原，由東南沿海傳至揚州及淮潁，傳入阜陽地區時間不晚於北宋。阜南縣伊斯蘭教與阜陽全地區同樣，在教派上屬於遜尼派，在教律上均為哈乃斐派。
清真寺是穆斯林叩拜真主和祈禱的地方，是穆斯林政治、經濟、文化中心，因此各族穆斯林都是圍寺聚居，自成一坊。阜南縣中崗清真寺屬阜陽地區最早建立的清真寺之一，據說建於南宋（一說建於明代）。焦陂清真寺在全地區也較著名。元代，回民民族形成後，信奉伊斯蘭教的人數增多。明代，朱元璋起兵皖北，軍中將士多有回民，伊斯蘭教得以發展，清代前期因嚴厲鎮壓西北回民起義，伊斯蘭教在內地也受到限制，清中葉以後才有發展。
民國時期，因孫中山倡導漢、滿、蒙、回、藏“五族共和”，回族地位提高，伊斯蘭教在阜陽地區有進一步發展。因阜陽地區穆斯林均為回族，回族在內地多聚族而居，又以聚居城鎮為主，故阜南縣穆斯林多集中居住中崗（占全縣總數80%）、焦陂、曹集。
建國後實行民族平等，宗教信仰自由。按照憲法規定的宗教政策，清真寺只是為滿足穆斯林宗教生活的需要，阿訇亦只是宗教領鈾，無宗教特權。在土地改革運動中，清真寺擁有的土地被合理分給回民民眾。1958年推行宗教制度改革，將清真寺在土改時保留的少量土地全部劃歸人民公社所有。1966年“文化大革命”中，清真寺的一切正常宗教活動被完全停止。
清真寺
中共十一屆三中全會以後，黨的宗教信仰自由的政策得到落實。伊斯蘭教逐步落實清真寺房產，並進行了整修。1982年以後，中崗、焦陂兩座清真寺相繼開放，並新建城關清真寺一座。中崗清真寺約有穆斯林2200人。焦陂清真寺約有穆斯林750人，城關清真寺約有穆斯林200人，各清真寺建立了民主管理委員會，簡稱“寺管會”，團結廣大穆斯林進行正常宗教活動，走愛國愛教道路，每年“開齋節”都舉行慶祝活動。穆斯林的政治地位也得以提高，阿訇海萬象還被選為阜南縣政協常務委員。
天主教
天主教於清代鴉片戰爭後傳入阜陽地區。
清光緒十年（1884），義大利籍神父在公橋集南頭用200塊大洋購喬天鳳家20畝地建教堂，分東西兩堂。東堂占地12畝，主建築為教堂10間，堂內可容納教友800人，堂東為神父隱修樓（二層），樓北20間平房為男教友宿舍，東有魚塘、廚房、菜園。路西為西堂，占地8畝，為女修院，有女修樓二層3間。樓西10間平房，是女教友宿舍。教堂除進行宗教活動外還開設診所，免費或少收費為教友看病。教友千餘人。意籍傳教士杜神父、卜神父、柴神父相繼到公橋傳教。
神父樓曾因神父買辦與八里王莊農民王四、王五發生矛盾而被二人放火燒毀，意籍神父到阜陽強迫縣衙重修，索取的銀元用獨輪車推回。並與當地土豪劣紳相勾結，豢養打手買辦六七人，養有狼狗，警戒森嚴。1948年秋，公橋解放，外籍神父被遣送回國，中國籍牧師宋振榜、王老愛回原籍，教堂房屋被鄉政府和糧站拆除翻建。
基督教
19世紀以後，國內外基督教發展多樣化，教派林立，主要有內地會、安息日會、自立會、中華基督教會、浸信會等。各種教派紛紛差派教士傳教，並深入內地，組織傳教機構，稱作“差會”。內地會是各教派中在阜陽發展最大的教會。
民國26年（1937），臨泉縣長老於洪圖在新村集陶殿勛家開堂禮拜，傳教到天棚、柴集等地，信徒450人。於洪圖和陶殿香、陶友真、薛學永等並倡議脫離“差會”勢力，“自立、自養”，走自辦教會道路。同年，袁集劉顯亞、劉亞東、翟金剛、李德平、陳其坤成立五人傳教小組，在袁集、朱寨、四十里舖、三塔等地傳教。並有阜陽“內地會”之美國人黑牧師、羅牧師往來其間，宣傳《聖經》，散發福音小冊子。由“布遂團”、“傳道組”、“查經班”等組織遊行傳道。阜陽布遂團在朱寨利用逢集日，扛著大旗、敲鑼打鼓，大街小巷，四處傳教。與之同時，李輸臣、郜結甫、李老經、郭勤章等在中崗、曹集等地傳教。
民國27年，基督教傳入趙集楊前坡及薛集、方集、地城等地。由阜陽縣西南教區楊其元任第八教區區長，有信徒325人。至民國34年今阜南境內共有基督信徒2532人，以三塔、新村、朱寨等地居多。
民國28年，基督復臨安息日會由阜陽安息堂傳入三塔，安息日會信徒280人。
建國前，阜南境內共有基督徒4870人，聚會點93處，建立公共教堂十餘所。新中國成立後，基督教解除了外國“差會”的控制。在黨的民族宗教政策指引下，廣大教徒獨立自主地辦教會，各派繫結束了以往相互排斥的局面。
1951年，皖北行署開展對基督教各種情況的調查，割斷與外國教會的經濟聯繫，成立“基督教革新委員會”。土地改革運動時，宗教活動暫停。1953年重新恢復，1954年成立了“基督教三自愛國運動委員會”（自治、自養、自傳）。
1954年，新村人楊以端代表阜南縣基督教徒出席了在上海舉行的第二屆全國基督教會議後，在全縣基督信徒中傳達了會議精神。這時期共有信徒5630人（其中安息會300人），較建國前增加15.6%。
1958年實行宗教制度改革，阜南縣31處聚會禮拜堂停止活動。1963—1964年“四清”運動時期，信教人數下降，1966年“文化大革命”開始，宗教界同樣遭衝擊。有10所教堂被關閉，90處家庭聚會點停止禮拜，50多名教牧人員被遊街批鬥，燒《聖經》150餘本。信徒由5600餘人下降到2842人。
1980年5月，基督教愛國人士唐效禹被特邀為縣首屆政協委員。同年10月縣召開了全縣11個區（鎮）57位代表參加的基督教代表會議，會上成立了阜南縣三自愛國運動委員會籌備小組。1982年，貫徹中共中央19號檔案，縣“三自”籌備小組向全縣基督信徒印發了《信徒守則》，並對全縣206個聚會點進行整頓，按信徒人數和地區情況合併為52個。對借傳道之名騙取財物、搞迷信活動的給以批評教育，為“三自”愛國運動的發展奠定了基礎。1983年，經過清查，打擊了以李守常為首的“呼喊派”和以楊之恩為首的流氓集團，有力地抵制了國外宗教反動勢力的滲透以及揭露了他們借傳教搞流氓、迷信活動，在教內散布異端邪說，製造混亂煽動教徒反對“三自”；在教外擾亂社會治安，破壞“四化”建設的違法犯罪行為，教育了廣大民眾。在此基礎上，經省、地批准，先後開放了城郊區的大張莊、大杜莊，朱寨區的朱寨、袁集，趙集區的趙集等5個基督教活動點。1984年5月，縣正式設定了民族宗教事務科，管理宗教行政事務。同年，開放了地城區張老莊活動點，1985年春又開放了柴集區的柴集、新村，三塔區的三塔，黃崗區的東張寨、吳大莊等5個活動點，全縣基本上實現了基督教宗教活動正常化。共有教徒11000餘人，較1949年前增加二倍多。
1985年6月25日，正式成立了阜南縣基督教三自愛國運動委員會。全縣有9個教會點正在興建教堂。
