地貌特徵
保護區是閩中戴雲山脈東北段與鷲峰山脈西南段交接的低山丘陵區域，閩江自西北向東南斜貫保護區，閩江以北部為鷲峰山南伸余脈，閩江以南部為戴雲山北延余脈。區內有黃棋山、小人仙、四維山、長箭山等數座千米以上的山峰，相對高差達1000m左右。氣候屬亞熱帶季風氣候區，年平均氣溫19.7℃，年降水量為1400～1900mm，常年相對濕度為83%。土壤主要由花岡岩、流紋岩和凝灰岩發育而成。林地土壤類型相對單一，僅有鐵鋁土土綱濕熱鐵鋁土亞綱紅壤土類，分紅壤和黃紅壤2個亞類。境內水系發達，流經保護區的河流主要有閩江、大雄溪、安仁溪、石潭溪和磊溪等溪流。植物資源
保護區內植被類型以常綠闊葉林為主，植被類型可分為針闊葉混交林、暖性針葉林、常綠闊葉林、竹林和灌叢等5個植被型，有馬尾松林、絲栗栲林、馬尾松林、杉木林、南嶺栲林、甜櫧林、米櫧林、絲栗栲林、閩粵栲林、福建青岡林、青岡林、阿丁楓林、細柄阿丁楓林、毛竹林、黃甜竹林、映山紅灌叢、滿山紅灌叢等16個群系45個群叢。福建青岡林、絲栗栲林、甜櫧林、米櫧林、青岡林等保存較完好。保護區野生動植物資源豐富。已查明野生植物有維管束植物236科751屬1660種，其中蕨類植物40科78屬165種、裸子植物8科11屬13種、被子植物188科662屬1482種。列入國家重點保護的野生植物有19種，其中國家一級保護的有南方紅豆杉（Taxus wallichiana）和伯樂樹（Bretschneidera sinensis）2種，國家二級保護區的有金毛狗（Cibotium barometz）、水蕨（Ceratopteris thalictroides）、刺桫欏（Alsophila spinulosa）、粗齒桫欏（Gymnosphaera hancockii）、福建柏（Fokienia hodginsii）、香榧（Torreya grandis）、樟樹（Cinnamomum camphora）、閩楠（Phoebe bournei）、金蕎麥（Fagopyrum cymosum）、野大豆（Glycine soja）、花櫚木（Ormosia henryi）、傘花木（Eurycorymbus cavaleriei）等17種。福建省重點保護珍貴樹木有江南油杉、柳杉、沉水樟、刨花潤楠、白桂木、青錢柳等12種。蘭科植物有金線蘭（Anoectochilus roxbouergii）、鉤距蝦脊蘭（Calanthe graciliflora）、多花蘭（Cymbidium floribundum）、建蘭（Cymbidium ensiplium）、見血清（Liparis nervosa）、獨蒜蘭（Pleione bulbocodioides）、綬草（Spiranthes sinensis）、帶唇蘭（Tainia dunnii）等27種。
動物資源
動物地理區系屬東洋界華中區東部丘陵平原亞區和華南區閩廣沿海亞區過渡區域。已查明的野生脊椎動物有35目98科391種，其中魚類資源有5目14科54種、兩棲類有2目7科30種、爬行類2目12科70種、鳥類18目56科193種、獸類8目19科44種。列入國家重點保護的有37種，其中國家一級保護的有雲豹（Neofelis nebulosa）、蟒蛇（Python molurus）等2種，國家二級重點保護的有獼猴（Macaca mulatta）、穿山甲（Manis pentadactyla）、黑熊（Selenarctos thibetanus）、青鼬（Martes flavigula）、水獺（Lutra lutra）、鬣羚（Capricornis sumatraensis）、黑翅鳶、松雀鷹、鳳頭鷹、白腹山雕、林雕（Jctinaetus malayensis）、蛇雕（Spilornis cheela）、紅隼、白鷳（Lophura nycthemera）、草鴞（Tyto capensis）、雕鴞、褐林鴞、褐翅鴉鵑（Centropus sinensis）、虎紋蛙（Rana tigrina）、花鰻鱺（Anguilla marmorata）、陽彩臂金龜、戴叉犀金龜等35種。屬於中日兩國政府協定保護候鳥有66種，中澳兩國政府協定保護候鳥有17種。此外，保護區查明還有無脊椎動物昆蟲綱29目274科2017種、蛛形綱4目21科117種，大型真菌10目34科195種，土壤和樹體微生物12目18科55種。估計保護區內的大型真菌數量在300種以上。環境保護
1985年經福建省人民政府批准建立了以保護福建省珍稀用材樹種福建青岡（黃楮）為主要對象的閩清黃楮林省級自然保護區，面積為232.4hm2，保護區設管理站，隸屬閩清縣人民政府領導，業務工作屬縣林業局。2001年著手擴大保護區工作，2003年經省政府同意，保護面積擴大到13511.2hm2，主要保護全國面積最大的黃楮林。2005年經福州市和閩清縣編委批准，成立了規格相當正科級的財政核撥事業單位——閩清黃楮林自然保護區管理處專門管理機構，編制15人。2007年，保護區正式上報國家林業局申報國家級自然保護區，申報面積為12899.7hm2。福建黃楮林自然保護區位於閩江中游，生物多樣性豐富，是閩江流域優質水源的最後補給地，每年可向閩江補給約1.2億m3的優質水，是福建建設生態省戰略布局中閩東南功能區的重要組成部分，是福州市的重要生態屏障，是研究大陸和台灣生物多樣性特別是動物的相互關係的理想區域，是福建自然保護區網路特別是戴雲山脈自然保護區群網建設的重要組成部分。保護區建區以來，先後接待前來考察、研究、教學實習的專家、學者、大中專學生及青少年夏令營師生近4000多人次，並受到越來越多的社會各界人士關注，較好地發揮了自然保護區作為科研、教學培訓和科普教育基地的作用。同時保護區內湯下溫泉資源和森林資源等，也吸引了眾多的社會各界人士前往考察、休閒。
