歷史沿革
閩南佛學院南普陀寺後山有“五老凌霄”之美稱，乃廈門八大勝景之一。山上林木蔥鬱，奇石嶙峋，洞壑幽深；登高遠眺，海空寥廓，浩渺無邊；左鄰廈門大學，右毗理工學院，形成一個環境幽美，學習氣氛濃厚的文化區。
南普陀寺原屬臨濟宗喝雲派師徒剃度的子孫世襲傳承制道場，1924年，志存高遠的轉逢和尚，力主革新，將寺更改為十方選賢的叢林制，推選會泉法師為首屆方丈。翌年於寺內創辦閩南佛學院，併兼任院長。一九二七年，會泉法師三年方丈任期滿後，禮請太虛大師為住持兼閩南佛學院院長。一九三四年春，為整頓閩院學風，改進教學，弘一大師應邀前來，創辦了佛教養正院，培養學生的僧格、僧德。一時使閩院精英薈萃，高僧輩出，為海內佛教界造就了眾多優秀僧才。當代一些著名的佛教泰斗，如台灣的印順導師、菲律賓的瑞今大師，已故新加坡宏船長老、廣洽老和尚、演培大師、馬來西亞的竺摩法師等，都出自閩南佛學院。1937年抗戰暴發，閩院被迫停辦，12年間共培養出200多名出色僧才。
1981年，悲願深切的妙湛老和尚復辦了停辦已久的佛教養正院，1985年，在中國佛協趙朴初會長、新加坡宏船長老的關心支持下，又恢復了閩南佛學院。在老和尚的統理下，教育設施，教學素質，學院規模，均有較大的提高和發展，重現了往昔的輝煌。
1997年三月，南普陀寺禮請中國佛教協會副會長、湖南省麓山寺方丈聖輝法師繼任南普陀寺方丈和閩院院長，對學院進行整飭和完善，使學院秩序坦然，學風嚴謹，教務教學蒸蒸日上，教育事業蓬勃發展。現任院長聖輝法師為全國政協常委。
學院宗旨
以“愛國愛教，學修並重”為宗旨；以“學修一體化，學院生活叢林化”的辦學方針；教學上堅持“八宗並重，五明兼顧”。師資力量
閩南佛學院現有法師、教授總計62名，其中男眾法師有21名，女眾法師23名，聘請社會其他大學兼職教授18名。閩南佛學院學員都是來自全國各地寺院的出家眾。學員須具有高中或相當於高中文化程度，年齡在十八歲至三十歲之間，經過統一考試，擇優錄取。分設男眾部和女眾部。男眾部設在南普陀寺內，女眾部設在景色秀麗的金榜山紫竹林寺。現有預科男、女眾學僧102人，總計畢業男女學僧469名，分赴各地佛學院任教，或管理寺院，或在各地佛教會任職，更有不少優秀學員遠渡重洋，到歐美及南洋等地弘揚佛法和求學深造。
課程設制
閩院的課程設定，本著繼承傳統，面向未來及中西結合的方針，加強基礎，淡化專業，以便為畢業生今後的專業學習打下堅實的基礎。開設佛學、社會課程。環境設備
閩南佛學院復辦以來，在妙湛院長的領導下，重興寺宇、增建殿堂、新建禪堂、圖書館、添置圖書，建造學生宿舍，法師樓等，使閩院規模不斷擴大，設施日臻完善。1993年，閩院建成國內（大陸）較大的禪堂，供師生參禪修持使用，成為閩院師生重要的修持場所。為了提高學院的教學水平與效果，充分利用和掌握電腦這門現代化技術。2001年9月，學院設定了男女眾二個電腦室，現擁有電腦53台；各處室和法師個人也都配備了電腦，並且都上了國際網際網路，供列印檔案、查找資料、獲取信息、提高通訊、辦公管理等使用。還配備了投影機、實物展示台、DVD、錄像機等先進設備，輔助教學及各種大型活動使用。
閩院學報
閩南佛學院辦院刊已有悠久的歷史。早在二十年代，會泉老法師創辦閩院時，先後創辦過《現代僧伽》、《現代佛教》、《佛教公論》等期刊，1989年，閩南佛學院繼承閩院辦刊的優良傳統，創辦了《閩南佛學院學報》。學報每年發行二期。2001年，《閩南佛學院學報》決定改刊為《閩南佛學》，由正規出版社公開出版發行，成為國內為數不多的學術性刊物，每年出版一期。
圖書館
閩南佛學院從創辦初期，老一輩辦學者皆注重圖書的購置和收藏。歷史上的閩院曾有豐厚藏書，文革期間，寺院遭毀，圖書被抄一空。1989年，太虛圖書館落成。現存有七種版本的大藏經共九套，其他各種書籍約兩萬五千多冊。現已經都編目輸入電腦，採用電腦化管理了。
研究生
為了進一步培養高層次的僧才，發揚閩院數十年來注重人才培養的優良傳統，造就一批跨世紀佛教的僧才，在長期堅持本科教育的基礎上，決定自1999年2月起，開設研究生教育，提高閩院的整體水平，並且已於2002年2月第一屆七名碩士研究生通過嚴格的答辯畢業。
閩院第一屆研究生班聘請到中國人民大學博士生導師方立天教授、北京大學樓宇烈教授、中國社會科學院楊曾文教授、方廣錩教授。現今第二屆研究生班聘請了南京大學博士生導師賴永海教授、四川大學哲學宗教系陳兵教授、復旦大學哲學系宗教室王雷泉教授。除聘請外校的教授外，還聘請了本院濟群法師、向學法師，一共有九位導師。
這次在閩院第七屆畢業生中共招收六名研究生，開設華嚴、禪定學、唯識、三論、天台、佛學與儒學六個專業與宗教學原理、佛教文獻學概論、中國古典名著選讀、外語、文史專題講座五門公共課。採用學分制，要求通過三年的學習，修滿30個學分，最後通過論文答辯，達到愛國愛教、具有比較廣博、專深的佛教知識、具有一定教學、弘法能力和獨立研究能力、相當於普通高校碩士研究生水平的目標。
今天的閩南佛學院環境設備優良、經典藏書豐富、師資陣容強大、院務管理精嚴、教學制度健全、繼承傳統叢林生活等特色。已成為國內漢傳佛教佛學院中規模最大、學員最多、教學設施完善的重點佛學院。歡迎廣大僧青年踴躍報考。
