歷史沿革
1953年2月21日，建立中央人民政府交通部長江航務管理局公安局；同年6月，更名為中央人民政府公安部長江公安局；
1954年7月，更名為長江航運管理局公安局；
1968年11月，更名為長江航運公安局。
2002年1月7日，國務院下發《關於長江港航公安管理體制改革有關問題的批覆》(國函 [2002)1號)明確：“長江港航公安機構作為國家治安行政力量和刑事司法力量的重要組成部分，行使跨區域的中央管理水域的公安管理事權。”“長江航運公安局由交通部公安局領導，其黨政關係由交通部委託長江航務管理局管理。長江航運公安局所屬公安機構由長江航運公安局統一垂直管理，公安業務工作實行長江航運公安局和所在地公安機關雙重領導，以長江航運公安局領導為主。”“長江港航公安機構為行政機構，公安民警納入國家行政編制。”“長江港航公安機構所需經費由中央財政負擔；長江港航公安機構的基本建設投資納入交通部計畫渠道。”經國務院和中央編委批准，中央機構編制委員會辦公室下發《關於批覆長江航運公安機構設定和人員編制的通知》(中央編辦復宇[2002)181號)。
機關內設
長江航運公安局辦公室(指揮中心)、法制處(監所管理處)、信息通訊處、財務處、基建裝備處、審計處、警務督察處、警衛處(船舶保衛處)、政治部(下設宣傳教育處、組織人事處)、紀委辦公室(監察處)；國內安全保衛總隊(出入境管理處)、治安管理總隊(水上巡邏警察總隊)、刑事偵查總隊(經濟犯罪偵查總隊)、水上消防總隊(消防監督處)、乘務警察總隊。
下設機構
長江航運公安局下設：瀘州、重慶、萬州、宜昌、荊州、武漢、黃石，岳陽，九江，蕪湖、安慶，南京、蘇州、鎮江、南通，上海16個公安分局和長江航運人民警察學校(交通部公安民警培訓中心)。
長江航運公安局在長江全線共設有78個公安派出所，分別由16個分局按各自航段管轄。
主要職責
1．貫徹執行國家有關法律法規和公安部、交通部有關公安保衛工作方針、政策；
2．負責實施長江中央管理水域治安行政管理工作，查處治安案件，維護治安程式，保障客貨運輸安全；
3.負責偵破發生在長江中央管理水域的各類刑事案件，預防、制止和打擊各類刑事犯罪活動；
4.負責長江中央管理水域水上設施、船閘和客運、貨運船舶治安保衛工作；負責反恐怖、反劫船等工作，處置突發性事件；
5．負責長江中央管理水域航行、停泊、作業的中外民用船舶、水上設施、躉船、碼頭的消防監督管理工作；
6．負責長江中央管理水域外籍船舶、船員、旅客等出入境管理工作，查處涉外案件；
7．負責長江中央管理水域的警衛工作；
8．負責長江航運公安機關黨的建設和隊伍建設；
9．承辦上級交辦的其他工作。
