設立
1683年12月，清廷決定，劃出寧古塔將軍所轄之西北地區，在黑龍江中游東岸的黑龍江城，增設鎮守黑龍江等處地方將軍，簡稱黑龍江將軍。這是黑龍江自成一個軍事、行政區域並以“黑龍江”命名的開端。形成盛京、寧古塔、黑龍江三將軍並立。初置黑龍江將軍時，由寧古塔副都統薩布素升任，駐黑龍江東岸的愛琿（舊城）。康熙二十三年（1684年），薩布素移駐黑龍江西岸的愛琿新城（黑龍江城）。康熙二十九年（1690年），移駐墨爾根（今嫩江）。康熙三十八年（1699年），薩布素復自墨爾根移駐齊齊哈爾。此後二百多年，黑龍江將軍府一直設於齊齊哈爾。
職權
黑龍江將軍是清政府設於邊疆地區的最高官員，直接對皇帝負責。與清廷設於內地的駐防將軍不同，黑龍江將軍除了管理軍政、旗務以外，還兼管地方民政、民刑等事宜。黑龍江將軍統管八旗駐防、水師營、火器營、打牲總管衙門、八旗官學等。民事上設有印房、銀庫、刑司、戶司、兵司、工司等機構辦事。黑龍江將軍之下先後設有黑龍江（璦琿）、墨爾根、齊齊哈爾、呼倫貝爾、呼蘭、布特哈、通肯等7城副都統和興安城副都統銜總管。1862年（同治元年）開始，黑龍江將軍轄區內取消副都統，相繼設立道、府、廳、州、縣等地方行政建置。
轄區
黑龍江將軍轄區初期，廣袤數千里。東至畢占河、南至松花江，與吉林將軍轄區接壤； 北至外興安嶺與俄羅斯為界；西至喀爾喀接車臣汗部界。南北距3800餘里，東西距3100餘里 。1689年（清康熙二十八年），中俄簽訂《尼布楚議界條約》，確定了中俄兩國東段邊界， 即以額爾古納河、外興安嶺至海為界。額爾古納河右岸為中國領土，左岸為俄國領土；外興 安嶺至海，嶺南為中國領土，嶺北為俄國領土。外興安嶺與烏第河之間待定另議。進入19世 紀以後，沙皇野心復萌，不斷人侵中國黑龍江中下游地區，非法霸占中國領土。迫使清朝當 局於1858年（清鹹豐八年）簽訂不平等的中俄《璦琿和約》（通稱《璦琿條約》），中俄兩 國國界由外興安嶺分水嶺南移到黑龍江，沙俄攫取了黑龍江以北60多萬平方公里的中國領土 ，致使黑龍江將軍轄區總面積銳減。 黑龍江將軍為便於進行行政管理和抗禦外敵入侵，在轄區內分地築城，劃分副都統轄區 ，派副都統或副都統銜總管駐守。初期，先後分設黑龍江、墨爾根、齊齊哈爾、呼倫貝爾（ 今海拉爾市）、布特哈（今莫力達瓦達斡爾族自治旗境內）、呼蘭6城。至光緒年間，又先後 增設興安城（今嫩江縣境內）和通肯城（于海倫河北新建通肯城），史稱“黑龍江八城”。 隨著清廷對東北封禁政策的解除，黑龍江地區逐步放荒招墾，人煙漸稠，民事日繁，遂陸續 劃定區域添設民官。至1906年（清光緒三十二年），黑龍江將軍轄區先後設定呼蘭府、綏化 府、海倫直隸廳、黑水廳（今龍江縣）、大賚廳（今大安市）、肇州廳、安達廳、巴彥州、 木蘭縣、蘭西縣、青岡縣、餘慶縣（今慶安縣）、拜泉縣、大通縣（今通河縣）、湯原縣， 計2府、5廳、1州、7縣。並於1905年（清光緒三十一年）添設黑龍江分巡道和綏蘭海兵備道 ，翌年將綏蘭海兵備道移至興安嶺以東改為興東兵備道。同時，鑒於齊齊哈爾、呼蘭、通肯 副都統轄區已添設民官，“布特哈系打牲部落，牲丁無多”，黑龍江將軍奏請朝廷批准，於 1906年（清光緒三十二年）初，裁撤了齊齊哈爾、呼蘭、通肯、布特哈四城副都統。其他各 城副都統因地處邊防等因，仍依其舊制不變。裁撤
光緒三十三年（公元1907年），清政府行東北新政，設黑龍江行省，裁撤黑龍江將軍，最後一任黑龍江將軍程德全改署黑龍江巡撫。有清一代，除程德全是漢人外，黑龍江將軍一職都由滿清宗室、旗人擔任。
