寧古塔向為東北重鎮。明末，1616年（明萬曆四十四年）建州女真首領愛新覺羅·努爾哈赤稱“汗”，定國號為金（史稱後金），建元天命，都於興京（赫圖阿拉，今遼寧省新賓縣老城）。1625年（後金天命十年），努爾哈赤遷都瀋陽，定名盛京，並於寧古塔派兵戍守。1645年（清順治二年），清廷定文武官員品級，鎮守寧古塔總管為三品。1653年（清順治十年），清廷決定，將盛京昂邦章京（即總管）所轄的黑龍江、松花江、烏蘇里江流域，包括黑龍江上游的石勒喀河流域和庫頁島在內的海中諸島，劃為單獨的行政區，設定寧古塔昂邦章京。至此，寧古塔昂邦章京轄區成為與盛京昂邦章京轄區並列的特別行政區。寧古塔昂邦章京始駐寧古塔城（今海林市境內寧古塔舊城）。1662年（清康熙元年），將寧古塔昂邦章京改為“鎮守寧古塔等處地方將軍”。因寧古塔城常遭水患和為抗擊沙俄用兵需要，1666 年（清康熙五年），寧古塔將軍衙門移駐寧古塔新城（今寧安縣城）。1676年（清康熙十五年），寧古塔將軍衙門移駐船廠後，由將軍主持修築吉林烏拉城（今吉林省吉林市），豎木為牆，史稱“吉林木城”。1757年4月11日（清乾隆二十二年二月二十三日），將寧古塔將軍改稱“鎮守吉林等處地方將軍”（簡稱吉林將軍）。
寧古塔將軍轄區，範圍廣闊。據《大清一統志》記載：“東濱大海，西接邊牆，南峙白山，北逾黑水”。即東至大海3000餘里，指北起鄂霍次克海，南至日本海的海面；西至柳條邊590餘里，至盛京威遠堡開原界；南至長白山南圖們江、鴨綠江1300餘里，與朝鮮分界；北逾黑龍江至外興安嶺。1683年（清康熙二十二年），劃出黑龍江將軍轄區後，寧古塔將軍轄
區範圍大為縮小。1860年（清鹹豐十年），不平等的《中俄北京條約》簽訂後，烏蘇里江以東40多萬平方公里中國領土被沙俄割占，吉林將軍轄區進一步縮減，即東至烏蘇里江、松阿察河與俄羅斯分界；南至圖們江、鴨綠江與朝鮮分界；西至威遠堡邊門開原界；北至松花江達黑龍江將軍轄區界。在轄區內分地築城，先後設定吉林、三姓、阿勒楚喀、伯都訥、琿春副都統鎮守。1907年4月20日（清光緒三十三年三月初八日），清廷決定，裁撤盛京、吉林、黑龍江將軍，設定奉天、吉林、黑龍江行省。
