一、內設機構
（一）辦公室起草本局的年度工作計畫，處理局機關日常政務，起草和審核有關檔案和報告；負責秘書事務、文書檔案、信訪、保密、政務調研、政務信息和外事工作；負責督促檢查、文電處理、會議組織、稅收宣傳工作；制定辦公規章制度等行政事務；指導辦公自動化工作；辦理本級和市局轉辦的人大議案、政協提案；負責機關辦公物品的採購、保管、分配。
（二）政策法規科擬定稅收綜合業務的規章制度；負責稅收法律事務的協調；對稅收規範性檔案會簽、清理、備案；開展對稅制和稅收政策運行情況進行監測；對稅收法律、法規的執行情況進行監督檢查；落實稅收執法責任制，開展稅收執法檢查；負責重大稅收案件的審理，稅務行政處罰案件聽證；承辦稅務行政複議、訴訟、賠償案件；配合政府部門搞好法制教育工作。
（三）流轉稅管理科負責由國稅機關徵收的各稅種的稅政管理；負責增值稅、消費稅、車輛購置稅等稅種的納稅評估；實施增值稅防偽稅控和稽核系統；負責組織安排各稅種的日常稽核和調查工作；負責對有關企業的財務制度管理和監督工作；負責增值稅專用發票的稅政管理及限額限量的行政許可接收、審批。
負責進出口貿易的稅收管理業務；負責出口產品退（免）稅辦理工作；負責出口貨物退（免）稅業務問題的收集、匯總和有關報表的統計上報工作；負責組織安排出口退（免）稅的日常稽核和檢查工作；負責對企業的有關出口退稅的財務制度管理和監管工作。
負責企業所得稅和儲蓄存款利息所得個人所得稅的徵收管理和稅政業務；對有關稅種的具體問題進行解釋和處理；負責擬定所得稅徵收管理的具體實施辦法；負責組織企業所得稅的彙算清繳工作；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作。
負責國際稅務事項管理工作，包括稅收協定的執行、反避稅實施、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作和現行涉外稅收政策組織實施；負責外商投資企業、外國企業的相關稅收業務和徵收管理工作。
負責實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度；負責稅務登記、稅種登記、納稅申報、征管質量考核、綜合納稅評估、信用等級評定和稅收資料的管理；緩稅的審核和呈報工作；協調組織欠稅管理；負責普通發票（除收購發票外）管理；個體工商戶和集貿市場稅收的徵收管理；負責組織、推廣、套用綜合徵管軟體和稅控收款機的工作。
（六）計畫財務科負責編制、分配稅收計畫，組織並檢查稅款入庫工作；制定稅收計統工作制度；對稅收數據進行核算、統計和分析；負責稅收資料調查和測算，監控管理重點稅源；進行稅收能力估算；負責稅收票證管理工作。
負責經費、財務、基本建設裝備和資產的管理工作。
負責機構、編制、任免、獎懲、調配、勞動工資、專業技術職務和幹部管理等人事管理工作；按照管理許可權負責科所長離任審計計畫；負責離退休幹部的管理和服務工作；負責思想政治工作，精神文明建設，基層建設和獎勵評先；負責教育培訓管理工作。
離退休幹部辦公室(掛靠人事教育科)。負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
履行黨的紀律檢查和行政監察工作職責。負責本局黨風廉政建設、查辦違紀違法案件、糾正行業不正之風、執法監察、監督檢查和廉政教育工作，負責開展內部審計和科所長離任審計工作。
（九）辦稅服務廳主要負責納稅人到稅務機關辦理的各種涉稅事項，具體辦理稅務登記、受理納稅申報、稅款徵收、稅款解繳、發布欠稅公告、發票領銷存、金稅卡發行、報稅認證比對、稅法宣傳、諮詢輔導，受理各項行政許可申請、處理一般性違規違章行為等。
機關黨委辦公室：負責局機關的黨務、工會、共青團、婦聯工作；負責指導本系統的黨務、工會、共青團、婦聯工作。
二、直屬機構
稽查局
組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稽查選案、檢查等工作；負責稅收舉報案件的受理、上級交辦、轉辦及徵收管理部門移交的有關稅務違法案件的查處工作；負責上級稽查局對稽查情況進行複查複審工作的組織與配合；負責與公安、檢察、法院協調稅務稽查中的司法工作，對涉嫌犯罪的案件，稅務機關除依法進行行政處理（處罰）外，要嚴格執行國務院《行政執法機關移送涉嫌犯罪案件的規定》及相關法律、行政法規，及時移送公安機關處理；負責增值稅專用發票和其他抵扣憑證涉稅問題稽查和協查工作；負責組織稅收專項檢查和整頓規範稅收秩序工作。
三、事業單位
（一）信息中心
組織信息系統建設，執行信息系統管理制度和技術標準，建立、管理和維護計算機網路與綜合資料庫；組織套用軟體和稅控器具的技術維護、管理、培訓和支持工作。
（二）機關服務中心
負責後勤保障服務工作；負責機關車輛管理和安全保衛工作；負責局機關的愛國衛生、計畫生育、綜合治理工作。
四、派駐機構
（一）第一稅務分局
（二）第二稅務分局
（三）第三稅務分局
（四）江東稅務所
（五）珍溪稅務所
（六）清溪稅務所
（七）白濤稅務所
（八）馬武稅務所
（九）藺市稅務所
（十）李渡稅務所
稅務所（分局）主要負責對所轄稅源的監控管理工作，對轄區內納稅人實行分類管理和有效服務。具體負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅收預測和分析、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、戶籍管理、文書送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據採集分析、組織實施納稅評估、處理一般性違規違章行為和零星稅款的徵收等。
（十一）車輛購置稅徵收所：
主要負責涪陵區轄區車輛購置稅的徵收管理工作。
