歷史沿革
二分院的歷史源於1930年2月1日成立的四川省高等法院萬縣地方法院檢察處。管轄區域為：萬縣、雲陽、開江、開縣、奉節、巫山、巫溪、達縣、宣漢、萬源、城口、忠縣、豐都、梁山（現梁平縣）、大竹、酉陽、秀山、黔江、彭水、石柱等20個縣。
1936年7月更名為四川省高等法院第二分院檢察處，管轄區域不變。
1947年1月更名為四川省高等法院萬縣分院檢察處，仍管轄20個縣。
中華人民共和國成立後，1952年10月，四川省人民檢察署萬縣分署誕生。
1955年1月改四川省人民檢察署萬縣分署為四川省人民檢察院萬縣分院。
1966年文化大革命開始，檢察機關受到衝擊，工作停止，1975年取消人民檢察院。
1978年3月，第五屆全國人民代表大會第一次會議修正通過的《中華人民共和國憲法》規定“設定人民檢察院”。11月，重建四川省人民檢察院萬縣分院。
1993年4月，國務院決定撤銷萬縣地區和縣級萬縣市、萬縣，新建地級萬縣市及龍寶區、天城區、五橋區。四川省人民檢察院萬縣分院更名為萬縣市人民檢察院。管轄龍寶、天城、五橋3個區和梁平、開縣、城口、忠縣、雲陽、奉節、巫山、巫溪8個縣檢察院。
1997年6月，重慶直轄市人民檢察院成立。
1998年8月，萬縣市人民檢察院更名為重慶市人民檢察院第二分院。
1998年6月，高檢院批准撤銷龍寶、五橋、天城3個區檢察院，成立萬州區人民檢察院。二分院管轄萬州區和8個縣檢察院。
領導班子
人民檢察院建立以來，二分院歷史上曾有曹登益、王仲英、梁培基、李子成、劉玉山、聶代康、董世祥、王定順等8位檢察長。現任班子成員有：黨組書記、檢察長陳祖德，黨組成員、副檢察長張愷，黨組成員、副檢察長李存國，黨組成員、副檢察長鄧發強，黨組成員、紀檢組長廖承文，黨組成員、政治部主任王旗明。
內設機構
重慶市人民檢察院第二分院有內設機構23個：政治部幹部人事處、政治部宣傳教育處、辦公室、監察處、法律政策研究室、職務犯罪偵查局綜合指導處、職務犯罪偵查局反貪污賄賂偵查處、職務犯罪偵查局反瀆職侵權處、偵查監督處、公訴一處、公訴二處、監所檢察處、控告申訴檢察處、民事行政檢察處、職務犯罪預防處、檢察技術處、計畫財務裝備處、派駐三峽監獄檢察室、派駐三合監獄檢察室、派駐萬州勞動教養戒毒所檢察室、人民監督工作辦公室、法警支隊、機關黨委。
控告申訴處（職務犯罪舉報中心）：受理、接待報案、控告和舉報，受理人民民眾不服檢察院決定及法院判決、裁定的申訴案件；
職務犯罪偵查局：負責對國家工作人員的貪污、賄賂、挪用公款、瀆職和國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查、破壞選舉等犯罪進行立案偵查；
偵查監督處：對公安機關、國家安全機關和人民檢察院偵查部門提請批捕的案件審查決定是否逮捕，對公安機關的偵查活動是否合法實行監督；
公訴處：對公安機關、國家安全機關和人民檢察院偵查部門移送的案件進行審查，決定是否提起公訴或不起訴，代表國家出席法庭支持公訴，對確有錯誤的刑事判決、裁定提出抗訴；
監所檢察處：對刑事判決、裁定的執行和監管活動進行監督，直接立案偵查監管幹警的私放在押人員等瀆職犯罪；
民事行政檢察處：對人民法院已發生法律效力的確有錯誤的民事、行政判決、裁定，依法提出抗訴；
檢察技術處：負責案件現場勘驗，收集、固定和提取與案件有關的痕跡物證並進行科學鑑定；
紀檢監察處：承辦民眾對檢察人員違法辦案、吃請受賄等違法違紀行為的舉報和控告，並進行查處；
政治部：負責檢察機關的隊伍建設，包括思想政治工作、幹部人事工作、教育培訓及宣傳工作等；
院辦公室：協助院領導處理檢察政務，組織協調本院重要工作部署、決策的貫徹實施；
法律政策研究室：負責調查研究與檢察工作有關的法律法規在本地區的執行情況，提出意見和建議，對檢察工作中適用法律有關問題研究提出司法解釋建議；
行裝處：負責檢察院的技術裝備、通訊裝備、服裝統籌計畫、後勤保障等工作；
警務處：負責市檢察院辦公秩序管理和機關日常保衛工作，負責市檢察院辦案中的司法警察勤務工作，負責對司法警察的管理；
機關黨委：負責檢察院黨的思想、組織、作風建設，對黨員幹部進行教育和監督。
人員構成
1952年，四川省人民檢察署萬縣分署成立時僅有3名檢察幹部。1955年更名為四川省人民檢察院萬縣分院時，也只有11名幹部，10個基層院共有50名檢察幹部。隨著檢察事業的發展，檢察隊伍不斷壯大，到2009年9月，二分院機關已有94名檢察官、13名書記員、8名司法警察。
