為整合學校教學科研資源，壯大基地實力，學校把市級人文社科重點研究基地區域經濟研究院置入教育部基地長江上游經濟研究中心管理，實行 “中心”轄“院”的管理模式。區域經濟研究院成為教育部基地的重要依託。基地實現資源共享，緊密合作，協同攻關，共同推進基地和“中心”建設和研究水平的提高。
研究院建設
區域經濟研究院實行院長負責制，設院長1名，常務副院長1名，下設辦公室和學科建設科。同時，學校把研究院作為重慶市“十一五”重點學科區域經濟學建設的平台，並把研究院確定為我校區域經濟學碩士研究生的培養單位。2006年學校把區域經濟學研究生的管理工作正式下放到區域經濟研究院實行二級管理。經過對全校人文社科資源的整合，豐富和壯大了研究院在科學研究、人才培養、學科建設等方面的整體實力，研究院正逐步成為重慶市及西南地區有較大影響的綜合性科研及信息交流平台。
科研成果
基地近五年來共有各類課題273項，其中國家級25項，省部級50項,獲省部級獎勵24項。出版學術專著34部。發表學術論文450篇，其中核心以上期刊161篇。基地研究成果在長江上游地區、成渝經濟區和重慶市經濟社會發展研究方面具有重要學術地位和優勢。近年承擔了國家自然科學基金、國家社科基金和國務院有關部委等項目，承擔的課題層次較高，研究成果豐碩。
科研團隊
基地現有梯隊成員32人，其中教授20人，副教授11人；博士16人，碩士11人；博士生導師2人，碩士生導師20人；國家有突出貢獻中青年專家1人，省部級有突出貢獻專家1人，享受國務院特殊津貼專家4人；重慶市學術技術帶頭人8人。
