機構分類
根據醫療保險機構獨立經營程度的高低，大體可以分為三類：
1．政府機構型
這類醫療保險機構的運行基本按政府計畫規定行事，主要目標是保證政府計畫的落實，少有獨立經營的餘地，可以視為政府的派出機構。其機構成員類似於國家公務員，經營活動幾乎沒有風險，經營效果主要依賴於行政管理水平。這類醫療保險機構在各國醫療保險機構中較少見到，只見於加拿大等國。
2．獨立經營型
這類醫療保險機構在經營方面基本獨立，包括組織人事、財務安排、經營決策等都可自行決定，只是在總體上按照政府有關醫療保險的法規行事，並接受國家有關部門的監督。這類醫療保險機構在財務經營方面自負盈虧，可以發展，也可能倒閉。商業保險公司經辦的醫療保險多屬此類。這類醫療保險機構也不普遍，可見於美國、荷蘭等國。
3．中間型
世界多數國家的醫療保險機構屬此類型。這類機構一方面接受政府統一的計畫安排，另一方面又有相對獨立的經營權，如在決定保險範圍、保險費率和經營方式方面擁有一定程度的自主權。因此，這種類型的醫療保險機構既可在實施醫療保險過程中保證社會公益性，又可通過保險機構間的競爭保持較好的效率和效益，是一種較為合理的機構形式。
機構性質
醫療保險從總體上講是一種社會公益事業，而不是一種商業性的經濟活動。因而，作為具體承辦這一業務的醫療保險機構，不同於一般的營利性商業保險公司，它是一種非營利機構，在我國也稱為事業性機構。醫療保險機構同商業性公司的區別主要在於：
(1)醫療保險機構運營不以營利為目的，而是管好和用好被保險人的保險資金，使之達到收支平衡，保證有能力償付被保險人的醫療費用。雖然醫療保險機構在其運營的過程中有可能產生一定的節餘，但這種節餘一般會被法律和制度限制在很小的範圍之內(如5%～15%)，而商業利潤往往比例較高，且不受限制；另一方面，這種節餘不同於商業利潤，它只能重新投入到下一年度的醫療保險基金中去，而不能像商業保險公司那樣，利潤可以作為紅利進行分配。
(2)由於醫療保險往往被作為一種強制實行的社會保險，醫療保險機構就成了國家法規的執行機構，或者說是國家的代理機構，代理落實國家有關醫療保險的法規。在一些國家，醫療保險機構已成為國家政府部門之一。因此，醫療保險機構不可能像商業性公司那樣擁有真正的自主經營權，其在經營策略、規章制度、組織人事和經營方法等方面的自主權都是有限的。
機構組織
(一)醫療保險機構的巨觀組織
1．醫療保險機構的設定和分布
根據保險理論的“大數法則”，醫療保險機構的設定應當依被保險人的數量而定。一個醫療保險機構所承保的人數越多，其抵禦風險的能力就越強。而當被保險人的人數不能達到一定數量時，保險機構就有可能會因人不敷出而導致虧損。因此，醫療保險機構的設定就有一個基本被保險人數標準問題。
從理論上講，這一基本人數的計算，應當以保險所包含的疾病範圍中發病率最低的某種疾病為標準進行測算。這樣，其他發病率較高的疾病都能被包括在內。這樣一個數量的人群所繳納的保險費，就能夠支付他們中間所發生的各種疾病所需的費用。這是因為保險費的測算是以人群的平均醫療費用為標準來確定的。下面舉例說明：
如果某一地區需要做腎臟移植的病人發病率為萬分之二，假設其為最低發病率，那么，可能發生這一疾病的理論人群為：10000÷2=5000(人)，,5000人即為該地區設定醫療保險的基本人數。確定被保險人的基數時，還要考慮到平均數統計中的標準差(即平均數波動範圍)、人群的人口學特徵和當地醫療衛生狀況等因素，一般應稍高於這個基數。
在實際設定醫療保險機構時，通常有以下幾種情況：
(1)以地區為單位設定醫療保險機構。即以一個行政區域中所有人群(或大部分人群)作為保險對象，設定醫療保險機構。一般採取計畫型醫療保險方案的情況下多採用這種方式，我國目前的城鎮職工基本醫療保險就是按照這種原則進行設定的。
(2)以行業為單位設定醫療保險機構。即以一個行業的職工(也可包括職工家屬)為對象設定一個醫療保險機構。這種形式多出現在自發產生醫療保險的地方，或國家尚缺乏統一的醫療保險法規的情況下。
(3)傾向市場需求設定醫療保險機構。這種形式多見於醫療保險起源於民間的國家，如德國、荷蘭和美國等，屬於市場型保險方案類型。在這種情況下，醫療保險機構的設定首先還是以地區為基礎，但被保險對象不一定包括區域內的所有(或大部分)人群，同時也不限於本地區的人群。保險機構的發展不受行政區劃的限制，而是根據市場的需求進行調整，地區內或地區間的醫療保險機構有可能形成較強的競爭。
2．醫療保險機構的組織系統
為了承擔全體居民的醫療保險任務，醫療保險機構通常不是一個單獨的組織。而是以組織系統(網路)成員的形式存在。
一個地區醫療保險機構，按照其覆蓋人群的多少，其規模可大可小；一個人口多的地區，可以出現多個醫療保險機構；一個大的醫療保險機構，下面可設若干個分支機構，每個分支機構承擔一個特定區域內人群的醫療保險業務。
地區間的醫療保險機構可形成一個聯合體，通常可稱為醫療保險中心或聯盟(聯合會)。該聯合體的作用，一是統籌、協調和指導各地區的醫療保險業務；二是可形成一個上一級的醫療保險基金，實現醫療保險基金地區問的調劑，提高醫療保險的抗風險能力。
在醫療保險聯合機構之上，通常還有國家政府有關部門的管理和調控。這樣，就形成了醫療保險機構的組織網路。
(二)醫療保險的微觀組織結構
1．部門設定
為了使整個系統能夠良好地運作，醫療保險機構內部通常設定以下部門：
(1)辦公室。負責日常的綜合性工作。
(2)保險辦理部門。主要負責與被保險人有關的事務，如保險市場調查、保險條例的宣傳、被保險人的資格審查及辦理保險手續等。
(3)醫療服務管理部門。主要負責與醫療服務提供者有關的事務，如對醫療服務提供者的資格認定、確定服務範圍、監督服務質量以及審核服務費用等。
(4)財務審計部門。主要負責醫療保險基金的籌集、使用、管理等過程中的財務和審計工作。
(5)基金營運部門。主要負責與醫療保險基金營運有關的事務，包括基金的核算分析，基金投資過程中的計畫、實施和監控等。
(6)信息部門。主要負責利用計算機處理醫療保險過程中的各項信息，如與醫療保險有關的各種數據和文字的處理，醫療保險信息系統的設計、建設、維護和管理等。
2．人員配置
現代醫療保險機構是多學科知識和技術融為一體的經濟組織，需要配備多種專業人才。這些專業人才通常包括：
(1)管理人員。包括機構的負責人、各部門及各職能科室的負責人等，這些人員除要熟悉醫療保險業務外，還必須熟悉社會學、經濟學、法律和管理學方面的知識，具有綜合管理能力。
(2)經濟師。主要從事保險機構的保險精算、經濟核算、經濟管理工作，這些人員是醫療保險機構的經濟技術骨幹，必須具備較高層次的經濟技術水平。
(3)保險業務人員。主要從事醫療保險籌資、支付、業務開發等具體業務工作，是醫療保險機構中的主要力量，熟悉相關的專業知識，是一般的經濟管理專業人員。
(4)財會人員。主要從事醫療保險過程中的財務、會計和審計等工作，也是醫療保險機構中的主要力量，一般為保險會計或金融會計的專業人員。
(5)保險醫師。主要負責醫療保險過程中的醫療技術、醫療管理工作及對各項醫療服務進行評價和監督等。他們是醫療專業技術人員，除熟悉醫學各學科的專業知識外，對衛生管理和醫療保險知識也應有一定的了解。
(6)信息和計算機工程技術人員。主要為從事信息管理及計算機專業的人員，負責醫療保險過程中各種數據信息的收集和整理，並負責計算機系統的設定、使用、維護和管理等工作。
機構任務
醫療保險機構的基本任務是按照國家的有關法規，在一定的區域和人群中合理有效地開展醫療保險業務，為促進居民健康提供經費保證。其具體任務包括：
1．參與制定政府醫療保險的法規、政策和計畫
由於醫療保險活動是一種專業性很強的活動，在政府制定有關政策法規和計畫時，需要有醫療保險機構的參與。醫療保險機構根據自身掌握的第一手資料，主動為政府制定醫療保險政策法規和計畫提供合理依據和建議，也是保證有效開展醫療保險業務的前提。
2．籌集醫療保險資金
其工作包括對醫療保險市場的調查研究；醫療保險主要指標的預測和測算；對所在地區居民和單位進行參加醫療保險知識的宣傳教育；選擇有效方式組織交納保險費等。
3．保證醫療服務的提供
醫療保險機構一般並不直接為參保人提供醫療服務。然而，為了提高醫療保險的效率和效益，保險機構有必要負責選擇和組織適當的醫療機構提供合理適宜的醫療服務，包括：選擇適當的醫療服務提供機構和提供者(醫療保險定點醫療機構)；選擇和確定適宜的醫療服務範圍、技術和服務方式；組織一些直接醫療保健服務，如疾病預防、被保險人的健康檢查、健康教育和健康促進等活動。
4．支付被保險人的醫療服務費用
這是醫療保險機構最基本的日常工作。主要包括選擇合適的保險支付方式、檢查和審核醫療服務的提供情況和大量日常財務會計工作。
5．對醫療服務提供方和被保險方的監督和控制
對違反醫療保險法規和制度行為的監控是開展正常醫療保險業務不可缺少的重要工作。與其他保險業務不同的是，醫療保險機構必須同時監控醫療服務提供方和被保險方的行為。其工作範圍包括：按有關規定對醫療服務範圍、種類的監控；對服務價格和收費和監控；對所提供醫療眼務的水平和質量的監控；對被保險人違反保險條例的欺詐行為的監控等。
6．醫療保險基金的管理
儘管醫療保險基金相對於其他保險基金而言，有周轉較快，沉積時間較短的特殊性，但仍有相當的資金沉積。為了保證沉積的保險基金的保值和增值，提高抗風險能力，保險基金的管理是醫療保險機構的一項重要工作。其主要工作包括對基金的核算、分配、分析和沉積基金的開發利用。
上述六個方面構成了醫療保險機構的基本任務，可簡單概括為：計畫、籌資、服務、付費、監控和管理。
管理原則
1．加強政府對醫療保險系統的調控作用
政府對醫療保險的調控是世界上許多國家一致的作法。政府可以通過制定嚴格的政策法規，任命醫療保險機構的主要負責人，制定一些指令性計畫和嚴格監督檢查等措施，將醫療保險機構的自主經營權始終保持在政府的調控之下。
2．把握好醫療保險機構自主經營的範圍和尺度
一方面，醫療保險機構應當有一定範圍的自主經營權，如允許醫療保險機構有一定的確定保險費率、保險服務範圍、支付方式、內部管理等方面的權利，以提高其經營效率。另一方面，醫療保險機構的自主權應有一定限制，例如醫療保險機構一般不能隨意選擇服務對象，以避免保險機構進行“風險性選擇”，從而保證每一位公民獲得醫療保險的權利。
3．醫療保險機構內部宜實行企業化管理
儘管醫療保險機構通常屬於非商業性機構，但其內部管理可採用類似企業化管理的方式，也即在經營自主權有限的情況下，給予醫療保險機構充分的內部管理自主權，以提高機構效率和效益。這種自主權可表現在人事自主權和職工收入分配自主權等方面，避免把醫療保險機構辦成政府的下屬部門，出現官僚主義、服務態度惡劣、作風懶散和效率低下等弊病。
