夏商周時期
我國國家的產生，開始於夏代。夏、商兩代，大約一千年。其時國家規模很小，機構非常簡單，還沒有明確的職務分工。國家的君主稱“後”或“王”。在王的周圍，權力最大的官員稱“史”或“巫”。巫是神權的體現者，主要的職司是奉祀天帝鬼神及為人祈福禳災，併兼事占卜、星曆、採藥之術。這個歷史階段，確實存在著“巫醫一體”的情況。據《山海經·海內西經》載：“開明東有巫彭、巫抵、巫陽、巫凡、巫相，夾窫窳（天神）之屍，皆操不死之藥以距之（西晉·郭璞註：為距卻死氣，求更生）。”對此，近人袁珂注曰：“此諸巫無非‘神’這臂佐，其職任為上下於天、宣達神旨人情，至於採藥療死，特其餘技耳。”又如《逸周書·大聚》也說：“鄉立巫醫，具百藥以備疾災。”
到了周代，巫、醫開始分家。據《周禮·天官》記載，東周時已設有醫療衛生機構，醫生有了專業分工，並具有一套相應的管理措施。這是迄今所知最早的醫事制度。
《周禮》規定：醫師為眾醫之長，職司是：“掌醫之政令，聚毒藥以共醫事”；組織醫療活動，“凡邦之有疾病者、瘍者造焉，則使醫分而治之”；實施考核制度，“歲終則稽其醫事，以制其食：十全為上，十失一次之，十失二次之，十失三次之，十失四為下”，“死則計其數以進退之”。
關於人員的配備，規定為“醫師：上士二人，下士四人，府（保管人員）二人，史（記錄人員）二人，徒二十人。食醫：中士二人。疾醫：中士八人。瘍醫：下士八人。獸醫：下士四人。”
醫生的分工是：食醫掌管周王一年四季的飲食，類似於營養醫生；疾醫掌管治療萬民的疾病，相當於內科醫生；瘍醫掌管治療腫瘍、潰瘍、金創、折傷等病，相當於外科和傷科醫生；獸醫掌管治療獸病、獸傷，即今之獸醫。
秦漢時期
秦王朝時，建立了中央集權的統一官制。據史籍記載，“秦有太醫令、丞，主醫藥”（唐·杜佑《通典》）。令為主官，丞為佐官。太醫令丞是中央行政機關九卿之一奉常的屬官。《史記》除記有“太醫令”（見《扁鵲倉公列傳》）的官職外，又曾提到“侍醫”（見《刺客列傳》）的名稱，相當於後世的御醫。
漢代是我國醫學發展史上的一個高峰。這時有關國家的醫事職官制度，基本承襲秦制，並有所發展。據《漢書·百官公卿表》等所載，西漢時太醫令丞有二：一屬太常，一屬少府。其屬於太常的，負責為百官治病，如後世之太醫院；其屬於少府的，職司為宮廷療疾，如後世之內務府御藥房。太醫令的俸祿“秩千石”，太醫丞“三百石”。當時醫官的編制很龐大，且名稱也很多。如侍醫為“天子之醫”，又稱為醫待詔，著名的有伍宏、李柱國等人。太醫主要為百官服務，其主官又稱太醫監。值得一提的是，當時還設有“入宮侍皇后疾”的女醫，又稱女侍醫、乳醫。此外，還有醫工長、典領方藥、本草待詔等醫官名。
到了東漢，有關醫官的編制及職司的記載更為詳盡。據《後漢書·百官志》稱：當時設太醫令一個，職掌醫政，俸祿六百石；藥丞、方丞各一人，藥丞負責藥政事宜，方丞職司方劑配製。其編員為“醫二百九十三人”，“吏十九人”。此外，又設有尚藥監、中宮藥長、嘗藥太官之職，皆由宦者充任。
魏晉南北朝
魏晉基本承襲漢制，但也有許多變化。如晉於宗正府下另置太醫令史。渡江以後，東晉哀帝省並太常，把太醫劃歸門下省。
南北諸朝，更替頻繁，官制大體沿用魏晉之舊，但仍有不少改置。南朝宋於殿中省下設太醫司馬，授“銅印墨綬”，給“朝服武冠”。南齊置“太醫令一人，丞一人”，屬起部，亦屬領軍，並於太常下設六品保學醫二人。北魏恢復西漢舊制，太醫令又劃歸太常管轄，並於門下省下另設尚藥局。南梁、北周等，在太醫令下又置太醫正的官職。南朝在門下省下置太醫署，以侍中領之。
這一時期，醫官的名目極為繁雜。太醫、御醫、高手醫、金瘡醫、醫寺、行病師、醫工長、上省醫、醫師、侍御師、醫正，均系皇家醫官。司馬藥師、典藥吏、嘗藥監、嘗藥典御、司醫、尚藥丞、司藥丞、司藥、中嘗藥典御，均系掌管藥政的職官。
此外，在《魏書·官氏志》中又有“太醫博士，右從第六品下；太醫助教，右從第八品中”的記載。這不但是新出現的掌管醫藥教育的官名，而且具體規定了所屬的品位，可說是醫事制度的一大發展。另據該書，當時又置仙人博士官，職掌煮煉長生不老諸藥，也前所未聞。
隋唐時期
隋朝的建立，結束了南北朝的分裂局面。為了加強中央集權，鞏固國家的統一，隋朝整頓和建立了一系列典章制度，對以後各王朝，都產生了深遠的影響。
據《隋書·百官志》所載，文帝時由門下省統轄尚食、尚藥等六局。尚食局設典御二人，直長四人，食醫四人，專司大內膳食；尚藥局設典御二人，侍御醫、直長各四人，醫師四十人，總和御藥房事。太常寺則轄太醫等六署，太醫署統領醫之政令，設令二人，丞一人，下置主藥二人，醫師二百人，藥園師二人，醫博士二人，助教二人，按摩博士二人，祝禁博士二人。煬帝時，將尚食、尚藥等六局改隸殿內省，設有正五品官階的奉御二人，正七品的直長為其副手，其中尚食直長六人，尚藥直長四人，並立食醫員、侍御醫、司醫、醫佐員等職官；太醫署又置醫監五人，醫正十人等。東宮太子古稱皇儲，其府下官制擬中央官制，門下坊擬門下省，統領典膳、藥藏等六局，置監、丞各二人，藥藏又有侍醫四人。由此可知，隋代的醫藥行政管理機構規模之宏大，體制之齊整，實為前代所無。
唐代醫事職官制度基本沿襲隋制，但有新的發展。其中最重要的是完善了太醫署的制度，形成了層次分明的醫政管理、醫療組織、醫學教育、藥物培制等體制，各自職司明確，人員配備具體，其合理與嚴密勝於隋代，其影響所及，遠至朝鮮、日本。
據《舊唐書·職官志》、《新唐書·百官志》所載，在醫政管理方面，殿中省所轄尚食、尚藥兩局專司宮廷內的醫療保健事宜；太常寺所屬的太醫署則主管全國的醫療、教學等方面的組織管理。
尚藥局設奉御（正五品下）二人，“掌合和御藥及診候方脈之事”，直長（正七品上）四人為輔佐，侍御醫（從六品上）四人“掌診候調和”，下有司醫（正八品下）四人，醫佐（正九品下）八人，“掌分療眾疾”。另有主藥十二人，藥童三十人，按摩師四人，咒禁師四人，合口脂匠四人，掌固四人。此外還有專職文書筆錄的書吏四人。為了保證皇帝的安全，對諸醫處方的合劑，規定了“供御”的制度，即藥成之後，醫佐以上先嘗之，並疏署本方歲月日及奏餌日，然後奉御、殿中監、皇太子依次品嘗，確無疑狀方可進御服餌，防範之嚴可見一斑。
尚食局置奉御（正五品下）二人，“掌謹其儲供，辨名數”，直長（正七品上）五人，“若進御，必辨其時禁”，“當進，必先嘗”，食醫（正九品下）八人，“掌率主食王膳，以供其職”。
太醫署類似於現代的衛生部，其行政長官為太醫令（從七品下）二人，佐官為太醫丞二人，醫監四人（並從八品下），醫正（從九品下）八人等。他們負責“掌醫療之法”，主司醫療、教學、藥政以及醫生考核晉級等管理工作。其下屬分科有五，即醫師、針師、按摩師、咒禁師、藥園師，各盡其職。辦事員則有府二人，吏四人，以及主藥、藥童等若干名。
醫師、醫工、醫生的稱謂（針灸、按摩等仿此），大致體現其醫技的優劣高下，猶如現代的醫療衛生職稱系列。其考試登用，“如國子之法”，凡療人疾病，“以其全多少而書之以為考課”，准考合格則累計改遷。同時，太醫署還設定醫博士、針博士等及助教若干名，以醫術及針術等教授諸生，並建立了分段考試制度，這些措施都有力地推動了唐代醫學的發展。
宋遼金元
有宋一代，專制主義中央集權達到前所未有的程度，同時又產生了官稱和實職相分離的特點。
據《宋史·職官志》載，熙寧九年（公元1076年）於太常寺下置太醫局，成為醫學行政和醫學教育的最高管理機構。局內設提舉一人，判局二人。提舉為主官，任副職的判局則“選知醫事者為之”。太醫局規模宏大，“有丞，有教授，有九科醫生額三百人”。
《文獻通考》載：宋代翰林院下設翰林醫官院，全權負責皇室醫療保健事宜。“翰林醫官”名稱的由來，蓋自唐始。唐代翰林院設在帝王起居的禁中，“應供奉之人，自學士以下，工技群官司隸籍其間者，皆稱翰林”（《夢溪筆談》卷一），醫工亦在其列，故有此稱。翰林醫官院置使、副使各二人，並領院事，下設尚藥奉御、直院、醫官、醫學等職。凡被差選為帝王診脈、內宿祗應者，稱為“翰林紫金醫官”。宋代的皇家醫藥機構還有御藥院，官無常員，通常以入內供奉官三人充任，或參用士人。其職以“按驗秘方，和劑藥品”（《續資治通鑑長編》），專供皇帝和宮內使用。崇寧二年（公元1103年）併入殿中省。據《宋史·職官志》載，殿中省掌管天子膳食、醫藥等事務，下轄六局，其中尚藥局“掌和劑診候之事”，設典御、奉御、監門、直長、食醫、侍御、醫司、醫佐、醫師等職。
宋代醫官名稱和官品的規定較前朝仔細。宋徽宗政和初（公元1111年）之前，醫官比同武階，其後才改文職。政和前，醫官分十四階。政和後，增翰林醫官、翰林醫效、翰林醫痊、翰林醫愈、翰林醫證、翰林醫候、翰林醫學，共二十二階。據《宋史·職官志》、《文獻通考·職官考》載，這些醫官的品位是：【例如】。另據有關文獻著錄，宋代縣級機構設有醫學教授、學正、學錄各一名及惠民局官醫提領一名等醫職。
遼代官制的特點是建立了一套雙軌制的統治機構，即所謂北面官和南面官。北面官為遼自立官制，主要是管理契丹和其他遊牧民族的事務；南面官仿唐、宋官制，主要是管理漢人等的事務。
據《遼史·百官志》等所載，遼代設有太醫局、湯藥局，各置局使、副使及都林牙使、湯藥小底等職。都林牙使、湯藥小底均為遼官稱號。此外，為適應契丹及其他北方少數民族習於騎戰、射獵、放牧的特點，另設醫獸局。另據《遼史·天祚皇帝紀》載，翰林院設翰林醫官。保大二年（公元1122年）有翰林醫官十餘人“曾與大計，並賜進士及第，授官有差”。
金代官制缺乏系統性，往往隨事置官，故機構增多，員額龐雜。在醫事制度上，既有沿襲宋制的一面，又有女真族相應的特點。
據《金史·百官志》記載，金代設有太醫院、御藥院、尚藥局、惠民局。
元代官制基本沿襲宋、金制度，建立了一套比較完整的官僚機構。在醫事方面，機構門類也相當繁多【例如】。
元代藥政機構名目很多【例如】。
據《元史·食貨志》、《元史·百官志》載，元代在大都（北京）與上都（內蒙開平）均設惠民藥局，各路則分設其局，掌售賣藥劑，“擇良醫主之，以療貧民”。另設廣濟提舉司，“掌修合藥餌，以濟貧民”。元代統治者一方面向貧乏病疾之人惠施藥物，以安撫人心，另一方面為了防止“假醫為名，規圖財利”，又明令禁止亂行針藥，禁售巴豆、砒霜之類毒藥及各種墮胎藥物等，違者概處以重罪。
為了提高醫療水平，元代還設有醫學提舉司，秩從五品，置提舉、副提舉等職，掌考校諸路（猶如現代各省）醫生課義、查驗太醫教官、校勘醫書、培訓太醫子弟及辨驗藥材。此外，還設有官醫提舉司，秩從五品，置提舉、同提舉、副提舉等職，專管醫戶差役、詞訟。
元代太醫散官品級自從三品至從八品
明清時期
明朝初年的中央官制，仍沿襲漢唐舊制，後來經過時間的演變，逐步定出自己的一套新制度。其醫事設定，多直接沿用前朝的典章制度，但在職官配置及機構職能方面也有一些差別。
明初醫官設定屢有更易。《明史·職官志》載，太祖初設醫學提舉司，置提舉（從五品）、同提舉（從六品）、副提舉（從七品）、醫學教授（正九品）、學正、官醫、提領（皆從九品）等職。不久，改為太醫監，設少監（正四品）、監丞（正六品）等職。其後，又改為太醫院，設院使（正三品）、同知（正四品）、院判（正五品）、典簿（正七品）等職。洪武三年（公元1370年）置惠民藥局，設大使、副使等職，同時又在地方上開設惠民藥局，府置提領，州縣設官醫，“凡軍民之貧病者給之醫藥”。洪武六年，在內府設御藥局，置尚藥、奉御、直長、藥童等職，俱以內官、內使充任，屬“宦官二十四衙門”統領，另設御醫，以太醫院醫士充任。洪武十四年，改太醫院為正五品，設令、丞、吏目等職，屬官御醫，一如文職授散官。洪武二十二年，復改令為院使（正五品）、丞為院判（正六品），其屬有御醫（正八品）、吏目（從九品）等，至此定為常制。
太醫院是“掌醫療之法”的醫政管理機構，其首要職責是為皇帝及王公大臣們診治疾病。如果皇帝有疾，太醫院院使、院判、御醫等均需承詔“參看校同”（猶如今之會診），隨後會同內臣在御藥房選藥配方，並將藥性、證治之法寫明後上奏，藥劑則連名簽字後封緘，送御藥房煎制。諸王府則設有良醫所，置良醫正（正八品）、良醫副（從八品）各一人，掌王府醫事。若王府請醫，太醫院就奉旨遣醫前往診治。文武大臣及外國君長有疾，太醫院也須奉旨往視。其治療結果，皆具本覆奏，絲毫馬虎不得。全國各府、州、縣都分設惠民藥局，凡邊關要塞及居民聚集之處，也都由太醫院派遣醫生、醫士或醫官，負責治療。
值得一提的是，明代皇家藥政機構的規章制度較之前朝遠為詳盡嚴密【例如】。
為了保證皇帝的絕對安全，明代又制訂了“診視御脈”的程式制度【例如】。由此可見其制度之嚴。
清代的國家行政機關，是中國專制主義封建政權發展的極峰。其太醫院制度，歷經各代的不斷改進，也可以說是比較完備的了。
據《清史稿·職官志》載，太醫院的人事編制是：由管理院事王大臣（一度為內府大臣）統領院務，置院使一人，左右院判各一人，其屬下有御醫十三人，吏目二十六人，醫士二十人，醫生三十人。其品級，自院使至吏目，初制正五品至九品；宣統元年（公元1909年）各升一品，即正四品至八品。醫士則給從九品冠帶。其職責，院使、院判“掌考九科之法，帥屬供醫事”，御醫、吏目、醫士則“各專一科”。初設十一科，後痘疹科歸小方脈，咽喉、口齒並為一科。太醫院下設西苑壽藥房，以供內廷之需。另在內務府設御藥房，初以總管首領太監管理，康熙三十年（公元1691年）始隸內務府。置主事、內管領、副內管領、庫掌等職，“掌合丸散”。
清代太醫院的主要特點，首先是加強了御醫值班制度【解說】。其次是等級和升補制度十分嚴格【例如】。第三，規定了相應的獎勵辦法【例如】。第四，對太醫院諸醫官的服色和俸祿，也有嚴格的品級規定【例如】。
清末，醫官名目引進了新職務，如民政部置六、七品醫官各一人，隸衛生司，掌檢醫防疫，建置病院。陸軍部和海軍部各置軍醫司，設司長一人；置軍醫科二，曰衛生，曰醫務，設科長一人，一、二、三等科員若干，掌防疫治療及軍醫升職教育。法部（後改刑部）置監醫正、醫副各一人；禁衛軍設有軍醫科，置監督一人，科員若干，並設副軍醫官、軍醫長等職；軍制設總軍醫官，鎮制設正軍醫官，皆各領所屬醫事。
