清光緒末,廢科舉興學堂,歷任蕪湖安徽公學(原旅湘安徽公學)總理、安慶安徽師範學堂齋務長兼經學教員。安慶馬汗青等人籌辦尚志國小,苦於經費不足和人才缺乏,鄧藝孫著女婿葛溫仲出任校長,並親自籌集經費、聘請教師。
1911年11月8日,安徽獨立,旋以潯軍黃煥章亂皖,省城無主,士民驚恐不安,為穩定形勢鄧藝孫和韓衍等組織皖省維持統一機關處支持危局,並由該處召集成立省臨時參事會,倡議請孫毓筠回安徽任都督。親往迎接,又奔走南京、上海完成全省統一,被推任教育司司長,起草新教育制度、創辦省立圖書館及女子師範。
1912,以母喪離職,1913年秋任安慶江淮大學校長,未及兩月病逝。著有《毛詩講義》、《尚書講義》和《楚辭解》等。孫鄧稼先被譽為兩彈元勛。