主要職責
(一)貫徹執行《水法》、《水土保持法》、《防洪法》等水法律、法規，擬定全旗水務工作方針、政策、發展戰略，組織起草有關地方性水務法規和實施細則，並監督執行。(二)擬定各項與履行水務管理職責有關的發展規劃，中長期規劃，並監督實施，組織有關國民經濟總體規劃，城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪除澇排水的論證工作，負責協調跨界鄉鎮範圍的水務事項。
(三)統一管理水資源(含空中水、地表水、地下水、地熱水、礦泉水)。在全旗範圍內對水資源實行地表水與地下水、水源與輸水河道、水量與水質的統一規劃和統一調配。統一管理全旗水源地的保護，河道整治和保護，組織實施取水許可制度和水資源費徵收。
(四)按國家資源與環境保護的有關法律、法規和標準，擬定水資源保護區規劃，組織水功能區劃分和向飲水區等水域排污控制。
(五)負責全旗的水資源管理工作，擬定節約用水政策，編制節水規劃，制定有關標準，組織、指導和監督節水工作。組織、指導水政監察和水行政執法工作，解決、協調水事糾紛，依法處理水事違法案件。
(六)擬定水行業經濟調節措施，對水行業各項資金的使用進行巨觀調節。協調水行業的供水、排水、污水處理、再生水回用回灌、節水、農業用水的價格協調及多種經營工作。
(七)負責全旗各項水務工程的規劃、勘測、設計工作。負責5萬元以下人畜飲水工程項目設計及采砂許可的審批。
(八)負責全旗水土保持工作，研究制定水土保持規劃、措施，組織進行水土流失的監測和綜合防治。指導農村水利工作，組織協調農田基本建設和農村改水工作，組織協調農村農業抗旱工作。
(九)負責旗政府防汛抗旱指揮部的日常工作，組織、協調、監督、指導全旗防洪、抗旱、防凌、排澇工作，對重要水利工程實施防汛調度。
(十)承辦旗委、旗政府和上級部門交辦的其他工作。
職責調整
(一)將城鎮排水、污水處理職能移交旗住房和城鄉建設局承擔。將阿里河自來水公司、大楊樹自來水公司移交旗住房和城鄉建設局管理。(二)加強水資源的節約、保護及合理配置，保障城鄉供水安全，促進水資源的可持續利用;加強防汛抗旱工作，減輕水旱災害的損失。
