主要職責
(一)貫徹執行國家、自治區和呼倫貝爾市關於環境保護的方針、政策、法律、法規和基本制度。擬定全旗關於環境保護的具體辦法、措施並監督實施;參與擬訂全旗與環境保護有關的法規和重大經濟政策、經濟社會發展中長期規劃、相關專項規劃以及主體功能區劃。(二)負責全旗重大環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調全旗重大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導、協調、處理各鄉鎮突發環境事件的預警和應急工作，協調解決旗內環境污染糾紛;監督落實旗內重點流域和區域的污染防治工作;負責環境監察和環保行政稽查工作。
(三)承擔落實鄂倫春自治旗減排目標的責任。制訂全旗主要污染物排放總量控制和排污許可證制度並組織實施;組織實施環境保護目標責任制和主要污染物減排考核並公布考核結果。
(四)負責提出全旗環境保護領域固定資產投資的規模和方向、財政性資金安排意見。按照規定的許可權，審批、核准鄂倫春自治旗規劃內和年度計畫規模內固定資產投資項目，並配合有關部門做好組織實施和監督工作。
(五)承擔全旗從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任;參與旗內重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫的環境影響評價，並提出意見和建議;對涉及環境保護的法規草案提出有關環境影響方面的意見;組織和監督旗內建設項目、企業和個體工商戶辦理環境影響評價。
(六)負責全旗環境污染防治的監督管理。擬訂全旗各類環境要素污染防治的制度並組織實施;牽頭組織有關部門監督管理全旗飲用水水源地環境保護工作;組織開展城鎮環境綜合整治工作;參與應對氣候變化工作。
(七)指導、協調、監督全旗生態保護工作。組織評估生態環境質量狀況;監督自然資源開發利用、生態環境建設、生態破壞恢復和生物技術環境安全;指導、協調、監督農村獵區環境保護工作和各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作;協調和監督全旗野生動植物保護、濕地環境保護工作;牽頭負責生物物種(含遺傳資源)保護工作，組織協調生物多樣性保護。
(八)負責全旗核安全和輻射安全的監督管理。擬訂鄂倫春自治旗有關政策、規劃、標準並組織實施;負責核事故、輻射環境事故應急處理工作;監督管理核設施安全、輻射污染防治工作。
(九)負責全旗環境統計、環境監測、環境質量分析預測和信息發布。制定全旗環境統計、監測和信息發布的制度並組織實施;組織建設和管理全旗環境監測網和環境信息網，組織環境質量狀況調查評估。
(十)負責全旗環境保護科技工作。組織全旗環境保護重大科學研究和技術工程示範;負責環境保護產業發展，參與指導、推動循環經濟和清潔生產工作。
(十一)組織、指導、協調全旗環境保護宣傳教育工作。擬訂並組織實施全旗環境保護宣傳教育規劃、計畫，推動公眾和社會組織參與環境保護。
(十二)承辦旗政府交辦的其他事項。
職責調整
(一)取消已由旗人民政府公布取消的行政審批事項。(二)加強環境政策、規劃和重大問題的統籌協調以及環境監管職責，加強污染物總量控制和主要污染物減排職責，加強環境治理和生態保護工作的指導、協調和監督職能。
其他事項
(一)水污染防治與水資源保護的職責分工。旗環境保護局對水環境質量和水污染防治負責，旗水務局對水資源保護負責。兩部門要進一步加強協調與配合，建立協商機制，定期通報水污染防治與水資源保護有關情況，協商解決有關重大問題。旗環境保護局發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。旗水務局發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應與環境保護局協商一致。(二)所屬事業單位的設定、職責和編制事項另行規定。
