主要來源
其來源主要有農田徑流、飼養場污水、農產品加工污水。污水中含有各種病原體、懸浮物、化肥、農藥、不溶解固體物和鹽分等。農業污水數量大、影響面廣。污水中氮、磷等營養元素進入河流、湖泊、內海等水域，可引起富營養化；農藥、病原體和其他有毒物質能污染飲用水源，危害人體健康；造成大範圍的土壤污染，破壞生態系統平衡。為防治農業污水，目前主要是減少農田徑流。
來源概括
農田徑流
雨水或灌溉水流過農田表面後排出的水流,是農業污水的主要來源。農田徑流中主要含有氮、磷、農藥等污染物。
①氮：施用於農田而未被植物吸收利用或未被微生物和土壤固定的氮肥,是農田徑流中氮素的主要來源。化肥以硝態氮和亞硝態氮形態存在時，尤其容易被徑流帶走（見化肥污染）。農田徑流中的氮素還來自土壤的有機物、植物殘體和施用於農田的廄肥等。一般土壤中全氮含量為0.075～0.3%,以表土層厚15厘米計,全氮含量每公頃為1500～6000公斤，每年礦化的氮每公頃約30～60公斤。不同地區和不同土壤上農田徑流的含氮量有較大的差別。如英國田間排水中含銨態氮0.5毫克/升，硝態氮17毫克/升，每年徑流量以100毫米計,銨態氮每公頃為0.5公斤,硝態氮為17公斤。瑞典農田徑流中含銨態氮0.09毫克/升，硝態氮4.1毫克/升。有些地區硝態氮為20～40毫克/升，甚至達81.6毫克/升。
②磷：土壤中全磷量為0.01～0.13%，水溶性磷為0.01～0.1ppm。土壤中的有機磷是不活動的，無機磷也容易被土壤固定。荷蘭海相沉積粘土農田徑流中含磷約0.06毫克/升，河流沉積物粘土農田徑流中含磷約0.04毫克/升，從挖掘過泥炭的有機質含量豐富的土壤流出的徑流中含磷量約0.7毫克/升，水稻田因漬水可使土壤中可溶性磷量增加，每年失磷較多，每公頃約為0.53公斤。
土壤中的氮、磷等營養元素，可隨水和徑流中的土壤顆粒流失。大部分耕地含磷0.1%、氮0.1～0.2%、碳1～2%，因此，農田土壤侵蝕1毫米,每公頃土壤的徑流中有磷10公斤、氮10～20公斤和碳100～200公斤。
③農藥：農田徑流中農藥的含量一般不高，流失量約為施藥量的5%左右。如施藥後短期內出現大雨或暴雨，第一次徑流中農藥含量較高。水溶性強的農藥主要在徑流的水相部分；吸附能力強的農藥(如 2,4-D、三嗪等)可吸附在土壤顆粒上，隨徑流中的土壤顆粒懸浮在水中。
飼養場污水
牲畜、家禽的糞尿污水是農業污水的第二個來源。飼養場污水可作為廄肥，但是工業發達的國家往往棄置不用，造成環境污染問題。作為廄肥使用，大都採用面施的方法，如果廄肥中大量可溶性碳、氮、磷化合物還未與土壤充分發生作用前就出現徑流，也會造成比化肥更嚴重的污染。目前，對於廄肥還沒有完善的檢測方法確定其營養元素的釋放速度，以推算合理的用量和時間。因而，這類的徑流污染是難以避免的。
飼養場牲畜糞尿的排泄量大，用未充分消毒滅菌的糞尿水澆灌菜地和農田，會造成土壤污染；糞尿被雨水流衝到河溪塘溝，會造成飲用水源污染。在飼養場臨近河岸和冬季土地凍結的情況下，這種污水對周圍水生、陸生生態系統的影響更大。
農產品加工污水
水果、肉類、穀物和乳製品的加工，以及棉花基本染色、造紙、木材加工等工業排出的污水是農業污水的第三個來源。在已開發國家農產品加工污水量相當大，如美國食品工業每年排放污水約25億噸，在各類污水中居第五位。
相關影響
農業污水中的氮、磷等營養元素進入河流、湖泊、內海等水域，可引起富營養化；農業污水中的農藥、病原體和其他有毒物質能污染飲用水源，危害人體健康；農業污水還可造成大範圍的土壤污染，破壞自然生態系統，使生態系統內的物種失去平衡。防治農業污水污染的措施，目前主要是減少農田徑流。
