故事時間順序
軒轅劍壹——軒轅劍貳——穹之扉（商代）——軒轅劍陸（商末周初）——蒼之濤（春秋）——楓之舞（戰國）——軒轅劍肆（秦代）——雲之遙（蘭茵篇）（三國·曹魏）——漢之雲（三國·蜀漢）——軒轅劍伍——天之痕（隋末）——軒轅劍叄（安史之亂前後的歐洲、阿拉伯地區、唐帝國）
軒轅劍年表
上古神話時代
盤古以盤古斧開天闢地。
眾神以崑崙仙境中的造物仙鼎進行造世工程。
煉妖壺女媧造出了世間生靈，包括人以及妖魔，並以造物仙鼎為原型製造了縮略版——煉妖壺。
伏羲以太一之輪決定天下萬物的生克規律。
不知何故眾神升天，崑崙仙境也自人間消失。
神農氏嘗百草，並以神農鼎敖煉仙藥。
為了救活病亡之愛女白玉，伏羲取出伏羲琴，而女媧造出女媧石，以伏羲所研究出的“天女白玉輪”救活女兒。
崑崙鏡自崑崙天宮失蹤。
崆峒印出現。
路西法（撒旦）墮天，賽特前世也隨著一起叛亂，並設計反曼陀羅陣。西方魔界入侵中原，中華諸神布下九天結界。
五方天帝並立時代
炎黃之爭結束後，人類和妖魔之間的戰爭愈演愈烈。軒轅劍俠使用軒轅劍，大敗妖魔，妖魔分為兩派，一類主和，領導者稱為“善神”，一類主戰，領導者稱為“惡神”。軒轅劍壹故事開始十七年前，善神決意聯手惡神，和妖魔消滅人類。在一場戰役中，大部分人類和妖魔同歸於盡，善神、惡神以及軒轅劍俠下落不明。此後，人間處於暫時性的和平，人類與妖魔和平共處。好景不長，幾年之後人類組織了軒轅劍幫，對於妖魔咄咄相逼，妖魔的生存受到了極大的威脅。其後，一名自稱“惡神”的妖魔巴蛇出現，並給大地帶來了許多強大的妖魔，形式逆轉。至此，巴蛇所盤踞的火焰山與軒轅劍幫形成長期勢力對峙狀態，而人間又是一片生靈塗炭。為了牽制軒轅劍幫，巴蛇手下火鳳凰綁架了軒轅劍幫幫主之女江如紅（小倩）。軒轅劍壹故事開始。
軒轅劍壹
人魔最後一次大戰之後十七年，軒轅劍俠之子少年何然（燕赤霞）奉師命闖蕩江湖。經過一番歷練，結識黑衣俠客楊坤碩（寧采臣），在鳳凰塔救出江如紅，打敗火鳳凰。
軒轅劍壹故事結束
軒轅劍貳
何楊江三人結伴而行，決意去打倒惡神巴蛇。途中，他們在遇到了離開初建伊始的仙狐村中千年白狐古月聖，以及煉妖壺的管理者壺中仙。打倒了惡神巴蛇之後，按照壺中仙的意思將煉妖壺放入崑崙仙境中的造物仙鼎。但這時女媧出現，告知壺中仙的真實意圖——將世界收入煉妖壺。最終何然，楊坤碩，古月聖以及江如紅挫敗了壺中仙的陰謀，壺中仙的頭顱被軒轅劍封印於煉妖壺的鬼神之塔。
軒轅劍貳故事結束
公元前25世紀之前
柒與撒旦溝通，發明黑火。之後柒被封印於金繭，前一代文明古國蜀國也黑火暴走的緣故消失於歷史中。
公元前25世紀至20世紀左右
前一代文明的遺民領袖蠶從王重新建立蜀國，留下嚴禁解除柒的封印的命令。
公元前12世紀左右
山海界中，天女之靈替代衰弱的初代青龍聖者維持天女之身的封印。
公元前11世紀左右（周朝建國）
姜太公在太一之輪上留下了“周克商”的生克（由於太一殿千年一開，時間上有衝突，推測是以類似五嶽陣的方法進行）。
蜀國內亂，黑火巨人神像被送至剛剛建立起的周王朝，且被周公旦下令鑄為九鼎。之後，姜太公將夏後祭器封印在各個奇異的空間中：青龍之圭藏於和齊國大封神台相連的蒼龍界；白虎之琥藏於與秦國陳寶祭廟相連的西王母所居崑崙界，並以崑崙鏡對其設下結界；朱雀之璋藏於楚國中雲夢澤下的湘君界；玄武之璜藏於晉國；黃麟之琮藏於宋國；蒼螭之璧藏於周國的九鼎之間。
公元前642年
車芸出生。
公元前642年至公元前629年間
車氏遭到陷害慘遭滅門。車芸得以倖免成為遺孤，但亦被砍去雙足，由車氏家臣端木老人撫養。此後，桓遠之，嬴詩（慕容詩）先後來到春秋時代。桓遠之進入晉國太辰宮，以天書之力得以擢升為太辰宮九龍子之叄龍子負屓。其後，積極推動太辰宮進行五嶽陣以使得晉國獲得王霸之氣（間接影響太一之輪生克）。而嬴詩則與秦穆公之女弄玉相識，成為秦穆公義女，順利尋找到藏於晉國的玄武之璜。其後，為了尋找青龍之圭，經秦穆公引薦，成為晉文公重耳的貼身保鏢。
蒼之濤
公元前629年
晉國入侵令狐國，七曜使者來到春秋時代，蒼之濤故事開始。車芸回到舊宅尋找木甲技術，其後令狐國滅亡，國君身故。車芸隨嬴詩（慕容詩）去了晉國。
公元前628年
晉侯重耳身故。桓遠之幫助嬴詩收集夏後祭器。
公元前627年
人物關係圖五嶽陣被七曜使者全滅。崤山之戰發生。
元歷史：遊戲開場動畫歷史，秦大破晉國。此歷史因為分支1而變得不存在。
分支1：在桓遠之成功的利用五嶽陣使得“晉克秦”後而沒有嬴詩回到過去的歷史中，此場戰爭的輸贏無法得知，但造成了此歷史上的嬴詩想要回到過去改變歷史。此歷史因為分支2而變得不存在。
分支2：晉大破秦國，慕容詩利用夏後祭器來到昊天界，在太一之輪上留下“秦克晉”的生克，導致出現一個我們完全不清楚的歷史。唯一確定的就是七曜使者是來自於那個歷史。此歷史中，秦國使用了黑火，壺中仙一樣難逃死噩，七曜使者是經由犀衍的幫助來到了春秋時代。此歷史因為分支3而不存在。
分支3：晉國在七曜使者的幫助下，贏了秦國。嬴詩死而復生，身份被揭穿。七曜使者和車芸一行都上了昊天界，最後桓遠之成功的在太一之輪上留下了“晉克秦”的生克，誤殺了車芸，被關在了太一神殿，而太一之輪則被成功封印，七曜使者隨著消失，而車芸的記憶轉移到了慕容詩的身上。
蒼之濤故事結束
公元前459年
鬼谷子弟子蜀桑子立志想要改變天下。他擁有學來的機關術技術，並偷取了輾轉落入鬼谷子手中的煉妖壺。不僅如此，蜀桑子對古蜀國文化進行研究，發現了黑火的存在。他在蜀國祭廟中找到了黑火護身符，以此為原料，煉化出了一女孩，取名為桑紋錦，並收之為女兒。此後，他進一步研究了黑火之力後，覺得黑火的力量過於強大，因此放棄。
公元前438年
輔子徹出生。
楓之舞
公元前420年
輔子徹在大梁城黃河堤口遇到機關人，楓之舞故事開始。之後在太室山救下被蜀桑子置於木箱中的桑紋錦，收伏蜀桑子的寵物疾鵬。之後蜀桑子奪走軒轅劍，而壺中仙得以釋放，輔子徹將其頭部放在機關人上。在桑紋錦以及同門鑄石子的協力下，打敗蜀桑子，奪回軒轅劍。桑紋錦身世曝光，利用煉妖壺的力量死又復生。
楓之舞故事結束
壺中仙開始沉睡，恢復力量。
公元前413年
壺中仙甦醒，發現壺中世界妖魔大亂。
公元前412年
壺中仙找到神器東皇鍾和昊天塔，建立雲中界。
公元前409年
壺中世界妖魔謀亂，壺中仙欲借輔子徹和軒轅劍之力平亂，同時也和輔子徹初次提及他的諧韻計畫。兩人意見不合，大打出手，壺中仙敗走，但走前，桑紋錦將有關於黑火的記載交給了壺中仙研究。
公元前404年
壺中仙找到黑火九鼎。
公元前403年
壺中仙以黑火的力量平息了壺中世界的叛亂，但是在他試驗期間，七鼎黑火肆虐雲中界，壺中仙被重創。
公元前398年
壺中仙協助楚國一統天下。輔子徹與壺中仙再戰，輔子徹以軒轅劍力破周鼎，並將二鼎送回周國。
公元前397年
壺中仙約輔子徹戰於泗水，輔子徹雖然以軒轅劍之力迎戰七鼎之力，但是也因此力竭，而與軒轅劍一同被壺中仙封印於煉妖壺中，助陣的疾鵬也被投入雲中界。而壺中仙也因為力竭而再次進入休眠期。
公元前400年
壺中仙開始栽培犀衍。
公元前330年
犀衍建立雲彩之塔，協調雲中界。
公元前300年
疾鵬建立多毛國。
公元前276年
桑紋錦接任墨家鉅子一任。
公元前275年
白輿開始研究機關術和黑火一鼎（送回周王室的二鼎之一）
公元前274年
白輿被逐出墨門。
公元前260年
壺中仙開始幫助秦國。
公元前256年
壺中線召回另一個遺留在外的周鼎。
公元前241年
姬良出生。
公元前240年
秦國的機關術發展迅速，研製出巨雷。
公元前235年
屈嫻出生。
公元前233年
水鏡出生。
公元前221年
秦國統一天下。
公元前219年
嬴政在壺中仙的慫恿下開始求仙。
軒轅劍肆
公元前218年
軒轅劍年表墨家不斷遷移，水鏡開始要求研究機關術，姬良博浪沙刺秦失敗，軒轅劍肆故事開始。姬良學會使用天書，水鏡刺秦失敗，營救屈嫻成功後一行人被壺中仙拋入雲中界。化解了水魚國和多毛國的戰爭問題，疾鵬跟水鏡一行回到人界。其後，墨家被毀，桑紋錦被抓後被犀衍帶至雲中界紫雲塔囚禁，之後犀衍也將收於蜀之太廟中的封印了柒的金繭帶到紫雲塔。水鏡一行來到紫雲塔救出桑紋錦，桑紋錦釋放柒。柒重創壺中仙。幾經波折，了解了桑紋錦原來是利用黑火護身符所煉化出的，所以會被柒控制。其後，一行進入壺中界，救出輔子徹，獲得軒轅劍，打敗了想要毀滅世界的柒和九鼎黑火龍。壺中仙就此與世長辭，身體被放入金蛹。姬良改名張良，墨家搬至雲中界生活（桃花源雛形）。
軒轅劍肆故事結束
公元前208年
張良開始輔佐劉邦。
公元前201年
張良被冊封為留侯。
公元前201~公元前84年間
因重大變故，神器殿中神器失散（與公元383年的分支1並不矛盾，因為該歷史分支已經消失）。
公元前84年左右
何然利用崆峒印為氐人設下不老結界。
公元元年
耶穌誕生。
公元196年
天女青兒的四件樂器所化人形的老三笙兒（橫艾），與年僅16歲的諸葛亮初逢。
公元205年
曹植與嫂嫂甑宓私通誕下二子，一子即為曹睿，另一子流落民間。
公元208年
赤壁之戰，笙兒的大姐巫山仙子琴兒以自己百年壽命為周瑜借來東風，軒轅劍轉世雙生子——朝雲與暮雲的父皇甫疾死於赤壁之火。
公元210年
周瑜為琴兒所感，放下功業與小喬，設計詐死，與琴兒同赴巫山。
公元218年
昊天塔轉世為陸承軒，出生於建業。
公元219年
關羽北伐，朝雲之母死於逃難途中。朝雲與姐姐以及弟弟暮雲失散。
公元222年
馬良戰死，馬良之女馬蘊（端蒙）流落於南蠻。
公元225年
華妍收養馬騰之孫馬棄。
公元226年
曹睿即位，並著人私下尋回流落民間的兄長。
公元228年
諸葛亮第一次北伐失敗後，馬謖被斬，被馬謖尋回的馬蘊以及馬謖么子尚章遂成孤兒。
公元229年
持國使趙雲病故。
公元230年
孫權遣人至海上求仙，耶亞希自夷洲被帶回吳國。諸葛亮第三次北伐，飛羽首次出擊建功。
漢之雲
公元231年
軒轅劍年表諸葛亮發動第四次北伐，漢之雲故事開始。飛羽執行各項特殊任務，包括襲擊魏軍後方誘戰，掩護漢軍上邽割麥等。直至漢軍糧資匱乏無功回師，飛羽於木門道負責斷後並誘殺魏將張郃。
公元232年
飛羽受任四下尋找關羽，張飛以及趙雲昔日所用之武器。
公元233年
暮雲失手將養父徐庶殺死，此後尊徐庶遺命保護諸葛亮。而羽之部受任尋找續命之法所需之雪山玉參，歸來途中救助孫權出使於公孫淵之使者，此後又前往巫山尋找巫山瑤花。諸葛亮著手準備第五次北伐。
公元234年
飛羽前往洛陽刺殺曹睿，未果。諸葛亮第五次北伐。飛羽設計，將司馬懿困於葫蘆谷；曹睿來救，但為朝雲重傷。北伐依然無功，以續命之法復活的趙云為了漢國得以休養生息，決意令飛羽刺殺屢屢勞師動眾的諸葛亮。觀星台三上三博，最終諸葛亮亡故，朝雲殺暮雲後二人劍氣合二為一。而曹睿重傷不治身亡，其胞兄取而代之。笙兒之妹磬兒（赤衣）為替愛侶曹睿報仇，來到觀星台與飛羽眾人展開殊死決戰。最終，飛羽解體，朝雲帶著耶亞希以及她的族人回到夷洲，之後獨身前往山海界；而笙兒則告知趙雲行刺諸葛亮的幕後黑手正是諸葛亮本人。
漢之雲故事結束
公元244年
續命之法效盡，趙雲再度亡故。此後笙兒以伏羲琴之力消除眾人對飛羽的記憶。
朝雲以盤古斧之力進入山海界，以求解救天女青兒。在山海界中，他將身體交由暮雲的意識控制，自身陷入沉睡。在他進入山海界的同時，也將無法控制自身力量而弒親的陸承軒一同帶入。此時山海界中東皇鍾也已轉世為夏柔。天女之靈無法繼續維繫封印，天女封印力量衰退，山海界天氣異變。因資源匱乏，山海界進入戰爭狀態。軒轅劍伍故事開始。
軒轅劍伍
皇甫暮雲救出天女之魄，積極收集不滅之火意圖以朱雀靈獸破除青龍靈獸的封印。陸承軒與夏柔相識，同去遺世之都接受繼任青龍聖者的測試。夏柔被選中為第三任青龍聖者，尋找失散的二十八顆星曜石。天女之魄青魅占據青龍聖者身體，完成魄靈合體。
分支1：星曜石收集齊全。朱雀靈獸復活，天女完全甦醒。因皇甫暮雲的犧牲，天女自願被再度封印。
分支2：星曜石收集不齊全，一場惡戰後青魅被消滅，而皇甫暮雲和陸承軒同歸於盡，恢復為神器原形（按《天之痕》古月說法推測，普通結局為真結局）。
軒轅劍伍故事結束
此為我們所存在的歷史。夏柔將軒轅劍送回軒轅界（人間），但因兩界間時間流動速度不一，此時軒轅界已過百年，皇甫朝雲與耶亞希靈體相會。
公元363年
桓遠之出生。
公元366年
慕容詩出生。
公元373年
太一神殿大門千年一次再度打開的日子，慕容詩再見桓遠之的日子（此時間按照計算得來）。
公元383年
淝水之戰。
分支1：秦國大敗晉國，桓遠之巧入雲中界，遭遇疾鵬，得知了五嶽陣和失卻之陣，遂利用天書和尚在神器殿的上古神器部下失卻之陣回到了春秋時代，意圖改變歷史。但是此段歷史因為桓遠之的關係，使得存在率完全消失，所以也就不存在，也不是我們所經歷的歷史。
分支2：由於桓遠之成功的利用五嶽陣成功的影響了生克。晉國大敗秦國，慕容詩在水鏡（留侯夫人）的幫助下，帶著這個時代的軒轅劍（劍是慕容垂給予，因此推測，軒轅劍應該在之前就從水鏡手中脫出），利用桓遠之在雲中界造成的時光裂痕，回到了春秋時代，也意圖改變歷史。由於成功添加上“秦克晉”的生克，加速了歷史進程（造成七曜使者的原因），所以此段歷史亦不存在。
分支3：由於桓遠之成功在太一輪上添加了“晉克秦”的生克。晉國大敗秦國，慕容詩在水鏡的幫助下，帶著這個時代的軒轅劍利用桓遠之在雲中界造成的時光裂痕，回到了春秋時代，也意圖改變歷史，但是沒能成功。與前世車芸記憶融合，回到屬於她的時代，將一些受到戰爭殃及的百姓帶入桃花源（雲中界）。
公元589年
揚拓（宇文拓）出生。
公元599年
獨孤寧珂出生。
公元600年
拓跋玉兒出生。真獨孤寧珂夭折，身體被妮可依附。
公元601年
陳靖仇出生。陳朝遺族在江南興兵意圖推翻隋朝，復興大陳，但是遇到揚拓（宇文拓）以及所攜軒轅劍，全軍覆沒。
公元602年
於小雪出生。
公元615年
8月，隋煬帝屠戮拓跋部落。10月，陳靖仇開始學習鬼谷道術，張烈回到北方重整拓跋部落。
天之痕
公元616年
軒轅劍年表3月，宇文拓利用自身力量得知天之痕所在以及修補方法，北上涿郡取神農鼎，獨孤寧珂提供代替虛空之陣的巴別之路，宇文拓開始修建通天塔。4 月，獨孤寧珂告密宇文拓私藏神農鼎。5月，陳輔帶陳靖仇去伏魔山尋找崑崙鏡，天之痕故事開始。陳輔和饕餮同困伏魔山洞，陳靖仇月河村初遇小雪，6月（猜測），黑山鎮與玉兒相逢。7月，宇文拓開始命令屬下執行萬靈血計畫，第一次萬靈血雁門啟動。拓跋玉兒混入龍舟行刺隋煬帝。在豆子坑遇到程咬金等人，東萊第二次萬靈血，同時從獨孤寧珂手中取回神農鼎。8月，得知公山鐵逝世，出海尋仙。在歷經氐人，黑龍王，玉兒毀容等劇情之後，終於救出陳輔，且從仙山島回到中土。之後宇文拓積極活躍於整個遊戲，萬靈血全部完成，小雪背叛，玉兒慘死。同月，一切真相大白，獨孤寧珂終於露出本來面目。
分支1：魔界降臨。從古月聖口中隱約得知軒伍故事梗概。陳靖仇一行利用失卻之陣回到過去的時間點，以便阻止魔界入侵。但是此歷史中，已經無法改變魔界降臨的事實，即使萬靈血已經被毀，可以阻止進一步結界裂縫的增大，但是由於本屬於此歷史中的陳靖仇一行的離開，對於之後的事態發展，無法預計，且此歷史已經不屬於我們所處的歷史了。
分支2：魔界降臨歷史中的陳靖仇一行來到本歷史魔界尚未降臨之前的時間，成功的阻止了魔界入侵，殺死了魔化陳輔，完成了九天結界的封印。張烈看出李世民有弒父殺兄之相，古月聖答應若李世民施暴政，則讓其染疾而亡。
天之痕故事結束
公元625年
唐朝建立。
陳靖仇一行人成功修補九天結界後所回到人間的時間點。宇文拓帶著煉妖壺和藏有獨孤寧珂（妮可）靈魂的伏羲琴，去了西方。陳靖仇接管了軒轅劍。
公元626年
玄武門之變，李世民發動政變，殺死手足兄弟李建成，李元吉。後李淵立李世民為太子。
公元628年
陳靖仇和於小雪去終南山祭拜陳輔的衣冠冢，遇到投胎轉世的拓跋玉兒（小雪線結局，按照軒網的“三個人的時光”稱號任務，推測此結局為《天之痕》真結局）。
公元628年至公元649年間
康那裡士質疑永生的可能性，被逐出教會。他開始學習黑魔術，並對自己施以殭屍之法，四處咒殺可能對他不利的人。後遭圍剿死去，但依舊能以屍體的形態活動。
公元649年
古月聖依諾，讓李世民染疾而終。
公元725年
獨孤寧珂的靈魂淨化完成（以公元625年為起點計算100年）。
公元729年
賽特出生。
公元741年
賽特開始為丕平擔任諜報工作。
軒轅劍叄
公元749年
賽特奉命尋找戰爭不敗之術，軒轅劍叄故事開始。在威尼斯遇到惡魔妮可，在地中海認識薇達。此段雖然賽特利用了穿梭時間的能力解救了自己，但是這是一個必然的循環，所以不存在歷史上的分支。
公元750年
賽特到達中東地區，來到了肯迪之家學習占星術，之後大食內亂，與精靈卡瑪和黑貓安卡相遇，認識了從中國來的慧彥。
公元751年
賽特來到巴格達，認識石國王子遠恩與段秀實。之後挾持了遠恩，一行人行經怛羅斯，慧彥為阻止大食入侵，在戰場上陣亡。之後經歷了一段五年幻象的歷史，終於到達中國，住在翰林學士白連儀家，開始學習王道精神。
公元755年
賽特掌握安祿山謀反證據，通過密道闖入皇宮，在毀掉撒旦的肉身（麥爾斯）之後，被撒旦所殺。
公元756年
安史之亂，唐朝陷入動盪時期。賽特靈魂遇到李白，得返天山，在軒轅劍仙的幫助下復活，撒旦被封印。賽特攜帶軒轅劍以及安卡來到阿拉伯地區，陪伴薇達。
軒轅劍叄故事結束
公元766年
薇達身故，賽特回到歐洲，尋找妮可的轉世，且協助查理曼大帝建立大業。
公元786年
賽特身故。其後，軒轅劍與煉妖壺一同則輾轉回到中國。
公元855年
撒旦力量足夠，脫離煉妖壺。其後煉妖壺由少淵峰墨門保管，軒轅劍則由梁錯祖先保管。
公元1216年
於小雪重新變回人形，常在終南山下陳靖仇與拓跋玉兒幕前回憶往昔（玉兒線結局）。
