市衛生和計畫生育委員會內設17個職能科室：
（一）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、督查、信訪等機關日常運轉工作，承擔綜合協調、重大問題調研、重要文稿起草、政務信息和公開、安全保密、社會治安綜合治理等工作。
（二）人事科教科
擬訂全市衛生和計畫生育人才發展規劃和辦法並組織實施，承擔機關和直屬單位的幹部人事管理、機構編制管理和隊伍建設等工作，組織實施各類衛生和計畫生育專業技術人員資格標準，指導衛生和計畫生育管理幹部崗位培訓工作；組織指導衛生和計畫生育工作領域的對外合作與交流、援外工作，開展與港澳台地區的合作交流。負責離退休（老）幹部工作。
擬訂全市衛生和計畫生育科技發展規劃及相關辦法，指導相關科研項目、新技術評估管理、科研基地建設，指導擬訂醫學教育發展規劃，指導醫學院校教育和衛生人員教育培訓和衛生專業技術崗位培訓。
（三）規劃與信息科
擬訂全市衛生和計畫生育事業中長期發展規劃，承擔統籌規劃與協調最佳化全市衛生和計畫生育服務資源配置工作，指導各地區域衛生和計畫生育規劃的編制和實施，指導衛生和計畫生育公共服務體系建設，擬訂職責範圍內的大型醫用裝備配置管理辦法並組織實施。
負責贛南蘇區衛生計生事業振興發展工作的日常綜合協調、指導服務和督促落實。
承擔衛生和計畫生育的信息化建設和統計工作。
（四）財務科
組織協調中央和省等專項經費的安排使用管理，承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作，擬訂醫療器械、耗材採購相關規範，提出醫療服務和藥品價格建議，指導和監督社會撫養費管理。管理疾病應急救助資金。
（五）政策法規與綜合監督科
組織起草衛生和計畫生育的規範性檔案，承擔有關規範性檔案合法性審查、備案工作，承擔行政複議、行政應訴等工作。承擔計畫生育信訪和政策諮詢。開展國家食品安全標準的宣傳貫徹，組織開展食品安全風險監測、評估和交流。
承擔公共衛生、醫療衛生、計畫生育綜合監督，按照職責分工承擔職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生和計畫生育的監督管理，組織開展公共場所、飲用水安全、傳染病防治監督檢查，整頓和規範醫療服務市場，組織查處衛生和計畫生育違法行為；督查督辦重大醫療衛生違法案件，指導規範綜合監督執法行為。負責實驗室生物安全監督。
（六）體制改革與宣傳科（市深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室）
承辦市人民政府深化醫藥衛生體制改革領導小組及其辦公室的具體工作，研究提出深化醫藥衛生體制改革重大方針、政策、措施的貫徹意見和辦法，督促落實領導小組會議議定事項。承擔組織推進公立醫院改革工作。
擬訂衛生和計畫生育宣傳、公眾健康教育、健康促進的目標、規劃、政策和規範，承擔衛生和計畫生育科學普及、新聞和信息發布。指導縣、鄉、村開展人口文化建設和婚育新風宣傳。
（七）衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）
擬訂衛生應急和緊急醫學救援政策、制度、規劃、預案和規範措施，指導和推進全市衛生應急體系和能力建設，指導、協調突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、總結評估等工作，協調指導突發公共衛生事件和其他突發事件預防控制和緊急醫學救援工作，組織實施對突發急性傳染病的防控和應急措施，對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援，根據授權發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（八）疾病預防控制科
擬訂全市重大疾病防治規劃、免疫規劃、嚴重危害人民健康的公共衛生問題的干預措施並組織實施，完善疾病預防控制體系，防止和控制疾病發生和疫情蔓延，承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；承辦市人民政府防治愛滋病工作委員會的具體工作。
承辦市人民政府地方病防治領導小組的日常工作，擬訂全市地方病防治工作管理辦法，編制中長期規劃和年度計畫並組織實施，督促指導全市地方病、麻風病等綜合治理、科學防治工作。
（九）醫政醫管科
組織指導實施醫療機構、醫療技術套用、醫療質量、醫療安全、醫療服務、采供血機構管理等有關政策規範、標準，指導實施醫務人員執業標準、服務規範及醫療機構和醫療服務全行業管理辦法，指導醫院藥事、臨床實驗室管理等工作，參與藥品、醫療器械臨床試驗管理工作，組織開展醫療機構評審評價，擬訂公立醫院運行監管、績效評價和考核制度。監督指導醫療糾紛調處工作。負責加強衛生行風建設，落實糾風工作責任制，糾正行業不正之風。
承辦市委幹部保健委員會的日常工作，負責市級保健對象的醫療保健工作、市直部門有關幹部醫療管理工作，以及重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。
（十）基層衛生與藥政管理科（新型農村合作醫療管理辦公室）
指導並推進全市基層衛生服務體系建設工作，監督指導基層衛生政策的落實。擬訂農村衛生和社區衛生規劃、規範並組織實施，負責基本衛生保健管理與評估，擬訂全市基本公共衛生服務項目有關措施並組織實施。承擔綜合管理農村初級衛生保健和新型農村合作醫療工作，對相關政策、規劃組織指導實施。負責鄉村醫生相關管理工作。
負責貫徹落實國家藥物政策和國家基本藥物制度，協助有關部門參與執行國家藥品法典，執行國家基本藥物目錄，組織實施基本藥物採購、派送、使用的管理制度措施；負責國家基本藥物制度推廣、宣傳教育工作。
（十一）行政審批服務科
負責部門授權的行政審批事項和非行政許可事項的具體審批辦理和服務工作；按照《行政許可法》的規定，承擔本單位所有行政審批事項的統一受理行政許可申請和統一送達行政許可決定的職責；負責本單位其他審批事項的轉交審批或審批聯絡工作等。承擔駐市行政服務中心視窗建設和管理及相關諮詢等日常工作。
（十二）婦幼健康服務科
擬訂婦幼衛生和計畫生育技術服務規劃、技術標準和規範，推進婦幼衛生和計畫生育技術服務體系建設，指導婦幼衛生、出生缺陷防治、人類輔助生殖技術管理；對全市計畫生育技術服務工作進行管理；組織實施生殖健康促進計畫，提高出生人口素質；組織病殘兒醫學鑑定。
依法規範計畫生育藥具管理工作。
（十三）計畫生育基層指導與考核科
負責指導和督促基層加強計畫生育基礎管理和服務工作，完善計畫生育辦法措施並組織實施，推進基層計畫生育工作網路建設。負責計畫生育目標管理責任制工作，指導縣（市、區）實施計畫生育一票否決制。
（十四）計畫生育家庭發展科
研究提出全市促進計畫生育家庭發展的扶助辦法並組織實施；組織落實國家計畫生育獎扶及特殊困難家庭獎勵扶助制度資格人群的認定和獎勵資金髮放的監督落實，組織落實省、市“生育關懷”各項獎勵措施。
協助做好“失獨”家庭再生育服務工作，配合做好計畫生育特殊困難家庭和“失獨”家庭社會養老服務工作。
承擔出生人口性別比綜合治理工作。
（十五）流動人口計畫生育服務管理科
擬訂流動人口計畫生育服務管理工作規劃、辦法；建立流動人口衛生和計畫生育信息共享、公共服務和區域協作工作機制；指導、督促、評估縣（鄉、村）流動人口衛生計生服務管理工作。
（十六）中醫藥科
組織實施和落實中醫藥、中西醫結合工作發展規劃、管理辦法、規章和技術標準；負責全市中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等的監督管理，組織開展中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用；負責全市中醫、中西醫結合教育、科研工作。
（十七）愛國衛生運動委員會辦公室
承辦市愛國衛生運動委員會日常工作。制訂全市愛國衛生運動的規劃和措施並組織實施；組織協調開展創建衛生城鎮（村）活動；組織開展健康教育；指導農村改廁和城鄉除“四害”活動；對消殺滅藥品的生產、使用質量進行監督。
機關黨委。負責局機關和局屬單位的黨建工作；牽頭負責精神文明建設，指導工青婦等群團工作。
紀檢組。為市紀委的派駐機構。
