1929年,賈連元與同窗張柏岩等一起來到哈爾濱,曾任哈爾濱市立醫院內科主任、院長等職。1941年留學日本,獲日本國厚生省醫學博士學位。
日本投降後,他與張柏岩等自發組織了衛生系統維持會,組織醫護人員保護醫院,開展醫療工作,並出任哈爾濱市臨時政府的衛生局長兼哈爾濱第一醫院院長。1946年4月,任哈爾濱市傳染病醫院院長,同張柏岩一起為防止1947年鼠疫在哈爾濱蔓延作出了重要貢獻。
賈連元學識淵博,通曉英、日、德、法4國語言,特別是在精神病學研究、臨床治療等方面成就卓著;同時,還對癍疹傷寒、霍亂的防治進行過研究,有不少成果問世。在從事醫學教育工作中,賈連元培養了一批內科學和精神病學方面的人才。賈連元是九三學社哈爾濱分社的創始人之一,曾任副主任委員兼秘書長。
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