該土司遺址於2001年被公布為全國重點文物保護單位,2012年獲全國十大考古新發現。2012年4月23日至今,貴州省文物考古研究所聯合多家機構入駐海龍囤土司遺址,進行為期900多天的科學考古發掘,首次系統理清海龍囤土司遺址建築群。通過考古發掘,獲得超越以往對土司遺存的認知。
西南地區素有“思播田楊、兩廣岑黃”的說法,播州楊氏和思州田氏並列為兩大土司勢力,其中,位於今天的遵義地區的古播州,又是勢力最大的土司轄區。自唐僖宗乾符三年(公元876年),楊端上疏請行平南詔而進入播州,開始了楊氏掌播的歷史,到明萬曆二十八年(公元1600年)“平播戰爭”中最後一任播州土司楊應龍被滅,播州楊氏共傳了27代30世。海龍囤土司遺址作為楊氏土司軍事城堡存在,完整見證中國古代對少數民族地區的政治制度變化。