我國 1978 年恢復研究生培養制度後，本所的研究生培養工作即於當年開始，。
本所研究生培養工作在所長辦公會議和所學位委員會共同領導下進行。研究生培養工作最初由所辦公室負責管理。 1982 年，經財政部批准，本所正式設立研究生部，專門從事研究生教育管理工作。研究生部目前設有教務處（含招生辦、學位辦、 MPAcc 中心辦）、辦公室（含學生辦）、財政教研室、會計教研室、公共教研室。研究生部主要負責招生、課程安排、課程教學、學位申請、教師及學生後勤、學籍管理、學生政治思想及畢業生派遣等工作，並承擔科研及其它臨時交辦任務。目前有專職教職員工 26 人（不含承擔教學任務的所內科研人員），其中 10 人有高級專業技術職務資格。
1978 年本所開始招收碩士研究生， 1982 年開始招收博士研究生，均是國家教育部、國務院學位委員會批准的第一批招收碩士、博士研究生的單位。本所還有我國第一個會計電算化博士點。從 1978 年到 2005 年，本所已招收碩士研究生 28 屆、博士研究生 24 屆。
1978 年至 2003 年間，本所設有財政學和會計學 2 個專業， 2004 年起增設國民經濟學和企業管理學兩個專業，現共有 4 個專業，分屬經濟學、管理學兩個學科大類，具有博士、碩士學位授予權，並有授予同等學力人員碩士學位的資格。其中，國民經濟學專業設 2 個培養方向，即巨觀調控和投資經濟；財政學專業設 3 個培養方向，即財政理論與政策、國家稅收和稅收征管電算化；會計學專業設 4 個培養方向，即會計理論、國際會計、企業財務與會計和會計電算化；企業管理學設 1 個培養方向，即財務管理。 2004 年本所作為國內第一批試點單位之一開展了 MPAcc （會計碩士專業學位）教育工作。
本所擁有一支力量強大的研究生指導教師隊伍。指導教師科研成果豐富、學術造詣高深、具有豐富的教學經驗和實踐經驗，在我國經濟學界享有盛譽。現有博士研究生指導教師 37 人、碩士研究生指導教師 41 人。本所還特聘一部分長期從事實際工作和理論研究的教授、專家授課並指導論文，經常邀請國內外著名學者前來舉辦各種講座和學術交流活動。
多年來，本所為我國財政、稅務、會計及財務界培養了大量的高級人才。截止2015 年6 月，財科所已授學位總數為3292 個，其中博士學位665 個、碩士學位2627 個。博士研究生分為財政學和會計學兩個專業，分別授予經濟學和管理學博士學位。碩士研究生分學術型和專業型兩種，其中學術型包括財政學和會計學兩個專業，分別授予經濟學和管理學學位，專業型包括會計碩士專業學位（MPAcc）和審計碩士專業學位。
