內容介紹
內容提要分子生物學的迅速發展，產生了大量的數據，而其間的關係也日趨複雜。計算分子生物學就是處理這些數據的新科學。
本書主要是介紹分子生物學中具有代表性的計算問題以及某些求解這些問題的有效方法。具體包括：分子生物學的基本概念；兩個重要的數學對象，即串和圖，和算法的基本概念等；序列比較和經典的動態程式設計算法；DNA片段組裝技術；DNA的物理作圖問題和一種物理作圖的近似算法及啟發式；與種系發生樹構造有關的一些數學問題和某些由於構造特定類型種系發生樹的算法；用以研究DNA中序列差異的數學模型和用於RNA結構預測的動態程式設計法以及蛋白質比配方法；最後還介紹了DNA計算。
本書可供研究基因組學與分子生物學的生物學、數學、計算機科學等專業的科研人員、教師、研究生等參考。
譯者序
前言
全書概述
習題
錯誤
致謝
第一章 分子生物學的基本概念
1.1 生命
1.2 蛋白質
1.3 核酸
1.4 分子遺傳學機制
1.5 基因組是如何被研究的
1.6 人類基因組計畫
1.7 序列資料庫
習題
文獻提要
第二章 串、圖和算法
2.1 串
2.2 圖
2.3 算法
習題
文獻提要
第三章 序列比較與資料庫搜尋
3.1 生物學背景
3.2 比較兩個序列
3.3 基本算法的擴展
3.4 比較多個序列
3.5 資料庫搜尋
3.6 其他問題
小結
習題
文獻提要
第四章 DNA片段組裝
4.1 生物學背景
4.2 模型
4.3 算法
4.4 啟發式
小結
習題
文獻提要
第五章 DNA物理作圖
5.1 生物學背景
5.2 模型
5.3 一個CIP問題的算法
5.4 帶錯雜交作圖的一種近似
5.5 雜交作圖的啟發式
小結
習題
文獻提要
第六章 種系發生樹
6.1 性狀狀態和完全種系發生問題
6.2 二值性狀狀態
6.3 兩個性狀
6.4 種系樹的簡約性和相容性
6.5 距離矩陣算法
6.6 種係數之間的一致
小結
習題
文獻提要
第七章 基因組重排
7.1 生物學背景
7.2 有向塊
7.3 無向塊
小結
習題
文獻提要
第八章 分子結構預測
8.1 RNA二級結構預測
8.2 蛋白質摺疊問題
8.3 蛋白質比配
小結
習題
文獻提要
第九章 結語：DNA計算
9.1 曼哈頓通路問題
9.2 可滿足性
9.3 問題與展望
習題
文獻提要
習題選解
參考文獻
索引
