親水指數是根據蒸汽至水相轉移的ΔtrGm以及在形成蛋白質時胺基酸在表面和內部的分布測算的。疏水性最強的兩種胺基酸分別是異亮氨酸(親水指數為4.5)與纈氨酸(親水指數為4.2);親水性最強的兩種胺基酸分別是精氨酸(親水指數為-4.5)和賴氨酸(親水指數為-3.9)。親水指數在蛋白質結構的研究中十分重要。具有疏水性的胺基酸在蛋白質的三維結構中趨向於朝向內部,而具有親水性的胺基酸更常以朝蛋白質表面的狀態被發現。
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