基質的性質
基質構成固定相的骨架，親和層析的基質應該具有以下一些性質：
1.具有較好的物理化學穩定性。在與配體偶聯、層析過程中配體與待分離物結合、以及洗脫時的pH、離子強度等條件下，基質的性質都沒有明顯的改變。
2.能夠和配體穩定的結合。親和層析的基質應具有較多的化學活性基團，通過一定的化學處理能夠與配體穩定的共價結合，並且結合後不改變基質和配體的基本性質。
3.基質的結構應是均勻的多孔網狀結構。以使被分離的生物分子能夠均勻、穩定的通透，並充分與配體結合。基質的孔徑過小會增加基質的排阻效應，使被分離物與配體結合的機率下降，降低親和層析的吸附容量。所以一般來說，多選擇較大孔徑的基質，以使待分離物有充分的空間與配體結合。
4.基質本身與樣品中的各個組分均沒有明顯的非特異性吸附，不影響配體與待分離物的結合。基質應具有較好的親水性，以使生物分子易於靠近並與配體作用。
運用
一般纖維素以及交聯葡聚糖、瓊脂糖、聚丙烯醯胺、多孔玻璃珠等用於凝膠排阻層析的凝膠都可以作為親和層析的基質，其中以瓊脂糖凝膠套用最為廣泛。纖維素價格低，可利用的活性基團較多，但它對蛋白質等生物分子可能有明顯的非特異性吸附作用，另外它的穩定性和均一性也較差。交聯葡聚糖和聚丙烯醯胺的物理化學穩定性較好，但它們的孔徑相對比較小，而且孔徑的穩定性不好，可能會在與配體偶聯時有較大的降低，不利待分離物與配體充分結合，只有大孔徑型號凝膠可以用於親和層析。
優點
多孔玻璃珠的特點是機械強度好，化學穩定性好。但它可利用的活性基團較少，對蛋白質等生物分子也有較強的
親和吸附劑注意事項
由於配體結合在基質上，它在與待分離的生物大分子結合時，很大程度上要受到基質和待分離的生物大分子間的空間位阻效應的影響。尤其是當配體較小或待分離的生物大分子較大時，由於直接結合在基質上的小分子配體非常靠近基質，而待分離的生物大分子由於受到基質的空間障礙，使得其與配體結合的部位無法接近配體，影響了待分離的生物大分子與配體的結合，造成吸附量的降低。解決這一問題的方法通常是在配體和基質之間引入適當長度的“間隔臂”，即加入一段有機分子，使基質上的配體離開基質的骨架向外擴展伸長，這樣就可以減少空間位阻效應，大大增加配體對待分離的生物大分子的吸附效率。加入手臂的長度要恰當，太短則效果不明顯；太長則容易造成彎曲，反而降低吸附效率。
