發展目標
醫學院屬學校二級教學、科研管理機構，位於風景秀的成都九里校區，學院立足於學校生物醫學工程、藥學、生物化學與分子生 物學等本科專業與與臨床醫學、藥學、生物醫學工程、生物化學與分子生物學等碩士學位點，緊密結合附屬醫院成都市第三人民醫院和成都軍區總醫院的優勢學科， 致力促進醫工、大健康等交叉學科建設，藉助四川優越的自然條件和地理優勢，大力發展中藥特色道地藥材、旅遊醫療和養老產業為代表的老齡醫學；藉助與台灣大學合作，大力發展災害醫學、康復醫學與老齡醫學；圍繞大健康的概念，依託學校信息科學和工科學科優勢，強化醫學大數據、轉化醫學、個性醫療、幹細胞治療與精準醫學、重大疾病防治與康養等領域的研究。
領導班子
現任院長：何慶教授
師資力量
學院現有碩博士導師51名，其中，中國工程院院士2人（雙聘）、政府特殊津貼專家12名、正高職稱19人、副高職稱30人。
學科建設
學科建設方面，學院將以藥學、生物醫學工程、臨床醫學和生物化學與分子生物學等學科為依託，逐漸完善從本科到碩士、博士的培養體系；加強現有師資培養的同時，積極引進高層次、高水平人才，力爭在基礎醫學、轉化醫學若干方向培養和引進國家級學科學術帶頭人；緊密圍繞人才培養和學科建設搭建相關科研平台；搭建起多類型國際合作交流平台，積極與國內外高水平學校醫學院和相關醫療機構開展學術科研合作與交流等。
發展歷史
西南交大與華西醫科大學
上個世紀90年代末，為了強力推進所謂的高等教育體制改革，原則上要求除國防部和個別確有特殊情況的部委，所有的專業部委一律不辦部屬高校。當時華西醫科大學華只能選擇同他校合併。西南交通大學有過與華西兩校合併談判，據稱因新校名問題沒有達到成功（未經證實），同時因省領導的強制執行，使得西南交大與華西醫科大學失之交臂。
西南交大與四川省人民醫院
2009年7月31日，西南交通大學與四川省人民醫院簽署了“西南交通大學四川省醫學科學院-四川省人民醫院合作共建醫學院的框架協定” 。直到2013年9月電子科技大學和四川省人民醫院簽訂合作協定而宣布合作失敗 。
2014年7月，西南交通大學分別與成都市第三人民醫院和成都軍區總醫院三方共同簽署戰略合作協定，正式揭牌建立西南交通大學醫學院；同時，西南交通大學附屬醫院在成都市第三人民醫院掛牌，西南交通大學臨床醫學院在成都軍區總醫院掛牌。從此，西南交通大學與成都市第三人民醫院和成都軍區總醫院開啟了醫工戰略合作、協同共贏的嶄新篇章。
合作對象
成都市第三人民醫院
西南交通大學醫學院2014年7月8日下午，西南交通大學與成都市第三人民醫院鄭重簽署戰略合作共建協定，正式開啟戰略合作共建，西南交通大學醫學院、西南交通大學基礎醫學院、西南交通大學臨床醫學院、西南交通大學附屬醫院揭牌成立。
西南交通大學醫學院下設西南交通大學基礎醫學院、西南交通大學臨床醫學院。西南交通大學基礎醫學院的銘牌懸掛在西南交大校內，而成都市第三人民醫院的大門處則懸掛西南交通大學附屬醫院、西南交通大學臨床醫學院的銘牌。
合作領域：
雙方將在生物醫學工程學科首先開展碩士和博士的人才聯合培養；
將首選心臟瓣膜、血管支架、骨生物材料、人工皮膚、藥控釋放材料體系等方面為切入點開展科學研究；
將共同突破傳統醫學的時空限制，共同深入開展醫療大數據研究，建設以全網路、全方位、全關聯、全電子化為特徵的“數位化醫院”；
將加快推進教學、科研與研發一體化醫學院建設，全面助推基礎研究與臨床套用一體化和“研究型醫院”建設；
將全面推動人才、科研、學科、基地、平台、設備、臨床等方面的合作，充分發揮大學、醫院各自的功能優勢，促進創新要素有機融合和全面共享，深入開展協同創新，共同建設“一流大學”和“一流醫院”。
1.雙方將在生物醫學工程學科首先開展碩士和博士的人才聯合培養；
2.將首選心臟瓣膜、血管支架、骨生物材料、人工皮膚、藥控釋放材料體系等方面為切入點開展科學研究；
3.將共同突破傳統醫學的時空限制，共同深入開展醫療大數據研究，建設以全網路、全方位、全關聯、全電子化為特徵的“數位化醫院”；
4.將加快推進教學、科研與研發一體化醫學院建設，全面助推基礎研究與臨床套用一體化和“研究型醫院”建設；
5.將全面推動人才、科研、學科、基地、平台、設備、臨床等方面的合作，充分發揮大學、醫院各自的功能優勢，促進創新要素有機融合和全面共享，深入開展協同創新，共同建設“一流大學”和“一流醫院”。
合作願景：
西南交通大學醫學院西南交大業已形成工科、理科、文科和生命學科四大學科群，理工交叉、文理滲透、四位一體、多學科協調發展的格局已然形成。當下，西南交大正在加速向綜合型、國際化、高水平一流大學的目標奮力前行。21世紀是大生命的世紀，誰錯過生命科學，誰就錯過了這個時代。基於此，西南交大以及三醫院對雙方合作發展、共建發展、互融發展達成高度共識。西南交大定會奮發有為、不辱使命，始終堅持“合作、開放、共享、多贏”的原則，全力釋放創新創造和創業的能量，把西南交通大學和成都市第三人民醫院雙方共同的事業建設好、發展好，為老百姓的健康福祉，為社會的可持續發展，為四川實現“兩個跨越”和成都市國際大都市建設注入不竭動力。醫學院與附屬醫院的建立，是西南交通大學和成都市第三人民醫院歷史上具有里程碑意義的重要時刻，這不僅有利於提高廣大醫務人員的臨床技能和醫院的整體學術技術水平，有利於促進醫學教育事業發展和醫學生的成才，更是兩家單位肩負歷史使命、探索和引領科技前沿、攀登生命科學高峰，服務國家和人民的重大戰略抉擇。
合作意義：
西南交大與三醫院的共建是四川省高等教育事業及醫療衛生事業發展進程中的一件大事、一件喜事，是均衡發展、深化改革、雙方共贏的重要舉措，推動成都市與西南交大更加全面、深入、長期的合作發展，通過部屬院校與地方高水平醫院的共建，在西部建立更多的 中國一流大學、一流醫院，打造立足成都的優勢高新教育和醫療服務，有利於中西部高等教育結構與醫療衛生資源布局的調整最佳化，推動四川省醫藥人才培養質量和醫學研究水平的提升，推動生物醫藥和醫學材料的戰略性新型產業的發展。雙方在醫療器械、生物材料、大數據醫學等領域實現錯位發展、特色發展，培養生命科技創新人才，加強生命相關的科學重大基礎研究，必將為四川省乃至全國未來生命相關產業發展和新型產品的開發提供強大的支撐，助力四川創新驅動發展。雙方解放思想，不斷構築大平台、組建大團隊、承擔大項目、產出大成果、做出大貢獻，不斷走出一條校地合作交流的新路子。
成都市第三人民醫院院長趙聰任 西南交通大學附屬醫院院長、 西南交通大學臨床醫學院院長
成都軍區總醫院
西南交通大學醫學院2014年7月10日，西南交通大學—成都軍區總醫院戰略合作共建簽約開啟了校院合作發展、共建發展、互融發展的嶄新篇章。
合作領域：
雙方將在生物醫學工程學科開展醫學碩士和博士的聯合培養，優先建立臨床醫學碩士、博士學位授權點，在條件成熟的情況下合作開展臨床醫學學科的本科生教育。
充分利用國家在轉化醫學領域重大政策，全面開展科研合作，共建“西南交通大學—成都軍區總醫院轉化醫學研究中心”，促進基礎研究與臨床治療的雙向促進，全面助推基礎研究與臨床套用一體化，加快推進“研究型醫院”建設步伐。
雙方將共同開展醫療大數據研究，努力建設以全網路、全方位、全關聯、全電子化為特徵的“數位化醫院”。
1.雙方將在生物醫學工程學科開展醫學碩士和博士的聯合培養，優先建立臨床醫學碩士、博士學位授權點，在條件成熟的情況下合作開展臨床醫學學科的本科生教育。
2.西南交通大學—成都軍區總醫院轉化醫學研究中心
3.雙方將共同開展醫療大數據研究，努力建設以全網路、全方位、全關聯、全電子化為特徵的“數位化醫院”。
合作願景：
“從雙方簽署協定，就翻開了軍民攜手、開拓奮進、共創輝煌的新篇章；從我們雙手緊握，就注定要 同呼吸、共命運、心連心。”成都軍區總醫院與西南交通大學的戰略合作，不僅是雙方在自願、平等、互惠、共謀發展前提下的戰略握手，而且是 西南戰區衛勤力量與地方高校的第一次深度合作，具有重要的政治意義、軍事意義和社會意義，必將為推動軍民融合深度發展，促進教育和衛生事業進步。
西南交大鄭重承諾：我們將秉持合作、開放、共享、雙贏的原則，嚴格恪守協定的要求，切實履行協定規定的責任和義務，把我們共同的事業建設好發展好，為老百姓的健康福祉，為軍隊醫療衛生事業和社會的可持續發展，不遺餘力。我們有理由相信，在雙方的共同努力下，一流大學、一流醫學院和一流醫院“三個一流”的宏偉目標，一定能夠早日實現！
成都軍區總醫院沈毅院長任 西南交通大學臨床醫學院院長。
成都醫學院
2014年7月9日，西南交通大學校長徐飛和成都醫學院院長余小平簽訂了兩校戰略合作框架協定，標誌著西南交通大學與成都醫學院將正式開展戰略合作。
合作願景：
西南交大是一所擁有很多世界第一和全國第一的綜合性大學，成都醫學院是專業院校，兩校簽訂戰略合作框架協定是“ 大手牽小手”，希望兩校在相關領域的學科建設、專業建設、協同創新、科學研究、人才培養等方面開展深入合作。
西南交通大學在生物材料領域有著很強的實力，成都醫學院則有著醫學領域研究的專一性，同時兩所學校都有開放辦學的心態，基於開放協作的共同理念，兩校有著堅實的合作基礎，也必定會取得豐碩的合作成果。
成都醫學院優勢研究領域——老齡醫學方面，能與西南交通大學生命科學、材料，以及信息、經管、心理等等相關學科方面的優勢有效疊加，進一步大力發展。
合作領域：
兩校合作共建包括隊伍健設、平台建設、人才培養、科學研究等四大方面。
招生計畫
2015年將開始碩博士招生，計畫招錄100人。
