位置
該站位於上地科技園區信息路東北面，西臨上地東路以及高架的G7京新高速公路，東臨京包鐵路。昌平線與13號線與京新高速公路、京包鐵路平行，呈西北-東南走向布置。
結構
原有西二旗站由於設計規模過小，無法滿足與昌平線換乘需求，同時對既有站進行改造的風險較大，因此配合昌平線建設，在老站北側增建了新站。新站與老站相距38.7米。
西二旗站站內立體圖（13號線）西二旗新站結構為地上兩層，半地下一層，四柱五跨車站，總建築面積16669.6平方米。利用13號線與周邊既有高差設定半地下層為設備和管理用房；地上一層西側為站廳、進出站通道，東側為13號線站台；二層西側站廳上方為昌平線站台，東側13號線站台上空為13號線換向天橋暨換乘通道。兩線均採用側式站台設計，昌平線西側站台寬7米，東側站台寬5.2米；13號線西側站台寬4.8米，東側站台寬4.5米。為了避免影響13號線運營，13號線站台採用了懸挑結構。
西二旗站站內立體圖（昌平線）由於車站東側是京包鐵路，出站口均設在西側，因此，13號線東直門方向站台須經過二層天橋跨過13號線路軌經西直門方向一側站台後經站廳進出站。
西二旗站外形頂部用的膜結構覆蓋，外立面採用PTFE索膜結構，模仿手風琴狀起伏褶皺的外觀效果。
昌平線一期工程完工後，路軌暫時到西二旗站為止，未來將繼續向南延伸。為了給昌平線南延提供空間，西二旗老站將被拆除。
西二旗站西南側新設有P+R停車場，占地面積7400平方米，可停放191輛車。
出入口
新西二旗站共建有5個出入口：北 (A1、A2)、南 (B1、B2、B3) 口（其中B2口暫未啟用）。A口有無障礙設施。
原有的西二旗站有1個出入口：A（西）。
運營
西二旗站13號線西二旗站既有大量乘客上車又有大量乘客下車，因此早高峰十分擁擠，經常有下車乘客被上車的人群擠回車廂。2013年西二旗站早高峰的視頻被上傳至YouTube，一天之內獲得點擊量超過33萬次，登上熱門視頻排行首位 。
首末車時間
13號線
開往西直門：5:10-23:17
開往東直門：5:52-22:58（全程）-0:01（終點站霍營站）
昌平線
開往昌平西山口：5:50-23:05
公交換乘
專85路（捷運西二旗站-捷運上地站）、專82路（捷運西二旗站-捷運西二旗站）、333路（安寧莊東路南口-西苑）、362路（西直門-捷運西二旗站）、509路（中央黨校北門-捷運西二旗站）、521路（生命科學園西站-捷運上地站）、544路（環保科技園-捷運西二旗站）、570路（永豐公交場站-捷運西二旗站）、636路（回南家園-西苑樞紐站）、320路（捷運西二旗站-北京西站）、902路（捷運西二旗站-蘇家坨公交場站）963路（捷運西二旗站-龍泉駕校/龍域北街西口-捷運西二旗站）、運通112線（史各莊-藍龍家園）、運通114線（捷運生命科學園站西-吳莊）
000科學園通勤班車（捷運西二旗站-生命科學園西站）快速直達專線21路（龍域北街東口-龍域北街東口）快速直達專線39路（溫泉-捷運西二旗站）快速直達專線80路（永豐公交場站-捷運西二旗站）快速直達專線98路（捷運西二旗站-蘇家坨公交場站）軟體園二期通勤班車（捷運西二旗站-捷運西二旗站）軟體園一二期通勤班車（捷運西二旗站-捷運西二旗站）
臨近車站
| 下行 | 線路 | 上行 |
| 開往西直門站 （下一站：上地站） 距離2538米 | 13號線 | 開往東直門站 （下一站：龍澤站） 距離3623米 |
| 開往西二旗站 （終點站） | 昌平線 | 開往昌平西山口站 （下一站：生命科學園站） 距離5440米 |
