複製不足

肝病毒（HBV）是一種DNA病毒，就像毒蛇分泌的某種毒液只會針對特定的身體部位起作用一樣，B肝病毒也只對肝臟“情有獨衷”，在生物學上它是嗜肝DNA病毒科（hepadnavividae）家族中的一員。這個家族中的病毒成員在哺乳動物和鳥類的身上也都有發現，它們的結構、基因序列和複製策略都非常相似，但是它們之間卻不會互相交叉。除了對具體的器官具有特異性，它們對寄主也同樣有“種族要求”，比如HBV就只對人和猩猩有易感性。
現實生活中，大部分人熟悉的“B肝兩對半”檢測的其實並非B肝病毒的傳染物質和致病物（換句話說，不是活的B肝病毒），所以檢查“B肝兩對半”只能反映一個人是否感染過B肝，卻不能直接深入地揭示B肝病毒在人體內的複製和致病情況，也就不能更好地指導臨床用藥和制訂治療方案。為了尋找到一個正確合理的病毒量化指標，專家們經過多年研究，找到了一個有效的辦法──B肝病毒DNA定量試驗。這種試驗可以反映患者血中活的病毒量，有助於了解B肝病毒在患者體內的消長。B肝病毒DNA是含有遺傳信息的物質，它是複製子代B肝病毒的基礎。因此，了解了B肝病毒DNA在患者體內的消長情況，就間接地弄清了B肝病毒的複製情況。
通過檢測B肝病毒的抗體可以簡單的判斷感是否染了B肝病毒，所以檢測澳抗是一項重要的臨床診斷指標。但僅僅檢測一種抗體還無發完全判斷出B肝病毒目前的狀態，最好的辦法就是將和B肝相關的抗原和抗體全部檢測出來，這就是：B肝表面抗原(HBsAg)、e抗原(HBeAg)和核心抗原(HBcAg)，以及三種抗原誘生的相應的抗體，分別是表面抗體(抗—HBs)、e抗體(抗—HBe)和核心抗體(抗—HBc)。由於技術的原因，一般實驗室無法檢驗核心抗原，所以三對抗原抗體少了一項，因此醫院驗B肝病毒標誌是查“B肝五項”，俗稱兩對半。
通常所說的“大三陽”是指B肝表面抗原、e抗原、核心抗體三項陽性；而“小三陽”指的是是表面抗原、e抗體、核心抗體陽性。各抗原抗體在臨床上還有其不同的指示意義：表面抗原（HBsAg）表示體內是否存在B肝病毒；表面抗體（抗-HBs）表示體內是否有保護性，可以抵抗病毒入侵；е抗原（HBeAg）表示病毒是否複製及具有傳染性；е抗體（抗-HBe）則表示病毒複製是否受到抑制；而核心抗體（抗-HBc）主要表示是否感染過B肝病毒。
其實B肝病毒本身並不致病，它對肝細胞損傷主要是由機體的免疫系統清除反應引起的。B肝病毒感染機體後，侵入到肝細胞內，致使肝細胞的某些結構發生變化。激發機體對自身的肝細胞產生免疫反應，便會引起會細胞損傷。在嚴重的肝損害病例中，機體免疫系統甚至將沒有被HBV侵犯的肝細胞也一同殺死，這也說明自身免疫反應在B肝炎的發病機制中有重要意義。免疫功能正常者，機體對感染HBV的肝細胞發生一系列的免疫反應，隨著病毒被逐步消除，逐漸痊癒。這正是我國有45%以上的人曾經感染過B肝病毒，但最終大部分人體內已經沒有B肝病毒殘留的原因。