初祖
薩迦派的第一祖是貢噶寧布（1092——1158年），是貢卻傑布的小妻子生的也是惟一的兒子。貢噶寧布幼年時隨父學法，但他是貢卻傑布晚年時期出生的，十歲時，父親便與世長辭。薩迦寺主持由拔日仁青札譯師暫時擔任，而貢噶寧布的主要任務是學習佛法，他當時廣拜印、藏名師，遍學佛教顯密二宗包括「道果法」在內的全部教法儀軌。貢噶寧布主要拜拔日仁青札譯師為師，修習佛法，他在修持文殊法時，自稱親自面見文殊菩薩之顯身，由此導師給他特別傳授了《離四耽著》等般若教授。《離四耽著》後來成為薩迦派的一種教戒，也就是一種修心而遠離四個執著的教法。如耽著今生非佛徒，耽著輪迴非出離，耽著自利非菩提心，耽著實執非正見。另外，貢噶寧布拜章德達瑪寧布為師學習《俱舍論》，拜瓊仁欽札巴和黨美朗材兩位大德為師學習《中觀》與《因明》，拜南庫瓦兄弟為師修習《密集》和《大黑天》等法，在居曲瓦札拉巴座前修習《喜金剛》法，在貢唐瓦麥羅座前求學《勝樂》和《明王》教授，在布尚洛瓊座前求學《勝樂》等法，特別在香頓座前居留四年，專心修學教言（道果法）傳授。此外，天竺大成就者布瓦帕，為了開啟法門，親自抵達薩迦，向貢噶寧布傳授七十二部密續之教授，尤其傳授了不越圍牆之十四部深奧教法。總之，天竺大師向貢噶寧布傳授了豐富圓滿的近傳深奧教言大法，即道果法。最後貢噶寧布學業有成，成為一名神通廣大的密宗大師，據說他能一身顯現六種不同神相，因而被公認為觀世音菩薩之化身。
貢噶寧布二十歲時，接任薩迦寺主持，行使薩迦派教主之權力。他大力宣講顯密教法，尤其重視教言道果法的教授。貢噶寧布主持薩迦寺達四十七年之久，為薩迦派的教法體系趨於完善、宗派勢力的不斷壯大，均作出了重要貢獻。因此，後人將貢噶寧布尊稱為「薩欽」，意即薩迦派的第一大師。由於貢噶寧布的不懈努力，薩迦派在這一時期得到飛速發展，並在藏傳佛教界嶄露頭角，其宗派勢力急劇壯大，社會影響力也同時迅速擴大。
貢噶寧布在世弘法時期，培養了諸多弟子。諸如獲得最殊勝成就者三名、獲得能忍成就者七名、通達經論講說之心傳弟子十一名、精於講解文句之心傳弟子七名。
貢噶寧布是以居士身份自居的一位大德，他有四個兒子，依次是貢噶跋、索南孜摩、札巴堅贊、柏欽沃波。貢噶跋赴印度求法，二十二歲時卒於天竺摩揭陀地方；索南孜摩繼任父親貢噶寧布的法位，成為薩迦派第二祖；札巴堅贊繼任兄長索南孜摩的法位，成為薩迦派的第三祖；柏欽沃波（1150——1203年）沒有出家為僧，娶妻成家，繁衍後嗣。
二祖
薩迦派的第二祖索南孜摩（1142——1182年），幼年跟隨父親貢噶寧布學習薩迦派教法，年長後赴桑浦寺拜噶當派高僧恰巴卻吉僧格為師，學習慈氏五論和因明等顯密教法。貢噶寧布去世後，索南孜摩繼任父親法位，成為第二祖。但索南孜摩繼任法位不久，便將法位即薩迦寺主持職位，讓給弟弟札巴堅贊，自己集中精力，專心修習佛法。他主要在前藏的桑浦寺研習佛教顯密教法。因而索南孜摩博通顯密，尤以注重密宗修煉和嚴守戒律而譽滿當時藏傳佛教界；同時，他還嫻熟藏族文化五明學，即聲明學、工巧明學、醫方明學、因明學和內明學，為推動藏族傳統文化的進一步發展作出貢獻。
三祖
薩迦派第三祖是扎巴堅贊（1147——1216年），他繼任兄長索南孜摩法位，成為薩迦派的第三祖。札巴堅贊幼年，跟隨父親貢噶寧布學法至十二歲。他在十一歲時講說《喜金剛》等密法，震驚周圍人士，曾在睡夢中修習三續經函，由此不學而自通三續。特別對於道果法產生很深的感情。此外，札巴堅贊從絳勝達瓦堅贊處受梵行優婆塞戒，從此不食酒肉，成為一名嚴守戒律的高僧。據史料記載，札巴堅贊十三歲多就擔任薩迦寺寺主，為該寺的不斷發展壯大儘自己的職責，他主持建造了薩迦舊寺大殿屋頂的佛殿，用金汁寫大藏經甘珠爾部。總之，札巴堅贊將廣大信徒布施的全部財物用於建造佛像、佛殿和佛塔或分發給貧困農牧民，因而當他擔任薩迦寺寺主達五十七年後去世時，只留下一個坐墊，一套袈裟，別無它物，表現了一個清規戒律僧具有的高尚品德。
四祖
薩迦派第四祖是貢噶堅贊（1180——1251年），他是貢噶寧布最小的兒子柏欽沃波的長子，從小跟隨叔叔札巴堅贊學佛習法，打下良好的佛學知識。比如，貢噶堅贊幼年時，在叔叔札巴堅贊座前受了優婆塞戒，同時廣泛學習佛教文化。貢噶堅贊於1204年在他二十三歲那年，從克什米爾大師釋迦室利處受了比丘戒，並學習法稱的《量釋論》等七因明論，以及《現觀莊嚴論》等經論，還學習了工藝學、星象學、聲律學、醫學、修辭學、詩歌、歌舞等印藏文化。因此，貢噶堅贊在藏傳佛教後弘期成為一名既嫻熟因明學、醫藥學、工藝學、聲律學和佛學（包括般若、中觀學、戒律學、俱舍論等顯宗經典以及行、事、瑜伽和無上瑜伽密宗四續部），又精通修辭學、辭藻學、韻律學、戲劇學和星象學。當時藏族地區貫通此十個學科（一般稱十明學）的學者，則稱班智達。薩迦貢噶堅贊就獲得這一稱號，即薩迦班智達，從而成為第一位享譽整個藏族地區的大學者。
貢噶堅贊獲得薩迦智達這一大學者稱號後，印度南方的綽切噶瓦等六名外道學者，慕名前來西藏同薩迦貢噶堅贊辯論，他們當時在芒域吉仲的聖瓦第桑布寺附近的一個集市辯經十三天，最後六位印度學者敗北，他們便削髮出家為僧，承認自己的失敗。從此薩迦班智達的名聲在藏族地區更加響亮。
薩迦班智達作為一名大學者，給後人留下了豐富的佛學著作和文化論著。諸如《三律儀論》、《正理藏論》、《賢哲入門》、《樂器的論典》、《修辭學》、《聲明學》、《薩迦格言》等佛學和文化經典著作。其中《三律儀論》是薩迦班智達的一部重要著作，書中判定當時佛教界存在的各種佛學觀點的是非曲直，闡述自己對佛教的理解或見解，此書一直是薩迦派僧人必讀的書籍之一；其次《正理藏論》是薩迦班智達以陳那的《集量論》和法稱的以《量釋論》為主的七部因明經典作為重要依據，並運用自己的認識論和邏輯思維體系，撰寫成的一部全新的因明學著作，在藏傳佛教因明學領域具有舉足輕重的重要地位；另外《薩迦格言》是一部膾炙人口的格言集，其內容主要反映社會倫理和為人處世的道理，在藏族地區流傳範圍很廣，深受藏族人民的歡迎。
薩迦班智達不僅是一名博通佛學的大德，而且是一位促成西藏正式歸入中國版圖的重要政治人物。由於薩迦班智達在藏族地區享有崇高的聲望，被當時的元朝統治階級看中，便成為西藏與元朝中央之間建立統一關係的關鍵性人物。1246年，薩迦班智達應元室闊端大汗之邀請到達涼州，並同闊端大汗共同商定西藏歸順元朝中央的條件，以此奠定了元朝對西藏進行行政管理的基礎。薩迦班智達在涼州向西藏各個地方勢力寫信，勸說他們接受條件歸順元朝。最後薩迦班智達不負重託，圓滿完成西藏歸順元朝的重任，但他沒能返回薩迦寺，於1251年在涼州去世，享年七十二歲。可以說，薩迦班智達將自己的一切都獻給祖國統一和民族團結的最美好的事業。經過薩迦班智達的努力，西藏以和平的方式歸順元朝中央。薩迦班智達為中國的統一大業作出巨大貢獻，在中國歷史上具有一定的地位。
五祖
八思巴從小聰慧好學，八歲時能向人們講經，加上伯父薩迦班班智達的良好教育，後來除了在政治上成為一名顯赫的人物外，也是一位精通各種宗教知識的高僧。正如《西藏王臣記》記載：「幼而穎悟，長博聞思，學富五明，淹貫三藏」。八思巴十歲左右就跟隨伯父薩迦班智達赴涼州與蒙古汗王談判，幼年時期就開始接觸政治，為以後的政治生涯打下了基礎。八思巴十七歲時，被臨終的薩迦班智達任命為自己的法位繼承人，即薩迦寺主持和薩迦派教主，薩迦班智達去世後，八思巴開始擔任薩迦寺主持和薩迦派教主職位，成為薩迦派第五祖。從此八思巴逐步成為既是薩迦派的教主又可代表西藏地方勢力的顯赫人物，因而他對西藏地方乃至元朝中央政權起過重大作用。
1253年，八思巴應召謁見忽必烈薛禪汗，當時忽必烈夫婦及其子女以世俗人拜見上師的禮節會面八思巴，他們共二十五人先後在八思巴前受密宗灌頂。忽必烈向八思巴奉獻財寶作為灌頂的供養。
1255年，八思巴回藏從康區迎請那塘堪欽札巴僧格受比丘戒，完成佛教出家僧人生活中最莊嚴的儀式。不久，八思巴又返回上都。當時蒙古汗王對佛教、道教等不同派別的宗教，還能夠比較公平地對待。所以，佛教與道教之間常發生辯論事件。為了解決此事蒙哥汗王命忽必烈主持並判定兩派優劣，1258年在上都的宮殿隆重舉行了佛道辯論會，兩派各參加十七人，佛教方以時年二十三歲的八思巴為首組成。其辯論以道教一方承認自己辯論失敗而告終，十七名道士削髮為僧，少許道觀也隨之改造成佛教寺院。
1260年，忽必烈繼任蒙古汗位，立即封八思巴為國師，賜玉印。
1264年，忽必烈遷都大都（今北京），在中央政權內設定總制院，掌管全國佛教和藏族地區事務，又命八思巴以國師的身份兼管總制院事。
1265年，八思巴返回西藏，對薩迦寺進行了修繕，如新造佛像、靈塔，以及用金汁書寫大量大藏經中的甘珠爾部。同時分別拜克什米爾班智達希達塔噶大巴札、羅沃譯師喜饒仁欽、納塘堪欽青南喀札第二十多位大師為師，研習修教因明學、顯宗理論和密宗修持等佛教教理儀軌，以及藏族傳統文化五明學等知識。八思巴此次回藏居留三年，其間還奉忽必烈之命創製「蒙古新字」。蒙古新字是八思巴依照藏文30個字母創製的由41個字母構成的一種新文字，其語音拼讀均按蒙語，後來蒙古新字又稱八思巴蒙文。八思巴向忽必烈呈獻蒙古新字後，忽必烈極為高興，並於1268年下詔，凡是詔書及各地方公文等均必須使用蒙古新字，試圖在全國範圍內推行這種新文字。
1270年，八思巴第二次向忽必烈授予密宗灌頂。由於八思巴為元朝中央創製新文字，為元朝皇帝授予神聖灌頂，深得元朝皇帝器重。忽必烈晉升八思巴為帝師，並更賜玉印。封號全稱為「普天之下，大地之上，西天佛子，化身佛陀，創製文字，護持國政，精通五明班智達八思巴帝師」，又稱帝師大寶法王，簡稱帝師。
1276年，八思巴從大都抵達薩迦寺，此次八思巴返藏，由太子真金護送，在途中專為真金著述並講授了《彰所知論》，此經有漢譯本，收錄在大藏經中。
1277年，八思巴在後藏的曲彌仁摩地方（納塘寺附近），舉行聚集七萬僧眾的盛大法會，史稱「曲彌法會」。
1280年，八思巴在薩迦寺拉康拉章英年早逝，享年46歲。八思巴在薩迦寺圓寂後，忽必烈又賜封號為「皇天之下一人之上開教宣文輔治大聖至德普覺真智佑國如意大寶法王西天佛子大元帝師」。
1320年，元仁宗下詔，在全國各路建造八思巴帝師殿，以此永遠紀念這位功臣。八思巴在世任國師或帝師期間，除了推動藏族地區的政治經濟文化全面發展之外，為元朝的穩定、發展以及全國各民族間的團結和文化交流，均作出過巨大貢獻。八思巴去世後，元朝中央的帝師制沒有改變，帝師職位一直由薩迦派高僧繼任而延續。如八思巴後由其弟仁欽堅贊擔任帝師，之後，由八思巴的侄子達瑪帕拉熱噶斯塔任帝師，其後帝師由益西仁欽擔任，總共產生十幾位帝師，隨著元朝的滅亡而終止帝師制。
通過以上對薩迦五祖的介紹，大致可以瞭解薩迦派在藏族地區如何發展壯大的歷史進程。根據藏文史料，薩迦五祖中的前三祖稱為白衣三祖，因為他們都沒有正式出家受比丘戒，而是身著俗衣以居士身份自居，故稱白衣三祖，後二祖稱為紅衣二祖，因為他倆正式出家為僧，受過比丘戒，身著紅色袈裟，故稱紅衣二祖。薩迦五祖之後，仍有許多高僧大德為薩迦派的不斷發展繼續發揮過巨大作用。其中薩迦四大拉章，始終是薩迦派蓬勃發展的四大支柱。薩迦四大拉章分別為希托拉章、拉康拉章、仁欽崗拉章和迪卻拉章。薩迦四大拉章起源於元朝帝師貢噶羅追堅贊時期，貢噶羅追堅贊將他的同父異母的眾多兄弟，分成四個拉章，由他們分別擔任各個拉章的主持。
希托拉章是在南喀饒比堅贊任薩迦寺主持時期開始建立，南喀饒比堅贊的兒子貢噶堅贊（1331——1399年）任希托拉章主持時，又將該拉章從薩迦遷徙到曲彌地方，並由其子嗣相繼擔任拉章主持。其最後一位主持是貢噶扎西堅贊（1349——1425年），曾被明朝封為國師，他去世後絕嗣，遂將希托拉章轉入仁欽崗拉章，作為相對獨立的拉章已不復存在。
拉康拉章的第一任主持是貢噶堅贊柏桑布（1310——1358年），其子卻吉堅贊（1332——1359年）為第二任主持。拉康拉章的主持一直由該家族成員相續擔任。至十六世紀左右，拉康拉章趨於衰微。
仁欽崗拉章始於絳央敦悅堅贊（1310——1344年），其主持依次是達瓦堅贊、絳央欽布、喜饒堅贊等。仁欽崗拉章的傳承，傳到第三、四代後，大約在十五世紀左右被中斷。
迪卻拉章是薩迦四大拉章中的嫡系拉章，也是唯一沒有中斷的拉章。迪卻拉章始於貢噶勒貝迥奈堅贊柏桑布（1308——1336），他在元朝曾尚長公主，受命擔任過藏族地區的執法官。迪卻拉章的主持，也是以父子世襲的方式繼任。迪卻拉章的主持一直受到元明兩朝中央的重視，貢噶勒貝迥奈柏桑布的兒子，札巴堅贊普受封為王，札巴堅贊的孫子南喀勒貝堅贊曾被明永樂帝封為輔教王，等等。由於其它三個拉章的傳承後來一一被中斷，只有迪卻拉章，一枝獨秀延續至今，而且薩迦寺主持也由迪卻拉章主持擔任。
薩迦派在十三世紀受到元朝中央的青睞，從此西藏正式納入中國版圖。此後，薩迦派得到元朝中央在政治和經濟上的有力扶持，才得以在後藏崛起，成為藏傳佛教重要宗派之一。此外，薩迦派的高僧大德，受到元朝中央的冊封和支持，他們在西藏第一次建立「政教合一」的地方政權。薩迦派的勢力也因此而遍及整個藏族地區，元末明初，薩迦派的法王勢力被噶舉派所奪取，其實力逐漸衰微。
