萬曆三年(1575)他在兵部給事中任上時,塞外少數民族上層分子窺視中原,威脅明廷。守邊官員擬以招降納叛、釜底抽薪之法,以削弱其統治力量。蕭彥則力陳異議,認為此舉會損傷民族之間的感情,妨害中央與邊疆的關係。他的意見受到明廷的重視並被採納。他視察陝邊四鎮防務後,上疏奏陳訓兵、儲餉等十事,也受到明廷重視。他在戶部給事中任上時,認真執行“丈量法”,使延、寧二鎮入籍土地增加萬餘頃。按例入籍土地五年後須加賦,蕭彥以地多砂磧,流民初聚為由,奏準朝廷延緩加賦,惠澤地方。明廷曾乘金、珠停市機會,搜括民財。對此,蕭彥又力陳“不當虛外府以實內庫”,但事涉皇家利益而遭拒絕。他對明廷以催科多寡作為考核官員政績的規定,認為是有損民力,導致流亡,提出“寬一分,民受一分之賜”的建議,得部議允。他任貴州巡撫時,及時平定地方兵變,改善中緬之間的關係。
萬曆十六年,時任貴州巡撫的蕭彥巡按雲南,設立羅平儒學。
萬曆十六年四月,永昌姚營士兵索要軍餉,挾持同知漆文昌為人質,從永昌到達省城,沿途劫掠,蕭彥設伏兵於楊林,擊潰叛兵,殺掉叛軍頭目,其餘士兵釋放。