據載：清朝統治者獲報太平軍攻陷全州，“擄馬擄船，水陸並進，凶焰益張”；“又大張偽示，欲直撲長沙”。乃在一天之內連下四道上諭，嚴令賽尚阿“飛飭各路將弁督帶兵勇，或由間道繞越賊前；或跟蹤緊迫，使賊無暇喘息”，並指明“全州與湖南水陸兼通，水路尤關緊要，或設法阻其行舟；或於要害地方密置兵船，暗藏槍炮，截擊尾追，俾匪船不能順流直下，方為萬全”。清軍“厚集兵力”的布防部署是：提督鮑起豹駐屯永州。總兵孫應照防守湘桂交界之黃沙河。和春率領之七千清軍扼守距州城北十五里之太平鋪，“首當賊沖”。提督余萬清奉命趕赴道州堵截。劉長清等部清軍則尾追不捨。江忠源率領的楚勇千餘人原是追兵，尾隨劉長清等部之後，由桂林至全州。他深恐太平軍繼續北進，攻取其家鄉湖南新寧，乃急忙趨前阻擊。正如他自己所說的：“先軍橋頭(即太平橋橋頭，位於獅子嶺附近的橋渡村旁)，堵其西竄新寧之陸路；並釘塞河道，斷其北竄零陵之水路。”他還急請和春速派兵“於河東紮營，以為合力攻剿之計”。然而，和春懾於太平軍之聲勢，不肯“分兵扼截”；只檄調非已統屬的張國梁部前往東岸防堵。張國梁尚未到達阻擊地點，蓑衣渡的戰鬥便已經打響了。
6月5日(陰曆四月十八日)，太平軍的船隊蔽江而下，陸路沿江行進。當船隊通過蓑衣渡口，下駛到水塘灣過險灘時，發現狹窄的河道已被清軍“伐木作堰”所堵塞，船隻因無法前進而密集江面，遭到左岸獅子嶺江忠源伏兵居高臨下的猛烈轟擊。太平天國領導人措手不及，只好把擁擠不堪，亂成一團的船隻橫亘江面，搭成溝通東西兩岸的浮橋，搶占河岸陣地，倉猝還擊。其陸路部隊聞炮聲也急行靠攏救援。據清方記載：十八日，清軍“用劈山炮向河流釘塞處所徹夜轟打”。十九日黎明，太平鋪方面的清軍“分路攻剿”過來，“賊船二百餘只已在蓑衣渡江心泊如營壘，兩岸安設大炮。我兵一進，賊槍炮如雨。和春親督兵勇四路奮攻，該逆亦死力拒敵數時之久。賊匪情形，頗為迫蹙”。儘管太平軍奮勇拒敵，不讓清軍靠近江岸，並殺傷了不少敵人。但經過二晝夜的激戰，仍無法疏通航道前進。在前有阻敵，後有追兵，多面受敵，無法立足的危急情況下，太平天國領導人不得不改變沿江而下永州，直搗長沙的原定計畫。於6月7日(陰曆四月二十日)下令舍舟登右岸，“並將船隻自行焚燒，遺棄輜重米糧器械甚多”，在右岸集合隊伍，翻越半邊山，過扁擔坳，向湖南而進，“欲攻永州”。及至永州，“將薄城，以大水不得渡”，“知城中有備，不敢攻，遂趨道州”。6月12日，清軍提督余萬清“亦棄城不守”，太平軍“乘虛襲道州，踞之”。
蓑衣渡受挫絕不是“太平軍失敗之起點”，對戰爭全局並沒有產生決定性的影響。但也應該承認，它是太平軍在廣西期間遭受挫折最大的一次戰役。其損失可以用三句話進行概括：船隻盡毀，輜重盡失，傷亡慘重。關於太平軍傷亡的具體數目、清方記載：一說“悍賊斃者數千”。一說“斃賊千餘”。一說“(賊)被殺者七、八百人”。上述數字都令人難以置信，誇大邀功也罷，主觀臆測也罷，太平軍在蓑衣渡之戰中蒙受一定傷亡卻是毫無疑義的。當時人記述和評論說：“其時所斃賊屍，蔽江而下，衡湘之人皆見之”。“蓑衣渡之戰，賊屍蔽江，自焚其船，遺其輜重婦女，倉皇東奔、為賊從來未有之敗” 。
綜上所述，太平軍在蓑衣渡受挫的原因，可概括為二點。
第一，戰略目標與戰役指揮脫節。太平軍自永安突圍的戰略任務是：打出廣西去，揮師北上，建基立業、開創“小天堂”。然而，太平天國人領導卻沒有處理好戰略全局與戰役局部的關係。太平軍本應神速行動，力戒拖延，乘虛奔襲湖南長沙。這是發展革命形勢的戰略大轉移，而不應該費時耗力圍攻全州達十一天之久。事實充分表明：太平天國領導人主觀上犯了輕敵的錯誤，自以為可不費吹灰之力攻下全州城。然而卻事與願違，得不償失，為此而付出了極其昂貴的代價。不僅遭受很大傷亡，連南王馮雲山也在全州受傷而犧牲。太平天國過早地失去了一位忠勇堅毅、能顧全大局和協調內部的傑出領導人，確實是無法彌補的極大損失。正是由子攻城傷亡很大和馮雲山不幸犧牲，使太平軍被仇恨蒙住了眼睛，失去了理智，非竭盡全力打下無關輕重的全州城不可。這是農民狹隘的復仇思想的反映。
清方記載直言不諱地供認：“是時，湘水盛漲，順流直下，三日可達長沙。長沙方拆修城垣，工不及半，城中空虛無備。賊若猝來，竟可長驅直入，事不可問矣”。又說：“是時，湘水漲，省防尚無備，方拆治城垣。微忠源堵擊，賊船三、四日即抵省。言者謂蓑衣渡一戰，為保全湖南首功雲”。這些說法雖屬推測之詞，但也說明太平天國領導人久攻全州的失策。
第二，麻痹輕敵造成蓑衣渡之敗。太平軍圍攻全州時。救援的清軍皆膽怯懼戰，在距州城十里外紮營，畏死不前，坐視不救。於是，太平天國領導人產生嚴重的輕敵思想，自以為清軍不堪一擊。太平軍撤離全州北進，放棄自已所慣用的審時度勢，靈活機動，聲東擊西，迂迴包抄等戰術，居然鳴鑼放炮，大搖大擺地坐轎出城，蔽江而下。如果太平軍在進軍蓑農隨途中。能先派出先鋒精兵，掃清前進路上之清軍，或使敵堅壁自守，或驅逐阻擊之敵，清除江面上的障礙。其船隊是可以順利通過的。由於太平天國領導人對自己估計得過高，對上帝保佑信賴得太過，麻痹大意，不明敵情，疏於防範，造成了蓑衣渡受挫。酈純先生指出：“其致敗之由，則在行軍不偵敵情。否則，以江忠源千餘之勇，太平軍自不難派隊先行驅逐，疏通江路，不僅不至挫敗，且可照原計畫直攻長沙。
其時，軍事已歸東王主持，不能不說是楊秀清行軍的一次嚴重疏忽。幸而東（右）岸沒有敵兵，否則局勢將更艱危”。這話是有道理的。
