菲華博物館的構想者,是人類學家、華人研究學家施振民先生(Chinbin See,1932年-1986年)。實際建立者,則是由洪玉華(Teresita Ang-See)共同創辦的非營利組織“菲律賓愛華裔青年聯合會”(Kaisa Para sa Kaunlaran, Inc.)。此會設立的宗旨是在促進菲律賓的華人和當地人能夠產生更深層的交流,進而培養對於菲律賓的國家認同。
本館的土地及建築資金是由安傑洛國王基金會(Angelo King Foundation)所提供。而菲律賓華人社群更挹注額外的資金,使本館更加完善。建於1996年,是由伊娃·帕納摩拉(Eva Penamora)和已故建築師洪拉多·費南德茲(Honrado Fernandez)所設計,並於1999年落成揭牌。