1949年8月,菏澤縣屬新設的平原省菏澤專區。 同年3月原屬菏澤縣的菏澤城關區升為縣級,直屬於冀魯豫行政區, 同年8月冀魯豫行政區撤銷,直屬平原省菏澤專區,為專署駐地,至1953年8月改為平原省菏澤城關鎮,屬平原省菏澤縣。1952年11月菏澤縣隨菏澤專區劃歸河南省。1958年12月河南省菏澤專區撤銷,改屬山東濟寧專區。1959年7月復置菏澤專區,屬於山東省(1967年改稱山東菏澤地區) ,山東菏澤縣仍為專署駐地。
1960年1月撤銷山東省菏澤縣,設立山東省菏澤市(縣級市)。1963年3月撤市復縣。1983年8月撤銷山東菏澤縣,設立山東省菏澤市。
2000年6月23日,撤銷山東菏澤地區和縣級山東菏澤市,設立地級菏澤市,屬於山東省。菏澤市設立牡丹區,以原縣級菏澤市的行政區域為牡丹區的行政區域。