建設歷史
1965年12月，由國家科委和海軍司令部批准，在原中國科學院華東海洋研究所浙江海洋工作站與國家海洋局所屬海洋調查第一大隊合併組建國家海洋局第二海洋研究所，並由杭州市遷駐寧波市。
海洋二所1966年3月，海洋二所正式成立，人員分駐寧波、杭州兩地，研究所執行師級許可權，由東海分局代管。9月，國家海洋局決定，海洋二所劃歸東海分局建制領導。
1968年，中共海軍黨委決定，海洋二所由東海艦隊代管。
1972年11月，中央軍委批准海洋二所定點杭州市。
1973年12月，海洋二所由寧波市遷至杭州市。
1980年，浙江省海洋學會成立，並掛靠海洋二所 。
2017年12月，原國家海洋局和浙江省人民政府在北京舉行合作共建浙江省海洋科學院 。
2018年11月，根據中央編辦檔案，國家海洋局第二海洋研究所正式更名為自然資源部第二海洋研究所 。
科研條件
人員編制
舟山基地據2019年2月研究所官網資料顯示，海洋二所共有專業技術人員400餘人，其中中國科學院院士2人，中國工程院院士3人，浙江省特級專家3人，正高級專業技術人員94人，副高級專業技術人員107人。
海洋二所擁有國家傑出青年基金1人；國家百千萬人才工程3人；“萬人計畫”3人；國家優秀青年基金1人；國家突出貢獻中青年科學家1人；科技部中青年科技創新領軍人才3人；享受國務院政府特殊津貼26人。
海洋二所承擔973項目首席科學家4人次；擁有全國傑出專業技術人才先進集體1個；中國青年科技獎1人；浙江省有突出貢獻中青年專家3人；“錢江計畫”人才1人；浙江省“151”人才工程35人；國家海洋系統（領域）優秀科技青年6人；科研隊伍中有國家重點領域創新團隊1個，國家基金委創新研究群體1個，浙江省重點科技創新團隊1個 。
中國科學院院士：蘇紀蘭、陳大可。
中國工程院院士：金翔龍、潘德爐、李家彪 。
浙江省特級專家：葉銀燦、李家彪、陶春輝、毛志華 。
全國傑出專業技術人才先進集體：海洋衛星遙感技術創新團隊。
科技部重點領域創新團隊：大陸架劃界技術創新團隊。
國家自然科學基金委創新群體：海洋動力環境的監測和預測研究團隊 。
國務院政府特殊津貼專家：蘇紀蘭、金翔龍、石松、余國輝、袁耀初、李粹中、葉銀燦、謝慶道、沈華悌、王康墡、彭阜南、高曼娜、廖先貴、華祖根、眭良仁、沈毅楚、浦永修、張海生、李家芳、黃韋艮、潘德爐、沈家法、鄭連福、孫煜華、黃大吉、李家彪、寧修仁、呂文正、許建平、陶春輝、王桂華、毛志華、韓喜球、陳建芳 。
科研平台
LMEB重點實驗室揭牌據2019年2月研究所官網資料顯示，海洋二所建有自然資源部系統內唯一一個國家重點實驗室和三個自然資源部重點實驗室，與浙江省共建有浙江省海洋科學院。此外，二所還建有檢測中心、海洋標準物質中心、海洋科技信息中心等技術服務機構和技術支撐體系 。
海洋二所建有海底科學實驗室、海洋生態與環境實驗室、海洋工程勘探研究院、國家海島開發與管理研究中心等業務部門，建有中國大洋勘測技術與深海科學研究開發基地、專屬經濟區與大陸架研究中心、印度洋業務化海洋學研究中心等研究與業務中心 。
國家重點實驗室：衛星海洋環境動力學國家重點實驗室。
自然資源部重點實驗室：國家海洋局海底科學重點實驗室、國家海洋局海洋動力過程與衛星海洋學重點實驗室、國家海洋局海洋生態系統與生物地球化學重點實驗室。
硬體設施
國海舟山海洋科技研發基地據2019年2月研究所官網資料顯示，海洋二所購置或研製海洋專業儀器設備總值設備逾5億元，包括深海多波束測深系統、自動升降式海水剖面觀測系統、岩芯掃描分析儀等大型儀器設備30餘台套 。
海洋二所在浙江臨安建有占地80畝，總規模6萬平方米，總投資2億元的分析測試基地 。與舟山市政府聯合組建的“國海舟山海洋科技研發基地”，占地55畝，建築面積4.2萬平方米，占用岸線300米，建設5000噸級碼頭泊位2個 。
海洋二所通過事企聯合建造了一條4500噸級的海洋綜合科考船——向陽紅10號，該船滿足深海海洋科學多學科交叉研究需求，於2014年3月入列國家海洋調查船隊。
由海洋二所配建的“大洋號”大洋綜合資源調查船於2018年11月在廣州下水，該船隸屬於中國大洋協會，是一艘集多學科、多功能、多技術手段為一體的新一代大洋綜合資源調查船，將以二所舟山基地作為母港，由海洋二所運營 。
學術資源
據2019年2月研究所官網資料顯示，自然資源部第二海洋研究所圖書館創建於1959年，館藏文獻7萬餘冊（件），中外文期刊近千種。該館以研究所科研人員為主要服務對象，也為在杭的各大院校及科研單位的讀者提供服務 。
科研成就
科研成果
據2019年2月研究所官網資料顯示，海洋二所先後承擔了973計畫項目、863計畫項目、支撐計畫項目、基礎性研究計畫項目、科技部攻關項目、國家基金（包括重大基金、重點基金、傑出青年基金、優秀青年基金等）、省部級基金項目等多項。承擔了國家大洋專項大洋礦產資源勘查與研究項目、外大陸架調查與研究、近海海洋環境調查與評價專項、全球變化與海氣相互作用專項、海洋公益性行業科研專項、中德南海大陸邊緣地球科學聯合研究等國家專項和國際合作項目 。
國家科技進步獎特等獎：中國載人航天工程。
國家科學技術進步二等獎：中國海大陸架劃界關鍵技術研究及套用、南海及周邊地區遙感綜合監測與決策支持分析、近海複雜水體環境的衛星遙感關鍵技術研究及套用、Argo大洋觀測與資料同化及其對我國短期氣候預測的改進、深海淺地層岩芯取樣鑽機系列及其勘探工藝 。
名單為2000年至2017年。
學術刊物
《海洋學研究》《海洋學研究》（簡稱JMS）是經原國家新聞出版總署批准，由自然資源部主管，由中國海洋學會、自然資源部第二海洋研究所和浙江省海洋學會聯合主辦的海洋科學類綜合性學術期刊，創刊於1983年（前身為《東海海洋》），於2005年第2期起正式更名為《海洋學研究》。
《海洋學研究》為季刊，大16開（A4），每期80頁碼，國內外公開發行。國內統一刊號為：CN33-1330/P，國際連續出版物刊號為：ISSN 1001-909X。由海洋出版社出版，《海洋學研究》編輯部發行組發行。
《海洋學研究》為中文核心期刊；中國科技核心期刊；中國科學引文資料庫來源期刊（CSCD）；《中國學術期刊綜合評價資料庫》來源期刊；《中國科學引文資料庫》來源期刊；《中國學術期刊綜合評價資料庫》來源期刊；被《中國期刊全文資料庫》全文收錄、《中國核心期刊（遴選）資料庫》收錄 。
人才培養
博士後科研工作站揭牌儀式據2019年2月研究所官網資料顯示，海洋二所是國務院學位委員會1981年首批批准的理學碩士學位授予單位，擁有物理海洋學、海洋地質學、海洋遙感、海洋化學、海洋生物、港口海岸及近海工程等20多個學科專業，碩士生導師64人。
海洋二所有物理海洋學、海洋地質學、海洋遙感、海洋化學、海洋生物學等10多個學科專業依託國內外大學、研究所招收博士研究生，在浙江大學、南京大學、同濟大學、中國海洋大學等高校兼任博導27人。
海洋二所擁有單獨招收博士後研究人員的博士後科研工作站，工作站2003年11月成立，2004年開始招收博士後研究人員 。
資歷證書
據2019年2月研究所官網資料顯示，海洋二所持有國家資質認定計量認證證書、ISO9001質量管理體系認證證書、海洋工程勘察設計甲級證書、地質勘查甲級證書和海洋測繪甲級證書等十餘個資質證書。
| 證書名稱 | 證書號 | 資質類別 | 資質等級 | 頒發機構 |
| 資質認定計量認證證書 | 2009001318F | 國家認證認可監督管理委員會 | ||
| 測繪資質證書 | 甲測資字33002020 | 海洋測繪 | 甲級 | 國家測繪局 |
| 測繪資質證書 | 乙測資字33002020 | 地理信息系統工程 | 乙級 | 浙江省測繪與地理信息局 |
| 地質勘察資質證書 | 01200811100289 | 海洋地質調查 | 甲級 | 國土資源部 |
| ISO9001質量管理體系認證證書 | 1311Q10351R0M | 海洋工程勘察、設計、環評和技術諮詢服務 | 浙江公信認證 | |
| 海域使用論證資質證書 | 國海論字第207號 | 承擔海域使用論證項目的業務範圍不受限制 | 甲級 | 國家海洋局 |
| 建設項目環境影響評價資質證書 | 國環評證乙字第2003號 | 環境影響報告 | 乙級 | 國家環保總局 |
| 浙江省建設工程檢測機構資質證書 | 浙建檢字（10）01132-D | 建設工程地基基礎檢測 | 浙江省建設廳 | |
| 海洋功能區劃編制技術單位證書 | 第0823號 | 海洋功能區劃 | 國家海洋功能區劃專家委員會 | |
| ISO9001質量管理體系認證證書（工程院） | 1311Q10352R2S | 海洋工程勘察、設計、環評和技術諮詢服務 | 浙江公信認證 | |
| 工程設計資質證書（工程院） | A133014157 | 海洋行業 | 專業甲級 | 國家住房與城鄉建設部 |
| 工程勘察證書（工程院） | 120603-kj | 海洋工程勘察綜合類 | 甲級 | 國家住房與城鄉建設部 |
| 海域使用論證資質證書（工程院） | 國海論字第807號 | 承擔省級（含）以下海域使用論證項目 | 乙級 | 國家海洋局 |
| 工程諮詢單位資格證書（工程院） | 工咨丙11220100014 | 港口河海工程 | 丙級 | 國家發改委 |
文化傳統
所徽自然資源部第二海洋研究所所徽由內外兩圓構成。
外圓由研究所中文名和英文名構成。
內圓由地球、波浪、SIO構成。象徵著研究所推動國際合作和維護國家海洋權益的發展方向，象徵著研究所從事海洋研究的基本任務。SIO為研究所的英文簡稱。
現任領導
所長：李家彪
副所長：鄭玉龍、黃大吉
紀委書記：沈偉林
