歷史沿革
國家海洋局第三海洋研究所1958年8月，福建省委、福建省人民委員會決定設立福建海洋研究所，由廈門大學會同福建省水產局負責籌備。
1959年8月，福建省科學委員會復函廈門大學黨委，同意由福建省科學分院和廈門大學合辦。11月，福建海洋研究所海洋生物研究室舉行成立大會，標誌著福建海洋研究所正式組建成立。
1961年11月，華東局科委決定，福建海洋研究所受華東分院和福建省科委雙重領導。
1962年5月，中國科學院批准中科院福建分院海洋研究所更名為中科院華東海洋研究所。
1965年10月，國家科委批覆，同意將中科院華東海洋研究所移交國家海洋局領導管理。12月，中科院華東分院和國家海洋完成交接，並由國家海洋局決定更名為國家海洋局第三海洋研究所。
2015年1月，研究所海洋監測技術中心通過實驗室計量認證擴項評審。 7月，研究所“國家核應急海洋輻射監測技術支持中心”成立。 12月，研究所北海基地揭牌。
2016年4月，研究所與中山大學簽署戰略合作框架協定。
2017年12月，研究所與第二海洋研究所共同簽署戰略合作框架協定書。
2018年7月，研究所與廈門大學簽署戰略合作框架協定。 9月，中央編辦批覆，同意將國家海洋局第三海洋研究所劃入自然資源部，並命名為自然資源部第三海洋研究所。
科研條件
人員編制
根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海洋研究所有編制505人。截至2018年12月，在職職工444人，其中有中國工程院院士1人，享受政府特殊津貼專家4人，入選國家“百千萬人才工程”2人，入選福建省“百千萬人才工程”4人，廈門市拔尖人才4人，具有副高級職稱以上科技人員160餘人，具有博士學位人員160人。
中國工程院院士（1人）：徐洵（專職）
國務院政府特殊津貼專家（4人）：蔡鋒 、徐洵 、楊豐 、餘興光
國家“百千萬人才工程”人選（2人）：邵宗澤 、楊豐
科研部門
硬體設施根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海 洋研究所擁有10個研究部門（含自然資源部屬2個重點實驗室和1個工程中心），以及面向服務經濟社會建設為主的廈門海洋工程勘察設計研究院。
自然資源部重點實驗室（2個）：國家海洋局海洋生物遺傳資源重點實驗室、國家海洋局海洋-大氣化學與全球變化重點實驗室
自然資源部工程中心（1個）：國家海洋局海洋生物資源綜合利用工程技術研究中心
所屬研究部門（7個）：船舶管理中心、海洋放射性技術與環境安全評估實驗室、海洋環境管理與發展戰略研究中心、海洋生物與生態實驗室、海洋化學與環境監測技術實驗室、海洋動力學實驗室、海洋與海岸地質實驗室、海洋聲學與遙感實驗室
設施資源
•圖書資源
根據2019年3月圖書館官網顯示，國家海洋信息中心海洋圖書館（文獻館）館藏資源包括中文圖書一萬三千餘冊，西文圖書一萬四千餘冊，日文圖書兩千四百多冊，俄文圖書四千八百多冊，西文特種文獻兩萬三千餘冊，標準近五百份，版本一千餘冊，期刊合訂本數量超過四萬五千冊，一千八百餘件館藏圖件。
•設備設施
根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海洋研究所保藏有十萬多份生物標本，擁有國家級深海微生物資源庫以及4500噸級海洋綜合科學考察船“向陽紅03”船。 所屬科學儀器共享平台有147台套儀器，總價值接近1.2億人民幣。
合作交流
根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海洋研究所先後與美、德、法、日等30多個國家以及中國台灣、香港等地區的有關機構建立了交流與合作關係。
建設成就
科研成果
根據2019年3月學信網顯示，自然資源部第三海洋研究所先後承擔完成包括國家“863”、“973”、自然科學基金、重大國家專項在內的縱向科研項目700多項，已發表論文1800多篇，其中SCI、EI收錄近400篇，出版各類專著、大型調查報告百餘部，獲得國家自然科學獎1項，國家科技進步獎2項，省部級科技進步三等獎以上70多項，申請並獲得授權專利100多項，部分成果達國際先進水平。
根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海洋研究所博士後研究人員承擔或參與國家級、省部級項目29項；獲得國家自然基金項目5項、省級基金 1項，博士後基金5項，博士後基金面上特別資助1項；在SCI收錄刊物上發表文章20餘篇；申請發明專利8項。
| 獎項 | 等級 | 獲獎年份 | 課題名稱 | |
| 福建省科技進步獎 | 三等獎 | 2005 | 海水養殖病害病原檢測及防治的開發研究—對蝦和大黃魚等於類主要病原檢測及防治的開發研究 | |
| 2006 | 無公害健康海水養殖技術與產業化示範 | |||
| 廈門市科技進步獎 | 二等獎 | 2007 | 廈門西海域整治和開發相關的水動力環境數值模擬 | |
| 三等獎 | 2003 | 高純河豚毒素（TTX）開發中試研究 | ||
| 2004 | 大黃魚性早熟防治技術研究 | |||
| 2005 | 葡糖胺硫酸鹽提取與精製工藝研究 | |||
| 海洋創新成果獎 | 一等獎 | 2006 | 對蝦抗病相關基因的功能研究 | |
| 2008 | 深海嗜熱細菌及噬菌體的分子生物學研究 | |||
| 2010 | 大黃魚免疫的分子基礎及重要免疫基因的功能研究 | |||
| 2010 | 華南海灘動力地貌研究與套用 | |||
| 2011 | 氣候變化對中國台灣海峽及其鄰近海域海洋生態系統的作用（908） | |||
| 海洋創新成果獎 | 二等獎 | 2001 | 特定海域和海岸多平台多感測器遙感綜合套用研究 | |
| 2002 | 海洋生物質量標準制訂 | |||
| 2002 | 重組魚促長素酵母添加劑 | |||
| 2003 | 高純河豚毒素（TTX）開發中試研究 | |||
| 2003 | 海洋藥源生物資源及基因庫的構建 | |||
| 2004 | 對蝦病毒PCR快速檢測試劑盒 | |||
| 2005 | 海水養殖病害病原檢測及防治的開發研究 | |||
| 2005 | 福建惠安核電廠附近海域海洋生物及其生態環境調查和觀測 | |||
| 2006 | 海洋微生物幾丁質酶的研究與開發 | |||
| 2007 | 對蝦白斑綜合症病毒結構蛋白研究 | |||
| 2008 | 福建羅源灣環境容量與海洋生態保護規劃研究 | |||
| 2008 | 海洋生物藥源“高純葡糖胺硫酸鹽”規模產業工程化研究 | |||
| 2008 | 核電站海洋環境影響評價技術研究與實踐—以寧德核電圍填海工程環境影響評價為例 | |||
| 2009 | 高頻地波雷達系統海上對比觀測分析方法研究——以福建示範區為例 | |||
| 2009 | 海洋環境中POPs_重金屬複合污染評價指標的初步建立研究 | |||
| 2009 | 深海與極地中PAHs降解菌及降解基因多樣性研究 | |||
| 2009 | 船載海——氣CO2觀測系統的升級改造研究 | |||
| 2010 | 南極區域保護與管理研究 | |||
| 2010 | 中國長江以南近岸海域甲藻孢囊分類學及生態學研究 | |||
| 2011 | 中國海及鄰近西北太平洋海洋生物物種編目和分布圖集編制 | |||
| 2011 | 海洋生物毒素標準技術與標準樣品研究開發 | |||
| 2011 | 海洋生物毒素解毒劑藥物的設計合成及活性篩選 | |||
| 海洋科學技術獎 | 二等獎 | 2012 | 基於海岸帶綜合管理的海洋生物多樣性保護研究與示範 | |
| 中國海洋生物種類名錄和圖譜 | ||||
| 核電海域放射性檢測新技術與輻射防護評價 | ||||
| 國家海洋局優秀圖書 | 2004 | 海洋生物基因工程實驗指南 | ||
| 優秀海洋科技圖書獎 | 2006 | 廈門灣物種多樣性 | ||
| 優秀海洋科技圖書獎 | 2012 | 《中國海洋物種和圖集》 | ||
| 海洋工程科學技術獎 | 一等獎 | 2012 | 海洋微生物資源採集與國家海洋微生物資源共享平台建設 | |
| 二等獎 | 2011 | 北冰洋海洋碳循環觀測工程技術及其套用研究 | ||
| 2012 | 海洋生物毒素“替曲朵辛”原料藥產業化關鍵工程技術研發與套用 | |||
| 曾呈奎海洋科技獎 | 青年科技獎 | 2012 | ||
| 參考資料來源 | ||||
學術期刊
•《套用海洋學學報》
《套用海洋學學報》是自然資源部第三海洋研究所、中國海洋學會、福建省海洋學會主辦，中國生態學學會海洋生態專業委員會協辦，國家海洋局主管，中國國內外公開發行的全國性綜合性海洋科學學報。《套用海洋學學報》是中國科技期刊方陣雙效期刊、中國科技核心期刊、中國自然科學核心期刊，也是中國大陸、台灣地區以及美國、英國、日本和聯合國等科技期刊資料庫的收錄期刊。
榮譽表彰
2014年4月，自然資源部第三海洋研究所獲海洋工程諮詢行業“十佳單位”稱號。
2015年2月，自然資源部第三海洋研究所被授予“全國海洋科普教育基地”稱號。
2017年4月，自然資源部第三海洋研究所國家海洋局海洋-大氣化學與全球變化重點實驗室獲得人力資源社會保障部、國家海洋局聯合授予中國極地考察先進集體稱號。
人才培養
學科建設
根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海洋研究所建有博士後科研工作站，擁有1個一級學科碩士學位授權點和6個二級學科碩士學位授權點，並與清華大學、中國科技大學等高校聯合招收博士研究生。
學術學位授權一級學科碩士點（1個）：海洋科學
學術學位授權二級學科碩士點（6個）：物理海洋學、海洋化學、海洋生物學、海洋地質、微生物學、環境科學
博士後科研工作站（1個）：自然資源部第三海洋研究所博士後科研工作站
教學建設
•師資概況&學生培養
根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海洋研究所在讀碩、博士研究生160多人 ；有碩士研究生導師35人。
資質證書
根據2019年3月研究所官網顯示，自然資源部第三海洋研究所持有國家級《檢驗檢測機構資質認定證書》《ISO9001：2015質量管理體系認證證書》、甲級《建設項目環境影響評價資格證書》、甲級《工程勘察證書（海洋工程勘察綜合類）》、甲級《工程設計資質證書（海洋行業-沿岸工程）》、甲級《測繪資質證書（海洋測繪）》、乙級《工程諮詢單位資信認定-生態環境與建設工程及水運（港口河海工程）》和乙級《地質勘察資質證書（海洋地質調查）》等各類技術諮詢服務證書。
文化傳統
形象標識
自然資源部第三海洋研究所標識為同心圓設計，外部為研究所英文環繞表示，內部中心為變形為科考船形狀的“海洋三所”文字表示，表示研究所的職責所在，下方為研究所成立日期。
自然資源部第三海洋研究所精神文化
•宗旨
促進海洋科技進步，為海洋管理、公益服務、海洋經濟發展及海洋安全提供科技支撐。
機構領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 所長 | 蔡鋒 |
| 副所長、黨委書記 | 吳日升 |
| 副所長 | 陳玉榮、張海峰、陳彬 |
| 紀委書記 | 陳建寧 |
| 參考資料來源 | |
歷任所長
| 任期 | 時間 | 姓名 |
| 第一任 | 1960.05-1978.05 | 張玉麟 |
| 第二人 | 1978.06-1981.12 | 明晨 |
| 第三任 | 1984.07-1985.02 | 陳炳鑫 |
| 第四任 | 1985.02-1986.04 | 徐滄溶 |
| 第五任 | 1993.05-1995.07 | 於效群 |
| 第六任 | 1986.11-1993.05 | 張金標 |
| 第七任 | 1995.12-1999.01 | 曾錫鴻 |
| 第八任 | 1999.01-2001.11 | 張海生 |
| 第九任 | 2001.11-2007.03 | 鄭連福 |
| 第十任 | 2007.03-2016.12 | 餘興光 |
| 第十一任 | 2016.12-2017.08主持工作 | 吳日升 |
| 參考資料來源 | ||
