婚姻生活
1502年腓力伴同其妻接受了卡斯蒂利亞議會的宣誓效忠,隨即返回了自己的領地佛蘭德。由於腓力的不忠和胡安娜的強烈嫉妒,他們的婚姻生活非常失敗。這可能部分導致了胡安娜最終罹患精神病(因而她被稱做“瘋女胡安娜”)。不久腓力與精神失常的胡安娜分居。
權利之爭
1504年伊莎貝拉一世去世後,斐迪南二世被宣布為已經明顯瘋癲的胡安娜的攝政
,他隨即準備兼併卡斯蒂利亞。然而卡斯蒂利亞貴族畏懼斐迪南的威力,拒絕了這個安排,並把腓力召回西班牙宣布他為卡斯蒂利亞國王。腓力與胡安娜於1506年4月28日帶著一大群德國僱傭兵在西班牙登入。斐迪南二世被這種行為所震驚,他在與腓力進行了兩次徒勞無益的會談之後宣稱他的女兒已被女婿綁架並監禁,他將使用一切手段來捍衛她的利益。正當內戰一觸即發時,腓力突然於1506年9月25日在布爾戈斯死於傷寒。這就確保了斐迪南二世對卡斯蒂利亞的權力,因而也保證了西班牙的統一。在腓力的兒子卡洛斯一世統治時代,西班牙是歐洲最強大的天主教國家。卡洛斯和腓力的另一個兒子斐迪南先後成為神聖羅馬帝國皇帝。