形態結構
肽單位胺基酸殘基是通過肽鍵連線形成線性的多肽鏈的，仔細觀察發現一個多肽鏈的骨架是由通過肽鍵連線的重複單位N-C-C組成的，醯胺氫和羰基氧結合在骨架上，而不同胺基酸殘基的側鏈連線在α-碳上。
參與肽鍵形成的2個原子以及另外4個取代成員：羰基氧原子、醯胺氫原子、以及2個相鄰的α-碳原子構成了一個肽單位（peptide group）（如上圖） 。
肽單位的二面角
α-碳原子和亞氨基的N及羰基C之間都是單鍵，均可自由旋轉。N-Cα鍵的轉動角度用Φ表示，Cα-C鍵的轉動角度用ψ表示，他們被稱為肽單位的二面角，理論上Φ、ψ可以取－180°至+180°之間的任一個角度。
肽單位的二面角二面角大小的判斷：
將兩個相鄰的肽單位從N(氨基)末端到C(羧基)末端，從第一個α-碳原子開始將肽鏈上的原子編為Cα1-C1-N1-Cα2-C2-N2 .
當Cα2-C2鍵與C1-N1鍵呈順式時Φ=0°，反式時Φ=±180°；沿N1-Cα2鍵軸從Cα2端觀察，鍵以順時針旋轉Φ增大，逆時針Φ減小.
當N1-Cα2鍵與C2-N2鍵呈反式時ψ=180°當N1-Cα2鍵與C2-N2鍵呈順式時ψ=0°，反式時ψ=±180°；沿Cα2-C2鍵軸從Cα2端觀察，鍵以順時針旋轉ψ增大，逆時針ψ減小.
L-Ala(丙氨酸)的Ramachandran圖生物物理學家G.N.Ramachandran等人構建了一個空間填充的肽的模型，並通過計算來確定多肽鏈中Φ和ψ立體上允許的值。用Φ對ψ作圖，得到一個二維的圖，稱之Ramachandran構象圖
分類
一般肽單位
肽單位肽鍵的部分雙鍵特性可以充分地防止C-N鍵的旋轉，其結果造成肽單位實際上是個平面。但蛋白質中的每一個N-C鍵和每一個C-N鍵都可以自由旋轉。
儘管繞肽鍵旋轉存在很大的障礙，但肽單位可以選擇兩種可能構象中的一種：反式（trans）構象，或順式（cis）構象。
脯氨酸的肽單位
由於連線在兩個α-碳上的側鏈基團之間的立體干擾，不利於順式構象的形成，對伸展的反式構象的形成有利，因此蛋白質中幾乎所有的肽單位都是反式構象。但也有例外，一般都出現在脯氨酸的醯胺氮參與的肽鍵，只是順式構象引起的立體干擾比反式構象多些。通過X-射線晶體分析發現蛋白質中大約有6%的脯氨酸殘基處於順式構象．
肽單位一個蛋白質的構象取決於肽單位繞N-C鍵和C-N鍵的旋轉，旋轉本身受到肽鏈的主鏈和相鄰殘基的側鏈原子之間的立體干擾的限制(如右圖)。
