背景
南北戰爭期間，肯塔基州居民分裂成兩大陣營。該州與包括匹茲堡、辛辛那提在內的多個俄亥俄河沿線城市有密切經濟合作，同時又與南部在文化、社會及經濟領域有許多共同點。肯塔基州歷史上一直是聯邦的支持者，這其中又以該州東部最為顯著。由於經濟上的密切聯繫，戰爭爆發對肯塔基州有百害而無一利。此外，許多奴隸主認為，要保留奴隸制，最好還是留在聯邦。
肯塔基州的1860年總統大選投票結果表明，該州的民意走勢非常複雜。約翰·貝爾（John Bell）獲得的普選票支持最多，但也只有45%，約翰·C·布雷肯里奇以36%位居第二，史蒂芬·道格拉斯（Stephen Douglas）得票18%，亞伯拉罕·林肯還不到1%。歷史學家阿蘭·內文斯（Allan Nevins）認為，這一選舉結果表明肯塔基州公民強烈反對分裂國家，但也反對以高壓手段對付分裂分子。貝爾和道格拉斯一共獲得了超過60%的選票支持，這表明該州大部分公民抱持相對溫和的北方支持者立場，反對對立兩方極端分子的魯莽行徑。
約翰·C·布雷肯里奇在1860年總統大選中代表的是州權至上陣營
大部分肯塔基州公民相信，肯塔基州應該作為南北雙方的調解州。1860年12月9日，州長比利亞·麥高芬（Beriah Magoffin）給其他多位蓄奴州州長去信，建議大家與北方達成協定，嚴格執行《逃奴法》、以北緯37度作為蓄奴州和自由州的分界線、確保密西西比河可以自由通商，並且南方對涉及奴隸制的立法擁有否決權。麥高芬提議蓄奴州派代表先開一場會，其後再由所有的州一起參加另一場會議，確保雙方達成協定。但由於事態步伐的不斷升級，這兩次會議都沒有召開。
麥高芬召集肯塔基州議會於1860年12月27日進入特別議程，要求議會授權召開會議，決定肯塔基州內戰來臨之際的立場。《路易斯維爾信使晨報》（ Louisville Morning Courier）於1861年1月25日發文，強調議會中分裂勢力所面臨的問題：“（我們）已經浪費了太多時間，歷史性的時刻一去無返。無論是對我們還是對肯塔基州來說，要么馬上採取行動，要么永遠保持沉默”。另一方面，傾向支持北方的居民又不願意將命運交給這么一場會議來安排，因為與會者一時頭腦發熱之下，可能會通過分裂國家的極端舉措。最終，由於許多支持州權至上的議員反對立即脫離聯邦並因此反對召開會議，支持北方的居民立場占了上風。不過，議會還是派出6位代表前去參加華盛頓哥倫比亞特區於2月4日召開的和平會議，並請求國會召開全國大會，為這場分裂危機商討可能的解決方案，肯塔基州政壇老將約翰·J·克里滕登提出的克里滕登妥協就是其中一項方案。
4月12日，南方邦聯軍隊炮轟薩姆特堡，內戰正式爆發。林肯總統預計軍隊需要增員7.5萬人來應對戰爭，他給州長麥高芬發去電報，請他提供4個團。麥高芬對南方持同情態度，他的回電中這樣寫道：“致華盛頓哥倫比亞特區的林肯總統，我不會派出1個人或拿出1美元，用於征服我南方姐妹州的邪惡目的。B·麥高芬”。5月7日，肯塔基州議會兩院都通過中立聲明，5月20日，麥高芬正式宣布，肯塔基州在內戰中保持中立。
6月20日，肯塔基州舉行國會特別選舉，為林肯總統召集的國會特別議程選派聯邦眾議員。該州一共有10個議席，支持北方的候選人贏得了9個，南方邦聯的支持者只贏得了傑克遜購地區域，當地經濟通過坎伯蘭河和田納西河與田納西州保持著密切聯繫。許多支持南方的選民因為覺得獲勝無望而杯葛選舉，根本就沒有投票，全州總計12.5萬票中，支持北方的候選人得到了近9萬票。到了8月5日舉行的州議員選舉中，南方的支持者又遭受了進一步打擊，州眾議院的100個議席中，北方的支持者占據了76席，同情南方的議員只有24名，州參議院的對比同樣懸殊，支持北方的占到27席，支持南方的只有11席。這樣，州議會就形成了足以推翻州長否決權的絕對多數。從那以後，州長麥高芬為保障南方利益動用的否決權基本上都被州議會推翻。
對於這場選舉，歷史學家威爾遜·波特·肖特里奇（Wilson Porter Shortridge）這樣分析：
“這些選舉表明，大部分肯塔基州居民反對分裂，但這並不意味著他們像北方州那樣普遍贊同林肯政府的戰爭政策。或者對於那個時期最準確的解釋應該是肯塔基州人民渴望和平，他們覺得讓支持北方的候選人上任是最有希望取得和平的途徑。”
由於肯塔基州已經不可能脫離聯邦，支持邦聯的勢力於是成為中立最堅定的支持者。在北方的支持者看來，這種中立無異於分裂議程的先聲。此外，北方的支持者還在竭力尋求手段，讓大部分立場溫和、中立的民眾向“華盛頓政府明確且毫無保留的立場靠攏”。雙邊的矛盾愈演愈烈，並在9月3日達到臨界點，美利堅聯盟國陸軍這天從田納西州進軍肯塔基州，侵犯了肯塔基州的中立，先占領了希克曼，又於9月4日占領哥倫布。北軍於是在兩天后占領帕迪尤卡還以顏色。
9月11日，州議會通過決議，要求麥高芬命令南軍撤出肯塔基州，但卻沒有要求州長對北軍發出同樣命令。麥高芬否決了決議，但州議會又推翻了他的否認，麥高芬於是發出了州長令。一周后，肯塔基州議會正式請求北軍介入，並要求州長下令州民兵加入聯邦軍隊。麥高芬再次動用否決權，州議會也再次推翻否決，州長只能從命。
組建
南方邦聯的支持者計畫在9月21日召開和平會議，由約翰·C·布雷肯里奇擔任主持。北方聯邦的支持者擔心會議可能導致實際性的軍事對抗，因此派譴迪克·羅賓遜營的駐軍前去強制解散會議並逮捕布雷肯里奇。布雷肯里奇和其他多位支持脫離聯邦的政治領袖因此逃離肯塔基州。這些政治家之後會成為組建肯塔基州影子政府的政治團體中的核心人物。布雷肯里奇在10月8日《對肯塔基州人民的講話》中宣稱：“美國已不復存在。聯邦已土崩瓦解。”
1861年10月29日，來自34個縣的63名代表齊聚拉塞爾維爾，商討肯塔基州邦聯政府的組建事宜。雖然在之前的選舉中接連失利，但不知何故，這些代表仍然認為州首府法蘭克福的親聯邦政府沒有代表肯塔基州大部分公民的意願。來自區格縣的亨利·伯內特獲選為會議主席。斯科特縣農場主喬治·W·詹森提出了多項關鍵決議，並且為大會起草最終報告的委員會也是由他主持。報告呼籲召開主權會議，斷絕同聯邦政府間的關係。主權會議由十人委員會安排，布雷肯里奇和詹森都是該委員會委員。
位於拉塞爾維爾的威廉·福斯特大宅 11月18日，來自68個縣的116名代表在拉塞爾維爾的威廉·福斯特大宅聚首，伯內特再度擔任主持。為了與會代表的安危著想，他首先提議會議延期到1862年1月8日。但在詹森的影響下，大部分代表決定會議繼續舉行。到了會議進行到第三天時，肯塔基州的軍事形勢已經非常嚴峻，整個會議不得不轉移到貝塞爾女子學院的校園塔樓內繼續，拉塞爾維爾的這所院校如今已經廢棄。
會議開始後很快就通過脫離聯邦的決議。接下來，由於無法在會議期間制訂完整的憲法和法律體系，與會代表經投票決定，“只要與這場大會的意旨、這一政府的建立不相衝突，並且也不會影響到（新政府）州長和議會制訂的法律，肯塔基州憲法和法律就可以作為本州的法律”。與會代表提議，臨時政府的立法會由10名議員（肯塔基州每個國會選區選派1人）、1位有權任命法官和其他官員的州長，以及財務部長和審計師各1人。代表們選擇當時由南軍將領阿爾伯特·西德尼·約翰斯頓（Albert Sidney Johnston）實際控制的鮑靈格林作為首府，但只要議會或州長覺得適當，也可另覓新址。大會上還設計了新的州印，外圍有花環、肯塔基州名“Kentucky”以及拉丁語“voco populi”（意為應人民的呼聲），中央部分是個穿有鎖子甲的手，手指扣住一顆五角星，周圍還有12顆五角星環繞。
與會代表一致推舉詹森擔任州長。霍雷肖·辛姆拉爾（Horatio F. Simrall）當選副州長，但很快就因逃避聯邦政府抓捕而逃到密西西比州。本次大會和之前拉塞爾維爾會議的書記羅伯特·麥基（Robert McKee）當選州務卿。西奧多·羅格朗·伯內特成為財務部長，但只就任到12月17日就辭職前往邦聯國會任職，財務部長職務由來自沃倫縣的約翰·昆西·伯納姆（John Quincy Burnham）繼任。前聯邦眾議員理察·霍伊斯起初是邦聯政府的審計師人選，但霍伊斯選擇繼續在漢弗萊·馬歇爾（Humphrey Marshall）將軍手下服役，沒有接受這份公職。最終大會選擇的是同樣來自沃倫縣的約西亞·皮爾斯伯里（Josiah Pillsbury）。立法會則選派威利斯·本森·梅琴（Willis Benson Machen）擔任主席。
11月21日，即大會結束次日，詹森給邦聯總統傑佛遜·戴維斯寫信，請求南方邦聯接受肯塔基州加入。大會委派伯內特、來自費耶特縣的威廉·普雷斯頓（William Preston），以及來自波旁縣的威廉·西姆斯（William E. Simms）擔任臨時政府特派員，前往維吉尼亞州里奇蒙，確保邦聯接受肯塔基州加入。生於肯塔基州，但當時在密西西比州生活的盧克·P·布萊克本醫生獲邀與幾位特派員同行，但大會代表沒有解釋這一安排的原因。雖然肯塔基州這時位於法蘭克福的民選政府反對脫離聯邦，並且戴維斯也對該州繞過民選州議會組建邦聯政府的合法性存在疑慮，但他還是覺得詹森的提議有可取之處，於11月25日推薦邦聯接受肯塔基州加入。1861年12月10日，邦聯國會正式接納肯塔基州成為其一員。
運作
1861年11月26日，詹森向肯塔基州公民發表演說，指責廢奴主義者導致美國四分五裂。他堅稱聯邦和邦聯勢均力敵，戰爭唯一的出路只能是在兩個主權國家間制訂自由貿易協定。他還進一步宣稱，只要肯塔基州議會願意與州長麥高芬合作，自己也願意辭去臨時州長一職。麥高芬則譴責拉塞爾維爾的會議和新組建的臨時政府，因為這違背了肯塔基州大部分公民的意願。
首任肯塔基州邦聯州長喬治·W·詹森 1861年冬，詹森試圖確立這個羽翼未豐政府的合法性，但臨時政府的管轄範圍一直都沒有超出南軍控制的地區範圍。邦聯國會要求詹森徵召4.6萬的部隊，但他無法辦到。臨時政府在徵稅和強迫公民上繳武器方面也收效甚微。1862年1月3日，詹森向邦聯國會請求撥款300萬美元（相當於2016年的7100萬美元）作為臨時政府的運作開銷。邦聯國會最終只批准了200萬美元，這些開銷還需要戰爭部長猶大·菲利普·班傑明（Judah Philip Benjamin）和總統戴維斯的審批。臨時政府的大部分運作開銷可能是由肯塔基州聯邦眾議員伊萊·梅特卡夫·布魯斯（Eli Metcalfe Bruce）捐獻，他在內戰期間通過各種渠道發了大財。
1861年12月14日，臨時政府立法會召開會議，為邦聯一院臨時議會選派議員。1862年2月17日，臨時議會由永久性的兩院制議會取代，所以之前當選的議員任期只有兩個月。肯塔基州可以向邦聯國會派出兩名參議員和12名眾議員。由於往年沿用的選舉日已過，詹森和立法會將肯塔基邦聯的選舉日定在1月22日。 選舉日當天，選民可以在任何一個縣投票，並且投票針對的職務也不受限制。經過一場軍人選票遠超平民的選舉，一共只有4名臨時議員當選邦聯眾議員；亨利·伯內特則成為唯一一位肯塔基州邦聯參議員。
臨時政府還在1861年冬通過法案，將韋恩縣更名佐利科夫縣，來紀念在密爾斯普林斯之役中戰死的費利克斯·佐利科夫（Felix Zollicoffer）準將。臨時政府也在南軍控制區域指派了許多地方官員，例如多名太平紳士就是在此期間任命。邦聯政府解散後，這些太平紳士主持婚禮的合法性受到質疑，但最終還是得以維持。
撤出肯塔基州，詹森逝世
隨著尤利西斯·辛普森·格蘭特贏得亨利堡之戰的勝利，約翰斯頓被迫於1862年2月7日從鮑靈格林撤回田納西州。一星期後，州長詹森和臨時政府也離開了肯塔基州。3月12日，《紐奧良花絮報》（ New Orleans Picayune）報導稱：“肯塔基州首府如今位於一頂西布利帳篷內。”
時年50歲的詹森手臂有殘疾，雖然他的正式官職較高，但卻自願在希洛戰役中聽從約翰·C·布雷肯里奇將軍和羅伯特·P·特拉伯（Robert P. Trabue）上校指揮。4月7日，詹森的大腿和腹部受到重傷，並且在戰場上一直躺到第二天才由熟識的北軍將領亞歷山大·麥克道爾·麥庫克（Alexander McDowell McCook）發現（兩人都是共濟會成員）。詹森在北軍醫療船“漢尼拔號”（Hannibal）上去世，肯塔基州臨時政府變得群龍無首。
理察·霍伊斯繼任州長
第二任肯塔基州邦聯州長理察·霍伊斯 詹森離開鮑靈格林前曾邀請理察·霍伊斯到該市協助政府管理，但後者因感染傷寒而無法按時抵達。詹森去世後，臨時政府選舉仍在養病的霍伊斯擔任州長。身體康復後，霍伊斯在密西西比州奧爾康縣縣城科林斯（Corinth）與臨時政府會合，再在5月31日宣誓就職。
1862年夏，田納西軍中開始傳言布拉格和埃德蒙·柯比·史密斯（Edmund Kirby Smith）兩位將軍計畫入侵肯塔基州。立法會經投票表決支持入侵計畫，霍伊斯於8月27日被派往裡士滿向總統戴維斯推薦該計畫。戴維斯對此不置可否，但布拉格和史密斯仍然決定進軍。
8月30日，史密斯在里奇蒙之戰中從容面對經驗不足的北軍，取得了內戰期間南軍最輝煌的其中一場勝利。布拉格還於9月13日在曼福德維爾之戰中取得決定性勝利，但這場戰事也延誤了他的進軍，導致州首府路易維爾於9月25日被唐·卡洛斯·比爾將軍占領。失去路易維爾後，布拉格將手下兵力分散到肯塔基中部城市巴茲敦、謝爾比維爾和丹維爾進行防守，靜待事態發展。在歷史學家肯尼斯·W·諾埃（Kenneth W. Noe）看來，這一戰略“驚人地不合邏輯”。
與此同時，肯塔基州邦聯政府的領導人還留在查塔努加等待州長霍伊斯歸來，一直到9月18日才動身離開，於10月2日同布拉格和史密斯在列剋星敦會合。布拉格對肯塔基州志願加入南軍服役的士兵人數深感失望，許多為武裝應徵軍人而運抵肯塔基州境內的武器仍然閒置。為了通過強制執行美利堅聯盟國徵兵法來提高徵兵效率，布拉格決定把臨時政府安插到剛剛攻下的州首府法蘭克福。1862年10月4日，霍伊斯經邦聯立法會授權就任州長。但就在就職典禮期間，南軍因放鬆了防備而遭到唐·卡洛斯·比爾將軍帶領的北軍伏擊，被迫撤離肯塔基州。
衰落和解散
臨時政府在佩里維爾戰役後撤離肯塔基州，之後再也沒能回歸。離開故土的立法會議員散居各地，或自謀生路、或依靠親屬資助生活，等待霍伊斯召集他們進入議程。有少量記錄顯示，霍伊斯曾在1862年12月30日召集議員、審計和財務部長於1863年1月15日到田納西州麥克明縣的阿森斯（Athens）開會。霍伊斯曾試圖說服戴維斯總統解除他昔日上級漢弗萊·馬歇爾將軍的職位，但沒有成功。3月4日，霍伊斯在給戴維斯的信中稱，“我們的事業正穩步成長”，並保證再度進軍肯塔基州將會獲得比上次更好的戰果。
臨時政府仍舊身處財政困境之中。霍伊斯曾不無難堪地承認，無論是他還是別的任何人似乎都不知道，肯塔基州在南軍占領期間曾有約4.5萬美元資金從哥倫布送到了孟菲斯。1864年，戴維斯決定不允許霍伊斯動用1861年8月用於幫助肯塔基州保持中立的100萬美元秘密撥款，這對臨時政府來說更是雪上加霜。戴維斯對此表示，肯塔基州已經加入邦聯，所以不可能再保持中立。
內戰後期，肯塔基州臨時政府總體而言已名存實亡。1864年夏，田納西第9騎兵隊的R·A·阿爾斯通（R. A. Alston）上校請求州長霍伊斯協助調查約翰·亨特·摩根（John Hunt Morgan）將軍擅自進軍肯塔基州期間所涉嫌的犯罪行為。但由於摩根在8月10日遭到停職，之後又於9月4日被北軍擊斃，霍伊斯始終沒有應阿爾斯通的請求採取行動。
肯塔基州邦聯政府中止運作的確切時間缺乏文獻記載，估計該政府是於內戰結束之際解散。
