明清兩朝,肇興鎮先後隸屬福祿永從長官司和永從縣管轄,民國三十年(1941年)設為肇洞鄉;三十三年(1944)改為肇興鄉。
1950年12月,設肇興鄉;1957年設為肇興片;1958年設為長風人民公社,後更名為肇興人民公社;1984年5月,又改為肇興鄉;1992年1月,撤銷皮林鄉、新平鄉,併入肇興鄉;2013年1月,撤鄉設鎮。
肇興“頭銜”眾多——
1993年被省文化廳命名為鼓樓文化藝術之鄉。
1999年被列為全省9個重點民族村寨保護點之一。
2001年肇興侗寨及鼓樓群列入大世界基尼斯紀錄。
2004年被批准為國家級重點風景名勝區。
2005年被《中國國家地理》雜誌評為“中國最美六大古鎮古村”之一。
2012年被列入為全省30個省級示範小城鎮之一。
城鎮區為肇興侗寨,也是肇興鎮的核心景區,轄肇興村、肇興中寨村、肇興上寨村3個行政村,22個村民小組,全寨有1100餘戶4000餘人,均為侗族,是全國最大的侗族自然村寨,有“千戶侗寨”“侗鄉第一寨”之稱。
肇興鎮農民人均收入3700多元,核心景區的收入在5000元以上,農民的半數收入來自旅遊業。