劫機客
其他三班在911事件那天遭到劫持的飛機分別是：美國航空11號班機、聯合航空175號班機以及美國航空77號班機。與其他三班飛機不同的是，聯航93號班機上只有4名劫機客，而非5名。
被調查出的劫機客分別是：
•齊亞德·賈拉—黎巴嫩人，飛行員
•阿梅德·阿勒-哈茲納維（Ahmed al-Haznawi）—沙烏地阿拉伯人
•阿梅德·阿勒-納米（Ahmed al-Nami ）—沙烏地阿拉伯人
•薩伊德·阿勒-甘姆地（Saeed al-Ghamdi）—沙烏地阿拉伯人
在四人之中，阿梅德·阿勒-哈茲納維是唯一有在登機時被航空安檢區的掃描系統所注意到的劫機客，他攜帶的隨身包因被懷疑藏有爆裂物而進行了額外的掃描，但安檢人員最後仍讓他登上飛機。
航班
執行聯航93號航班的飛機是一架波音757-200型客機，在當天早上預定從紐華克國際機場（已改名為紐華克自由國際機場）飛往舊金山的舊金山國際機場。飛機上共有182個座位，但當天只搭載了37名旅客（33名正常乘客和4名劫機犯）和7名機員：包括2名飛行員—正機長傑生·達爾（Jason M. Dahl）、副機長洛伊·荷馬（LeRoy Homer），以及5名空服人員。由於有一名乘客訂了兩個座位，曾被誤認為有38名乘客。4名劫機客都坐在飛機前半段的商務艙。
聯航93班機預定在上午8:00起飛，但由於當天早晨機場起降數量極大而延遲至8:42分才起飛。假如當初準時起飛的話，聯航93班機將會和其他三架飛機在差不多相同的時間遭到劫機並且撞擊目標，飛機上的乘客也不太可能會有機會組織反擊。
飛機在09:02到達了35,000英尺的巡航高度。09:24，聯航93號班機從航空運輸管制中心那裡接獲了警告訊息：“小心任何人侵入駕駛艙，有兩架客機已經撞上世界貿易中心”；09:26，飛行員向航管中心要求證實以上訊息，這是航管中心從聯航93號班機所聽到的最後一次訊息。
到了大約09:28的時候，位於克里夫蘭的空中管制中心聽到機長傑生·達爾大叫“滾出去”，隨之而來的則是駕駛艙內一陣騷亂聲以及聽似尖叫的聲音。在40秒之後又有更多尖叫聲傳來，而且這段期間裡飛機高度劇降了700英尺（200米）；空中管制人員試圖連絡駕駛艙，但沒有收到任何回復。
機艙的通話錄音記載只會保留30分鐘的長度，因此聯航93號班機的通話紀錄最早是從09:32開始的。在09:32時空中管制中心聽到一個帶有阿拉伯口音的男子——可能是齊亞德·賈拉——透過無線電喊道：“各位女士和先生們，這是機長廣播，請留在你的座椅上，保持坐下。我們在飛機上有一顆炸彈，所以給我坐下。”（賈拉很可能是企圖將這段訊息廣播給客艙里的乘客，但不曉得自己其實是在跟空中管制中心通話）。聯航93號班機接著調轉航向朝向東方，並且開始降低高度。在09:39時空中管制中心聽到賈拉說道：“噢，這裡是機長廣播，我希望你們都坐在座椅上。飛機上有一顆炸彈，我們現在正飛回機場，到時我們也會提出一些要求……（無法辨識的聲音）……請保持安靜。”接著就再也沒有通話傳出了。
電話
許多劫機後發生的事情都是透過那些乘客和空服員與地面的電話錄音所推測而出的，之中許多通話都是透過乘客座椅附設的信用卡付費電話。在大約09:32開始，也就是飛機已經起飛50多分鐘後，驚慌的乘客和空服員開始以電話向地面聯絡。乘客們開始打電話的時間大致與賈拉對乘客廣播“各位女士和先生，所以給我坐下”的時間相同。劫機客也察覺到乘客們正在打電話，但他們似乎對此並不在意。
總共有10名乘客和2名空服員打了電話，提供訊息給他們的家人、朋友、以及其他許多地面的人員。這與其他三班飛機相當不同，在那三班飛機上很少有乘客打了電話。藉由這些通話紀錄，在事後的調查中人們也因此能夠推測出當時聯航93號航班發生了什麼事情、還原現場的情況。所有打了電話的人都說機上只看到三名而非四名劫機客，一般推測這是因為其中一名劫機客（或許是坐在商務艙最前排1B座位、負責駕駛飛機的賈拉）在進入駕駛艙後就沒有再出來過，所以並沒有被其他乘客看見。
在客艙里，三名劫機客都戴著紅色的布頭巾，將大多數乘客和空服員趕至飛機的後半部，兩名劫機客還手持小刀。乘客指出第三名劫機客還帶有一個小箱子，劫機客們宣稱那是炸彈，然而通話中便有一名乘客表示懷疑炸彈可能是假的。在劫機開始的時候還有一名商務艙的乘客遭到刺殺，在通話中並沒有人知道這位旅客的名字，但官方調查報告推測他是馬克·盧森堡——因為他是唯一一位沒有打電話的商務艙旅客。除此之外有一名空服員—或許是空服員座艙長黛伯拉·威爾許，在劫機開始時被劫機客們扣留在駕駛艙，並且和正副機長一同被刺殺了。
透過機上的信用卡付費電話和手機，乘客們開始得知其他三班飛機——美國航空11號班機、聯合航空175號班機、以及美國航空77號班機都已遭劫機並且撞擊了建築物。
其中一名商務艙的旅客湯姆·伯內特前後打了四通電話給他的妻子，她又打給了聯邦調查局。伯內特在電話中指出一名男性乘客已經被刺死，他接著詢問妻子其他飛機發生了什麼事情，在第四通電話的結尾他這樣對妻子說道：“別擔心，我們即將會展開行動的。”
另一名商務艙的旅客馬克·賓漢用信用卡付費電話打給了他的母親，告訴她有三名劫機客挾持了飛機，並在電話中透露：“他們宣稱他們擁有一枚炸彈”，但他並沒有透露太多有關劫機客的細節。賓漢與地面的通話最後突然中斷，並且再也沒有回電給他的朋友和親人。
還有一名商務艙的旅客愛德華·菲爾特則打電話給911緊急救助電話，向他們詢問有關劫機客的情報，他的通話也在一半中斷。
有一名經濟艙的乘客傑瑞米·葛力克則打給居住在紐約市的妻子，並且指出機上有三名劫機客，其中一人還在腰間綁了一個紅色的小盒子，宣稱那是一枚炸彈。傑瑞米詢問妻子是否真的有飛機撞進了世界貿易中心，因為他有聽到其他的乘客都這樣說道。他接著透露他將會參與乘客們組織的“衝鋒”（進攻駕駛艙）。
一名乘客琳達·格羅倫德當時正與她的男朋友約瑟夫·德洛卡坐在一起，她打給了她姊姊艾爾莎。格羅倫德說機上發生劫機，並說其他的乘客已經知道世界貿易中心發生的事情，而且他們正在表決要不要採取行動。
一名乘客伊莉莎白·瓦尼歐則打給她的繼母，跟她講了4分半的電話。在通話的最後她說他們正準備要攻入駕駛艙，所以她必須掛斷電話了。。其他向地面的親屬打了電話的人還包括空服員西西·萊莉斯以及桑德拉·布萊德夏。乘客勞倫·格蘭可拉則打給她的丈夫，留了一通語音訊息告訴他“飛機上出了問題”。空服員們也在電話中提到要以沸騰的熱水來對付劫機客。
一名經濟艙的旅客陶德·比默試著以座椅後的信用卡付費電話向外界連絡，但他的電話被轉給一名地面客服中心的值班人員，值班人員又把電話轉給客服中心主管麗莎·傑佛遜。比默指出有一名乘客已經被殺害了，並且稱有一名空服員告訴他正副駕駛都已經被趕離駕駛艙、而且很可能已遭刺傷。他打電話時正好是劫機客將飛機轉向東南方的時候，飛機的突然轉向還使比默嚇了一跳。之後他還告訴值班人員有一些乘客正計畫要“制服”那些劫機客。依據傑佛遜的說法，比默在電話中最後喊出的一句話是：“你們準備好了嗎？ 大家上啊！”。“ Let's roll”這一詞在911事件後也因此在美國家喻戶曉，並且成為美軍攻打阿富汗的基地組織時的行動代號。
在那之後發生了什麼事情就無從得知了，但是依據黑盒子的記載，在乘客們得以攻入駕駛艙之前劫機客們便已開始將飛機朝地以墜毀飛機。雖然乘客們最後是否成功進入駕駛艙並無從得知，但顯然是他們的行動迫使了劫機客們改變最初的目標。
只有兩通電話是用手機打的，一通是來自愛德華·菲爾特、一通則是空服員西西·萊莉斯打的，兩人都是在9:58分打的，在那之後不久飛機便墜毀了。在這個時候飛機處於大約海拔5,000英尺的高度，飛機墜毀的田地則約有海拔2,350英尺的高度，兩通手機電話都只持續了1-2分鐘的時間，接著就中斷了。中斷的時間也和飛行紀錄中飛機遽升的時間相吻合，在飛機遽升至大約10,000英尺後便突然開始遽降，不久後便撞擊至地面。
墜毀
依據官方的911報告，聯航93號班機在上午10時03分墜毀於賓夕法尼亞州尚克斯維爾鎮（Shanksville）附近的一處採煤田場。其他一些說法則稱撞擊的時間是在10時06分或10時10分。
當時正開車經過田地附近的卡爾·蘭迪斯目擊到飛機“稍微斜向左邊、並以將近90度的斜度擊中地面。”另一名正在附近修車廠的目擊者艾瑞克·比德森則看到飛機“飛的非常的低，低到你幾乎可以數出飛機上的鉚釘數量。你可以看到飛機的頂部、近到比你坐在機艙裡面看還要近。那就是飛機墜毀的方向，接著就是一陣大爆炸，然後你就看到一陣大火。那真的是很大很大的一次爆炸，大火和濃煙之後就是一團非常大的蘑菇狀煙雲。”
聯合航空93號班機恐怖攻擊飛機大約以580英里（930公里）的時速撞擊地面，並且在地面撞出一個115英尺（35米）寬、10-12英尺（約3.5米）深的大坑，包括機上乘客、空服員、正副機長、以及恐怖份子在內的44人全部罹難（當中數人或許在飛行時便已被刺死了）。
黑盒子記載
飛行資料記錄器以及駕駛艙通話紀錄器在9月13日的下午被發現，被從撞擊地面地下25英尺（8米）的地方堀出，但至今只對外公布了通話的文字紀錄。在2002年4月，聯邦調查局破天荒的開放聯航93號班機的罹難者家屬前往聆聽駕駛艙通話紀錄器的錄音帶。進一步的細節則在2004年7月由官方的911調查委員會所發布的911調查報告裡公諸於世。
駕駛艙通話紀錄器的文字紀錄[4]隨著911事件嫌疑犯扎卡利亞·穆薩維（Zacarias Moussaoui）的審判而對外公布，但真正的語音錄音仍未公布。在文字紀錄的開端，一名女性拚命向劫機客請求饒她一命，一般推測這是空服員座艙長黛伯拉·威爾許的聲音。
在紀錄的最後，還聽到有人大喊“真主是最偉大的！”（Allahu Akbar）並且以英語大喊的“大家快幹掉他們！”以及“我們必須攻進駕駛艙，要不然我們都會死！”接著便傳來一陣叫喊聲和其他喧鬧的聲音，接著便是一陣沉寂。紀錄中還聽到瓦器猛烈撞擊的聲音，一般推測這是乘客們利用機上的服務餐車作為衝撞槌以撞開駕駛艙門所發出的聲音。
劫機客們似乎在乘客發起進攻的前夕便都已撤回駕駛艙，紀錄器中也聽到他們以阿拉伯語進行禱告、互相打氣、並且偶而進行討論的聲音，討論是否要以機艙內的消防斧對付進攻的乘客、或是以切斷客艙氧氣供給的方式來鎮壓乘客。賈拉還喊道：“就是這樣了嗎？我們是不是要就此了結？”另一名劫機客則回復道“不，還不要。等他們全都到這裡的時候我們才作了結。”賈拉不久後則說“就是這裡了嗎？我們要不要在這裡墜下去？”另一名劫機客回復道“對，趕快墜下去”接著則聽見大喊“趕快墜下去！趕快墜下去！”賈拉於是將飛機直接朝地飛行，飛機接著開始鏇轉，四名劫機客則喊出他們的遺言：“阿拉是最偉大的！阿拉是最偉大的！”
美國政府所提出的911官方調查報告根據機航記錄器中總結出與多數人所推測不同的觀點：乘客們最後並沒有成功進入駕駛艙。在事後在搜尋殘骸堆時，調查人員發現一把鋸齒狀的抽取式小刀，以及一把隱藏了刀片的香菸打火機。
預定的目標
聯合航空93號班機的劫機客在劫機後將飛機轉往朝華盛頓哥倫比亞特區的方向。白宮以及美國國會大廈都被廣泛認為是可能的預定攻擊目標。911調查報告中則總結認為，乘客和空服員們的大膽行動最後使白宮或國會大廈免於毀滅。在基地組織的軍師哈立德·謝赫·穆罕默德（Khalid Shaikh Mohammed）被俘之後，紐約時報曾在2002年9月9日對他進行了訪問，哈立德透露美國國會大廈是聯航93號班機預定的目標。在最初時還有一些人推測馬里蘭州的大衛營也是可能目標。
質疑
由911調查委員會發布的911調查報告指出“軍方當局曾宣稱：美國的空中防禦體系很快便做出反應，戰鬥機在後兩架劫機事件中曾攀升以作出回應、而飛行員也準備擊落聯合航空93號班機以免其威脅華盛頓特區的安全……然而本委員會在事發一年後已作出報告，指出來自北美防空司令部總部的錄音帶以及其他證據都顯示了美國軍方從來沒有接觸到任何被挾持的飛機，當時軍方甚至還在拚命追查一架幽靈飛機—早已墜毀在世界貿易中心的美國航空11號班機。”除此之外，在聯航93號班機墜毀時，最接近的戰鬥機遠在100英里以外、而且沒有攜帶任何武裝。當時戰鬥機的目標是在追查一架被懷疑劫機的達美航空（Delta Air Lines）1989號班機，儘管之後確認班機平安無事[5]。
事件之後
在2001年9月19日，所有聯航93號班機上的乘客和機組人員都被提名頒發美國國會金質獎章；雖然這項提名最後並沒有通過，但他們在事後仍被頒發了各式各樣的其他榮譽，包括了在2002年9月10日通過建立的國家紀念館。永久的紀念館預定將在2010年11月完工。在2001年9月24日，總統喬治·沃克·布希還在白宮與聯航93號班機的罹難者家屬們進行了一次特別聚會。
在911事件之後，當初聯航93號班機從紐華克國際機場出發的第17號登機門被掛上了一幅美國國旗，國旗依然飄揚至今。聯合航空也在登機門下方的休息室舉行了一次私人的紀念儀式。
為了紀念聯航93號班機上的罹難者，聯合航空在2001年10月將那條飛行航線從聯航93號改名為聯航81號。罹難的旅客陶德·比默的遺孀麗莎·比默也特地搭乘了一次這班航線，以證明美國人並不會因為恐怖份子的所作所為而停止飛行。副機長洛伊·荷馬的遺孀美羅迪·荷馬也搭乘了這班航線，以完成丈夫未完的旅程。自從911事件之後，聯合航空宣布永久放棄“聯合航空93號班機”這個代號，目前飛行該航線、起飛時間最接近的聯航航班，是代號418號的班次。
陶德·比默在電話中大喊的那句“Let's roll！”成為了全國性的標語，布希總統還在數次演講中用了這一詞。
由於墜機事件，尚克斯維爾鎮以及其所屬的索美塞德郡（Somerset County）因此大為出名，索美塞德郡政府現在還有一個特殊的紀念委員會，負責處理參訪者的贈禮和紀念的儀式。
飛機撞擊的地點也成為許多紀念儀式的舉行地，在2002年和2003年的9月11日都舉行了紀念儀式。
在911事件之後，紐華克國際機場被改名為紐華克自由國際機場。探索頻道製作了一個名為《勇氣航班》（ The Flight that Fought Back）的紀錄片，記載當時聯航93號班機上所發生的事情，這部紀錄片在911事件的第四周年進行了首播。A&E電視頻道拍攝了一個名為《聯航93號》的電視短片，在2006年1月30日首播。另外一部以真實事件為基礎拍攝的電影《聯航93》（ United 93）則在2006年4月28日上映，還獲得了奧斯卡金像獎提名。
93號紀念館
在事件後政府舉行了一次全國性的設計大賽，以選出將在聯航93號班機墜毀的地點建立的紀念館造型。最後勝出的設計是一幅被稱為“擁抱的新月”的構型，由一個大型的新月狀小道構成，並在弧形的外端種植紅楓樹和糖槭樹 。
不過這個設計也引發了一些爭議，因為那些劫持了飛機的恐怖份子是伊斯蘭教的基本教義派份子，新月型一般被視為是伊斯蘭教的象徵，而紅色新月型在伊斯蘭教里則和紅十字有相同地位。設計師宣稱這並沒有任何影射伊斯蘭象徵的意思，不過許多罹難者的家屬都表達了相同的質疑，因此設計師最後同意修改他的設計圖。
