大學於1996年成立，並自1997年4月起，於西望洋山的主教府開辦課程。1998年4月，該校遷往新口岸新填海區現址。 2009年11月19日，澳門行政長官正式批准澳門高等校際學院翌日起更名為聖若瑟大學。
學院及研究中心
大學設有下列學院，舉辦各類學士、碩士和博士課程：
文理學院
智慧型系統及技術學院
管理及公共行政學院
宗教研究學院
社工學院
研究院
此外，大學亦設有下列研究中心：
基督宗教研究中心
少數族裔研究中心
歷史及遺產研究中心
大學附設語言暨專業發展中心，目前以舉辦語言課程為主；另外也開設預科課程，給有需要的學生就讀。
新校園計畫
新校園位於青洲聖若瑟教區中學校本部原址，占地面積約1.5公頃，建築預算為三億五千萬元，預計可容納二千多名學生。
主體工程已於2009年12月動工，當中包括興建一幢主體呈U型的七層高教學大樓、表演禮堂圖書館及可提供200個機車及私家車位的停車場。新校園同時會加入環保元素，如在大樓頂層安裝太陽能收集板，為圖書館及部分場地提供電源。
2007年9月15日，原聖若瑟教區中學校本部開始拆卸工程。校方於當日3時舉行告別儀式。日後就讀於該校的學生將可以免試直升至大學。
2009年12月16日，聖若瑟大學暨聖若瑟教區中學(高中部)新校園正式動工，校方預計建築工程會在2年內完成。
參考文獻
1. 印務局 - 第50-97-M號訓令
2. 印務局 - 第207-96-M號訓令
3. 印務局 - 第64-2009號行政命令
4. 聖若瑟大學與聖若瑟教區中學青洲校舍動工
