SIP工藝流程
準備階段 → 箱門鎖定 → 升溫（預熱）階段 → 保溫（滅菌）階段 → 排氣階段 → 抽空乾燥階段 → 冷卻階段 → 箱門解鎖 → 結束程式。
準備階段
將凍乾箱內板層升至正常位置，按要求放置好溫度探頭，確定冷阱化霜完畢，箱阱閥開啟後，關閉箱門，開啟控制柜上的記錄儀表，將“滅菌F0控制”儀表設定為選定的F0值（F0值應根據工藝要求進行設定，一般為8～30）及計時啟始溫度值（100～110℃左右），將“滅菌壓力控制” 儀表設定好相應的數值（1.1～1.4 bar）,進入SIP自動程式。箱門接近開關動作，箱、阱進氣閥關閉，總排出閥關閉，箱、阱排出閥開啟，水環泵進水閥開啟，水環泵閥開啟，水環泵啟動，運行約10分鐘後，水環泵閥關閉，水環泵運行停止，水環泵進水閥關閉，準備階段完成。
箱門鎖定：
氣動門鎖系統啟動，箱門被自動鎖定，氣密封組件動作，門條移出，密封箱門。操作人員檢查門的鎖定狀況並確認後，給出鎖定信號。
升溫（預熱）階段
自控系統得到鎖定信號後，無菌氣閥、無菌氮氣閥關閉，蒸汽閥開啟，蒸汽旁通閥開啟，純蒸汽進入凍乾箱及冷阱內。當箱內壓力達到0.02 MPa時，箱排出閥、阱排出閥開啟，疏水器閥開啟，冷凝水通過疏水器排出。設定於箱排出管道上測溫點處的溫度不斷上升，同時蒸汽旁通閥關閉，純蒸汽通過無菌濾器進入箱阱內，對無菌濾芯進行滅菌操作。隨著蒸汽壓力的上升，箱內溫度也逐漸上升。
保溫（滅菌）階段
當箱排出口（最冷點）處的溫度上升至“滅菌F0值控制”儀表的計時啟始溫度時，保溫計時開始。純蒸汽閥會根據“滅菌壓力控制”儀表的設定值（一般在1.1～1.4bar範圍內）自動開啟或關閉，箱內溫度逐漸上升至121℃左右。如果純蒸汽閥未能按設定值關閉，這時箱、阱內的壓力就會繼續上升（溫度也相應上升）。當上升至“滅菌壓力控制”儀表的報警點（一般設定在0.16 MPa）時，壓力控制儀表就會動作，對純蒸汽閥強制關閉，同時發出聲光報警；如果壓力控制儀表仍未能使純蒸汽閥關閉，壓力會繼續上升，則位於冷阱上方的電接點壓力表就會動作，再次使蒸汽閥關閉（一般設定在0.18 MPa）；若純蒸汽閥仍未關閉，壓力還會繼續上升，當達到0.20 MPa時，設定在凍乾箱及冷阱頂部的安全閥會自動開啟，釋放出超壓的蒸汽。
排氣階段
滿足設定的F0值後，純蒸汽閥關閉，疏水器閥關閉，總排出閥開啟，箱阱內蒸汽排出，壓力開始逐步下降。 抽空乾燥階段：
當箱內壓力降至0.02 MPa時，總排出閥關閉，水環泵進水閥開啟，水環泵閥開啟，水環泵啟動，通過箱排出閥及阱排出閥抽吸箱阱內的水蒸汽。由於殘餘的水份蒸發，箱阱內逐步達到乾燥的目的，同時箱阱內的溫度也得到降低。水環泵運行時間設定為30分鐘（可調），水環泵運行10分鐘時，氣密封組件動作，氣密封門條被吸回。達到設定時間後，箱排出閥關閉，阱排出閥關閉，水環泵閥關閉，水環泵運行停止，水環泵供水閥關閉，總排出閥開啟。
冷卻階段
水環泵的運行雖然可以使箱阱內溫度下降，但溫度仍然處於較高的狀態，因此本機帶有強制水冷卻系統，在水環泵運行的同時，冷卻水進入凍乾箱體、凍乾箱門及冷阱的冷卻夾套內，進行強制降溫操作。當冷卻水排出口的溫度低於30℃時，強制冷卻結束。這時開啟冷凍機對凍乾箱製冷，待流體溫度降至20℃時，轉而對冷阱降溫至20℃，冷卻階段結束，冷凍機運行停止。
箱門解鎖
氣動門鎖系統啟動，箱門自動解鎖。
結束程式
箱門自動解鎖後，箱進氣閥、阱進氣閥開啟，向箱阱內放入無菌空氣，為下一次凍乾作準備，SIP自動程式結束。
CIP管、噴嘴的滅菌
特有的設計解決了CIP系統的滅菌問題。這是凍乾機GMP驗證的又一大進步。
箱門密封條的滅菌
特有的雙道密封解決了箱門密封膠條的滅菌。雙道密封——推薦採用：箱門設定二道密封條（內圈為實心矽橡膠條，外圈為可移動式異形矽橡膠條），內圈用於凍乾生產，外圈用於蒸汽滅菌，解決了長期存在的箱門處生產用密封條無法完全滅菌的問題。該項設計為速原公司國內首創，並有近十台的製造經驗。使用證明：內外箱門密封均安全可靠，滅菌徹底。非常易於GMP驗證。
