細胞STR分型

細胞STR分型

短串聯重複序列(short tandem repeat, STR)是核心序列為2-6個鹼基的短串聯重複結構。20世紀90年代初,STR基因座首次作為一種重要的遺傳標記在人類親權鑑定中被使用(Edwards et al.,1992;Edwards et al.1991)。

分型介紹

短串聯重複序列(short tandem repeat, STR)是核心序列為2-6個鹼基的短串聯重複結構。20世紀90年代初,STR基因座首次作為一種重要的遺傳標記在人類親權鑑定中被使用(Edwards et al.,1992;Edwards et al.1991)。

細胞STR分型(cell line STR genotyping)D19S433、D5S818、D21S11、D18S51、D6S1043、D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、PentaD、vWA、D8S1179、TPOX、PentaE、TH01、D12S391、D2S1338和FGA等19個具有高度多態性基因座和一個性別基因位點Amelogenin對人源細胞進行STR分型檢測。根據STR分型結果對細胞的生長狀態(是否存在交叉污染)和細胞的株系進行確認的技術手段。

分型意義

科研成果能夠得到重複確認,對於證實科學發現是十分重要的。如果數據無法重複,那么這個結果能否得到業界的認可並為研究人員所追隨就是個很大的疑問了。很多生物醫藥的研究都採用培養細胞來進行,這些細胞可能是從各大細胞庫得來,也可能是受贈於其它研究人員。

據估計,15-20%的時間裡,實驗中所使用的細胞已經不是原來的細胞系,或者與其它細胞系發生了交叉污染(1-3)。ATCC以及其它細胞庫(Coriell Institute for Medical Research, European Collection of Cell Cultures (ECACC), Deutsche Sammlung von Mikrorganismen and Zellkulturen (DSMZ), Japanese Collection of Research Resources)都收到過提交的“錯誤”的細胞系,儘管提交者把細胞系提交到上述機構之前,還經過了檢驗。然而,最終證實這些細胞系還是鑑別錯了(4,5)。此外,幹細胞也可能被污染,作為幹細胞賴以增殖的哺育細胞層,小鼠細胞很容易污染到幹細胞中。顯然,細胞系遭到污染、特徵鑑別錯誤,將會極大地威脅著基於這些細胞而發表的論文的質量和研究發現的正確性。

為此,很多細胞庫現在都要對提交來的細胞系進行STR分型檢測,並對細胞系之間的交叉污染進行監測。

檢測方法

基於毛細管電泳檢測的STR分型檢測使用的是多重PCR複合擴增系統,可以同時擴增19個STR位點加1個性別決定位點Amelogenin,每個被分析的人源細胞系都有其獨特的DNA重複模式,因此通過與基礎圖譜進行比對,即可對每一批新細胞系的種類進行確認。

分型結果分析

細胞STR分型基因掃描圖譜 細胞STR分型基因掃描圖譜

4.1 細胞STR分型基因掃描圖譜

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