劇情簡介
本作是N64版的紙片瑪琍歐的續篇作品，風格當然也是承襲前作。
標題畫面這次冒險的夥伴跟上次不同，就連碧琪公主也不是庫巴綁架的。
在開頭中碧琪公主跟一位神秘商人買了一張地圖，但這居然是一張上面指示著這七個星之石的位置的地圖。
於是叫瑪琍歐火速前往無賴鎮，可是當瑪琍歐抵達時公主已經不在那裡了，之後就會知道原來碧琪公主被古達洛斯給綁架了......。
到最後他被瑪琍歐打倒後就抓著碧琪公主逃到千年黑暗宮殿的最深處，企圖將影之女王復活，並把碧琪公主作為影之女王復活的身體媒介。
原先古洛達斯以為是他解放了影之女王，他就是影之女王的主人，影之女王將會效忠於他，但事實證明他的想法太天真，當古洛達斯試圖使喚新生的影之女王時，影之女王直接反過來將古洛達斯的身體毀滅，接著甚至被完全消滅了.......。
古洛達斯是位於月球上的機械X-naut軍團的總帥，也是整起事件的始作俑者，為了搶奪七顆星之石(Star Stoneスターストーン)來打開千年之門使千年魔物復活並征服世界而來到港邊小鎮無賴鎮(ゴロツキタウン)。
古洛達斯(Sir Grodus/バツガルフ)| 星星名稱↓ | 持有者↓ | 星星魔力↓ |
| 寶石之星 | 勾尾(Hooktail) | 大地顫抖 |
| 翡翠之星 | 球鼠長老(Puni Elder) | 時間靜止 |
| 黃金之星 | 加邦(Grubba) | 力量增加 |
| 紅寶石之星 | 多普利斯(Doopliss) | 範圍攻擊 |
| 藍寶石之星 | 庫特茲(Cortez) | 甜蜜醫療 |
| 石榴石之星 | 企鵝偵探(Pennington) | 紙片突破 |
| 水晶之星 | 麥納斯機器人(MagnusVon2.0) | 超級剪下 |
星星的能力
大地顫抖：在星形圖示亮起一瞬間按下“A鍵”，連續次數越高攻擊力越強。
大地顫抖使用效果時間靜止：連續按在敵人那邊顯示的按鍵，有時會替換。只要炸到誰，誰會N回合無法動彈。
時間靜止使用效果力量增加：游標出現的時候，按↑←↓→鍵移動它的位置，A鍵射擊。射擊到紅色箭頭=加攻擊力。射擊到藍色箭頭=加防禦力。射擊到毒蘑菇=減去一些攻擊防禦值。
紙片馬里奧：千年之門PaperMario:TheThousand-YearDoor範圍攻擊：星星出現的時候，用↑←↓→鍵移動它的位置，當畫好一個圓圈的時候，圓圈裡的敵人會受到傷害
紙片馬里奧：千年之門PaperMario:TheThousand-YearDoor甜蜜醫療：按←鍵發射星星。擊中馬里奧頭像加心形，馬里奧+HP。反之，加同伴HP。擊中花=加FP。但是不要射到毒蘑菇。
紙片馬里奧：千年之門PaperMario:TheThousand-YearDoor紙片突破：快速按下隨機的幾個鍵(鍵的數量會根據攻擊評價越來越多)六次之後，敵人會直接掛掉(看運氣)。
紙片馬里奧：千年之門PaperMario:TheThousand-YearDoor超級剪下：連續按A鍵，一定程度了就會剪一條縫。六次後可以給予敵人15點的傷害！非常厲害！
紙片馬里奧：千年之門PaperMario:TheThousand-YearDoor