關節痛
關節痛是系統性硬皮病早發而常見的症狀。據我們統計該病患者關節痛發生率高達52%，其中約14%的病人以關節痛為第一症狀。初起多為指間關節酸痛，以後肘、膝、踝關節，以及肩、髖關節亦可相繼出現酸痛。嚴重者可伴有關節腫脹、壓痛。但系統性硬皮病病人的關節痛在病程中並非全程所有，而是間歇發生並和皮膚硬化程度不成正比。此外，該病病人經常在手指遇冷後發白髮紫，同時伴有手指刺痛、麻木的症狀，這是肢端動脈痙攣所引起的，在醫學上稱雷諾現象，需和關節痛區別。
手指硬腫
系統性硬皮病早期手指常有腫脹、僵硬，易和“類風關”混淆。但該病是整個手指均勻腫脹，且常伴手指皮膚增厚、硬化，以第二指節伸側最為明顯。“類風關”則是近端指間關節的梭形腫脹，無手指皮膚的硬化。早晨起來手指腫脹、繃緊，活動不爽（晨僵）是“類風關”的常見症狀，但約42%的系統性硬皮病病人也有此表現，不過該病患者晨僵比較輕，一般持續時間不超過半小時。
活動障礙
關節屈曲變形是系統性硬皮病關節病變的主要特徵，由於四肢屈側跨關節的皮膚或肌腱硬化常牽摯關節，使其逐漸彎曲，不能伸直。而伸側皮膚的硬化又使關節不能充分屈曲，導致系統性硬皮病患者的關節伸、屈都受障礙。掌指及指間關節是最常受累的關節，初期表現為伸指不直、握拳不緊，以後手指慢慢彎曲成爪狀，使手的功能受到嚴重影響。肘、腕關節亦常受累導致伸屈障礙。嚴重者肩、膝、髖等關節亦可受累致抬臂、下蹲、屈髖受限。硬皮病患者的關節病變一般是非侵蝕性的，我們對一些明顯屈曲變形的關節作X線檢查未發現關節面的破壞，關節間隙亦未變窄。和系統性硬皮病的關節病變不同，“類風關”手指常有尺側偏斜，鵝頸狀畸形等特徵，X線常見關節周圍軟組織腫脹、關節間隙變窄和關節面的破壞。由此不難對兩者作出鑑別。
骨質疏鬆
由於手指皮膚硬化壓迫血管及反覆發生的肢端動脈痙攣使指（趾）處於長期的慢性缺血狀態，可導致指（趾）反覆發生潰瘍，肢端骨質溶解。初期X線可見末節指骨骨質疏鬆，以後手指逐漸變細變短。嚴重者末節指骨甚至次節指骨均完全溶解吸收。一般指骨病變多見於趾骨。
長期服用糖皮質類固醇激素者可有骨代謝的異常，骨質疏鬆和骨質增生同時存在，導致肢體酸痛不適。少數嚴重者可引起病理性骨折（如脊柱壓縮性骨折）和股骨頭無菌性壞死。所以長期服激素者要注意補充鈣質。
肌肉
受累並不少見，包括肌肉壓痛、硬化、肌肉無力，瀰漫性肌痛，肌肉受累明顯者可發生肌肉萎縮，最後導致肌力下降，其中大部分系統性硬皮病的症狀是因皮膚、關節病變引起肌肉少用或廢用所致。
有20%～36%系統性硬皮病的症狀會出現肌炎，這種系統性硬皮病的症狀表現為肌酶（肌酸磷酸激酶和醛縮酶）升高、肌電圖示肌源性損害，肌活檢示間質纖維性變，其中有一部分系統性硬皮病的症狀與典型多發性肌炎的臨床表現及發展極為相似，有能夠是兩病重疊存在。
骨和關節
關節周的肌健、筋膜、皮膚的纖維化改變使有約60%～80%訴有大小關節的疼痛，嚴重者會造成關節呈屈曲攣縮狀，手指不能完全伸直，屈曲關節處的皮膚出現慢性潰瘍。
