正常值
糞便中細菌極多，占乾重的1/3，多屬正常菌群。
健康嬰幼兒糞便中主要有雙歧桿菌、擬桿菌、腸桿菌、腸球菌、葡萄球菌等。
成人糞便中以大腸埃希菌、厭氧菌和腸球菌為主要菌群，約占80%；產氣桿菌、變形桿菌、銅綠假單胞菌等多為過路菌，不超過10%。芽胞菌(如梭狀菌屬)和酵母菌，總量不超過10%。
糞便中菌量和菌譜平時處於相對穩定狀態，並與宿主間保持著生態平衡。
糞便中球菌(革蘭陽性菌)和桿菌(革蘭陰性菌)的比例大致為1∶10。
臨床意義
異常結果：(1)長期使用廣譜抗生素，免疫抑制劑及慢性消耗性疾病的患者，糞便中球/桿菌比值變大。 (2)在一定條件下，有些正常菌群的細菌也能致病，稱為條件致病菌，如受涼或過度疲勞，抵抗力低下等。 (3)革蘭陰性桿菌嚴重減少，甚至消失，而葡萄球菌或真菌等明顯增多，常提示有腸道菌群紊亂或二重感染。此種菌群失調症稱偽膜性腸炎，塗片常為革蘭陽性葡萄球菌梭狀芽胞桿菌(培養為金黃色葡萄球菌難辨芽胞梭菌等)，次為假絲酵母菌。
需要檢查人群：腸道細菌失衡患者，長期腹痛症狀。
注意事項
檢查時要求：1.新配製的染液應先用已知的革蘭氏陽性菌和陰性菌進行對照試驗，以檢查染色液的質量是否適用。 2.採集時請避免挖取沾到馬桶內尿液及自來水的部分；同時也請勿將糞便直接置於衛生紙或擦手紙上。 3.為避免干擾檢驗結果，請勿使用棉花棒挖取。 4.糞便採集量請勿過少，以避免無足夠的檢體以供檢驗。 5.結晶紫與草酸銨溶液混合後不能保存太久，如有沉澱出現應重新配製使用。 6、糞便檢驗後應將紙類或塑膠標本盒投程度焚化爐中燒毀。搪瓷容器應泡於消毒液中(如過氧乙酸、煤酚皂液或新潔爾滅等)24小時，棄消毒液後，流水沖洗乾淨備用。所用載上玻片需用5%煤酚皂液浸泡消毒。
檢查前準備：1.因為嬰幼兒不容易一次取到足量的檢體，若需要分次收集時，請將檢體暫時置於冰櫃冷藏保存，以避免細菌滋生。 2.蛔蟲、蟯蟲及絛蟲等較大蟲體或其片段肉眼即可分辨，鉤蟲蟲體須將糞便沖洗過濾後方可見到，服驅蟲劑後應檢查糞便中有無蟲體，驅絛蟲後應仔細尋找蟲頭。
不適宜人群：本檢查為常規檢查，沒有不適宜人群。
檢查過程
大便後，使用潔淨容器取糞便表面未被污染部分，密封送檢。 將新鮮大便直接塗抹在潔淨的玻片上，糞便不可稀釋以防細菌變形。標本務求新鮮，塗片厚薄適宜。 鏡檢 染色技術是診斷準確成功的關鍵，革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌要對比鮮明。鏡檢時應將塗片視野全面觀覽，切不可看幾個視野就計數或報告。 觀察菌群塗片首先要總覽細菌總數。了解塗片上細菌的數量是增多還是減少，有無優勢菌或真菌。細菌總數過多的情況較少見或不易引起重視。菌群失調時細菌總數多在正常、減少或消失。
相關疾病
星形病毒胃腸炎，腸道菌群失調症，胃腸型食物中毒，嵌杯樣病毒胃腸炎，非霍亂弧菌感染，志賀菌病，小兒中毒型痢疾。
相關症狀
便下惡臭，排便障礙，腹瀉為水樣帶黏液、惡臭無膿血
