案件初期
發現
現場圖1957年2月，有人在賓夕法尼亞州費城的FOX CHASE的Susquehanna公路旁的森林裡發現了這個小男孩的遺體，遺體裝在一個紙箱內，用毯子包裹著。最先發現屍體的人是18歲的高中生John Powroznik，但是因為怕在那裡布下的陷阱被警察沒收，所以沒有報警。
第一批到達現場的警察們幾天后，26歲的大學生Frederick J. Benonis在查看幾天前追野兔時被他起出來的陷阱有沒有重新打開時發現了屍體，以為可能是一個逼真的人偶，他也沒有立即報警。第二天清晨，他聽到廣播裡說4歲的女孩Mary Jane Barker在附近失蹤，就害怕了，把事情告訴了兩個輔導員和一個牧師，無一例外的，他們讓Benonis報警。於是Benonis就報警了，Patrolman Elmer Palmer第一個抵達現場，緊接著Sam Weinstein和其它警察也到了。Sam從箱子裡抱起了那個赤裸的小身體，是個男孩，因此也排除了這個屍體就是Mary Jane。（Mary Jane在一周后在家附近一棟空房子的一個壁櫃內被找到。她自己去玩時將自己關了進去，一旦關進去就出不可能出得來，被找到時已餓死。）
屍檢
屍檢發現，小男孩在4-6歲，身高3尺6(約1.07米), 體重30磅(約13.6公斤)，淺棕或金髮，死前或死後被剪掉，剪髮時至少上身是赤裸的（上身上發現頭髮），指甲修剪過，面部保持著清潔。全身多處傷痕，基本確定生前曽遭毆打。死因是頭部遭重物多次打擊而死。法醫們還發現，孩子身上有外科手術留下的疤痕，左眼發出的鮮藍色表明他曽滴了檢測某種眼疾的螢光染料。左腳裸一處很像“切開”的傷口證明那裡曽輸過血，下巴上有一個L形疤痕。手和腳呈現出“洗衣女工”的樣子（當事刑警的比喻），證明死後或生前它們曾經是在水裡泡著的。死亡時間因為天氣原因而無法確定，兩天到兩周都有可能。
Wilton M. Krogman，一個人類成長學家，發現不僅屍體只有三歲8個月的小孩的身高，而且體重僅僅相當於兩歲兩個月的水平。說明這是個嚴重營養不良的患者。果不其然，屍體腿部的長骨上有阻礙生長的疤痕，而且發現他生前曽患有慢性疾病。這些情況只能說明一點：孩子和家庭經常移動。
Krogman還說，根據孩子狹長的面部和胸部可以判斷他有北歐，德國或英國血統。那么，孩子會不會是逃過來的匈牙利人呢？也不可能。因為匈牙利難民入境時都接種過疫苗，他沒有。
屍檢照片物證
箱子
裝孩子的箱子箱子長35 *19 *55英寸，確定是J.C.PENNY公司售賣搖籃車時使用的。但是警方沒有任何可以確認“箱子不是現場的垃圾（現場是一個自動形成的非法垃圾場），只是隨便一用”的線索。而且在那個公司，在1956.12.3-1957.2.16之間，賣出過好幾次，在那個信用卡還沒普及的年代，就更無從得知買家們的身份了。
帽子
一頂7⅛尺寸的燈芯絨品藍色男式帽子在距離現場17英尺的地方被發現，後圍有很特殊的扣環和皮帶。根據帽子內側的標籤上的地址，警方找到了賣帽子的店鋪。店長Hannah Robbins說，一個26-30歲的金髮男子買走了帽子，而且額外加錢要了皮帶和扣環，但是之後她再也沒有見過他。
現場的帽子(彩化）警方又走訪了這片區域的143家店鋪，但是沒有人認出兩者中的任何一個。
裹著屍體的毯子
裹著屍體的毯子這條毯子與眾不同。這是一條具有印度風格的毯子。上面鑲有綠色、棕色、白色和銹色的黑金石，色彩斑斕，現場有兩片，很明顯的還有遺失的第三片。費城紡織協會在仔細檢查過毯子以後表示，毯子既不是產自魁北克又不是產自北加利福尼亞，而且是近幾年的產品。然而，每年全國有160萬條這樣的毯子出售。
調查過程
多種多樣的線索
案件剛開始調查時調查人員和警方收到的線索非常多，不過都一個一個的被證實和案件無關。
比如，剛開始有好幾個人都說可以確認說這個孩子是一個建築工人的孩子，但是經過當事人妻子辨認，還是否定了這一說法。原因就是他兒子已經8歲了，這個孩子最多六歲。（後來當事人的孩子被找到，被找到時正在看著電視吃漢堡）
後來，一個海軍二等兵說這個孩子可能是他弟弟，可是後來他還是否定了這種說法。因為和上一個一樣，這個孩子也已經8歲了。後來，這個孩子被在加利福尼亞安全的找到。
最令人燃起希望的是這個線索。6個月之前，Marilyn Damman帶著兩個孩子去長島東梅多購物。他們分別是7個月大的Pamela 和再過兩個月就該過3歲生日的Steve。Marilyn走進了前邊一條街旁的超市，把兩個孩子留在門外。等她出來的時候，兩個孩子和嬰兒車都不見了，隨後在超市後邊的一塊空地上，嬰兒車被找到，Pamela還繫著安全帶好好躺在裡邊，但Steve已經無影無蹤。長島（long island）警方聽到費城發現了死的孩子，就想來確認一下是不是Steve, 因為他也到了這個年齡，下巴上也有類似的疤痕。除此之外Steve和這個小屍體沒有任何聯繫。
但是長島警方一看到孩子就確認這不是Steve。X光證明了這個結論。Steve的手臂曾經骨折，但是這個男孩沒有。這樣一來又一條關鍵線索中斷了。
寄養家庭
Arthur和Catherine Nicolett的房子被重點排查，因為一個探員在那裡發現了和現場發現的類似的毯子以及可能是那個箱子裝著的搖籃車。
不僅如此，這個寄養家庭的收留數量非常驚人。達到了普通的4倍多。普通寄養家庭最多收留六個，而這個家庭收了25個。
案子發生27年以後，警方重新調查了ArthurNicolett。探員極力邀請他參加測謊儀的測試，但是被拒絕。這更加深了調查人員對他的懷疑。
但是1993年當探員再次調查ArthurNicolett時，他的妻子Catherine已經去世。他娶了Catherine的女兒Anna Marir Nagle為妻。他和現在的妻子採取了合作態度，告訴了調查員許多信息。 就是這次調查確定了他和本案沒有關係。
這次調查以後，Anna Marir Nagle住進療養院，Arthur Nicolett在幾個月以後去世。
DNA提取
1998年，男孩的屍體被再次掘出，因為探員們決定提取他的DNA。雖然40年後屍體已經高度腐敗，但是屍體牙齒上的線粒體DNA還可以被提取， 這也最終確定了男孩不是SteveDamman。
被稱作“M”的女人
後來，2002年2月調查員接到了辛辛那提一個精神病醫生打來的電話。她的一個病人前天晚上叫嚷著要給費城警局報警。事關箱中男孩一案。這個女病人以她名字的首字母為代號被稱為“M”。三小時過去了，M終於開口。她告訴他們她媽媽，一個圖書管理員，在1954年時從男孩的生父母手裡買來了這個孩子。M的媽媽虐待這個男孩，把他關在地下室，在那裡對他進行身體傷害和性虐待，就像對M自己一樣。
結局是，當那個被M稱作Jonathan的男孩吐在了浴缸里。她媽媽盛怒之下，把男孩打倒在地，殺了他。她剪掉了男孩的頭髮，修剪他的指甲，都為了隱藏他的身份。那個男孩，隨後被裹上一條毯子，裝進車子後備箱，然後她們一路開往Susquehanna 公路。M還回憶到，在她們準備搬運屍體的時候，一個男人停下問她們是否需要幫助。他們轉過身，擋住男人看車牌的目光。不久，男人開車離去。
這個故事聽起來很令人信服，但由於M有精神病史，也有可能情節從頭到尾都是她編出來的。一項徹底的調查由此展開，儘管M的講述中有些部分可以被證實，但大多數都無從考證。M提供的很多細節都是公之於眾的。她居住的房子被找到，調查員們最終獲準檢查地下室，但他們找不到任何痕跡來證明箱中男孩曾被囚禁在此。兩個以前的鄰居也被找到，他們說地下室從沒關過男孩。他們經常來這裡做客，並可以自由出入地下室。另一個鄰居說這種言論簡直荒謬之極。又一次，滿懷希望的線索走到失望的終點。 （編者到現在都不明白為什麼當時調查員們就那么相信鄰居的話，而且為什麼不檢驗浴缸）
彩圖出現
彩圖1999年9月25日，經過眾多調查人員的努力，這個男孩的彩圖終於出現，當時被認為會增加男孩被認出的幾率或者線索的數量，但是調查人員們未能如願以償。
媒體
網站的製作
George R. Knowles，一個在新澤西州準備登記自己的新腳踏車的11歲男孩，看到了海報。當時他並不在意。直到幾十年後的電視節目播出了這個案子，才讓他想到自己一定可以做點什麼。於是他創辦了Americasunknownchild.net。數百萬人訪問了這個網站。但是提供出來的線索都被排除掉了。
全美通緝令播出該案
1998年10月3日，“全美通緝令”（American Most Wanted）播出該案。正是這次播出讓GRK製作了那個網站。但是還是沒有幫到什麼忙。
CBS48小時播出此案。
2001年5月，CBS的48小時播放此案，但是還是沒有進展。
參與調查的人
Elmer Palmer，第一個抵達現場的人，2011年1月10日辭世
Sam Weinstein，第一個把孩子抱出箱子並交給Spelman檢驗的人，2005年辭世
Joseph W. Spelman，第一個檢查屍體的人
Wilton M. Krogman，發現男孩營養不良的人類成長學家
Remington Bristow， 檢查過孩子並提出意外死亡可能性的藥劑師，1993年辭世
William Kelly， 第一個拿到男孩指紋的鑑識人員
William Kelly VSM，Joseph McGillen, VSM; William L. Fleisher, VSM; Sam Weinstein, VSM：參與進來的民間偵探組織調查人員。
調查者們George R. Knowles,americanunknowchild.net的創始人（2006年12月21日辭世）
最新進展
2008
David Stout，紐約時報資深記者，作家，在Globe Pequot出版社出版了《箱中的男孩》一書，以章回體記錄了案件調查的整個過程。
同年，1998年加入調查此案的法醫藝術家Frank Bender，就是製造了一個半身像幫助警方抓住約翰.李斯特（美國一起震驚世界的滅門慘案的兇手，直到案發18年後Bender做的兇手半身雕塑公之於眾以後被舉報才被抓獲）的藝術家， 提出了新的構想：把這個男孩作成女生的樣子讓眾人辨認，這個男孩可能是一直被化妝成，並且穿著女孩的衣服生活的。換言之，這男孩可能在遇害之前一直被當女孩養。早在1957~58年案件調查初期，William Kelly， 第一個拿到男孩指紋的鑑識人員，就提出了這個理論。當時有從西海岸來的藝術家公布過一幅把這個孩子裝扮成女孩的畫作，但是沒能引出線索。
但是Bender不止是發現了男孩的頭髮被剪過，還發現男孩的眉毛很可能被拔過。所以，其實以前的所有照片都沒能引出有用的線索的原因，是孩子的眉毛沒有被復原。換句話說在Bender之前，根本沒人看出來他的眉毛被拔過。眉毛可能對人的長相產生巨大的改變，人們可能能認出孩子被拔眉毛和剪髮之前的照片，但是之後的照片就無法被辨認。
不幸的是，Bender於2011年逝世。他的發現和理論能不能把為本案帶來轉機，現在還不得而知。
2010
Anna Marir Nagle(即是前文的寄養家庭夫婦的女兒，男主人的第二任妻子）的DNA被採取，和男孩牙齒上的線粒體DNA做了比較。最終排除了寄養家庭涉案的可能性。
2011
Jim Hoffmann，《箱中的男孩：美國的未知孩童》一書作者決定編輯並出版這本書的修訂本。這本書的修訂本於2012年在Susquehanna Road出版社出版。
2016
案件同名線索整理書籍作者Jim Hoffmann (就是2011年那本書的作者）和另一個紐約作家Romano為這個孩子在田納西州的孟菲斯找到了疑似這孩子的血緣親屬，並且向當局要求了DNA檢驗。這條線索早在2013年就由一個費城本地人發現，此人就是把Hoffmann和Romano互相介紹認識的介紹人。他發現以後馬上就發表了該線索。在Hoffmann的幫助下,此人向費城警方和當局提供了該線索。2013年12月，Romano同意幫主兩人以個人名義取得那個可疑血親的DNA，並很快提交給當局。當局表示會儘快驗明DNA與死者的關係，但是還要對這個在孟菲斯的目標做更多的外圍調查。2017年10月，當局宣布孟菲斯目標的DNA與死者無血緣關係。
